gmx-hydorder - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-hydorder - Tính toán các thông số tứ diện xung quanh một nguyên tử nhất định

SYNOPSIS

trật tự gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-o [<.xpm> […]]] [Hoặc [<.out> […]]]
[-Kính diện [<.out> […]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[hiện nay] [-d ] [-ww ]
[-sgang1 ] [-sgang2 ] [-tblock ]
[-ncấp ]

MÔ TẢ

GMX máy đóng nước tính toán các tham số thứ tự tứ diện xung quanh một nguyên tử nhất định. Cả hai góc
một tham số thứ tự khoảng cách được tính toán. Xem P.-L. Chau và AJ Hardwick, Mol. Thể chất.,
93, (1998), 511-518. để biết thêm chi tiết.

GMX máy đóng nước tính toán tham số thứ tự trong lưới 3d trong hộp và với 2 giai đoạn trong
hộp cung cấp cho người dùng tùy chọn để xác định giao diện 2D trong thời gian tách các mặt bằng
xác định các thông số -sgang1 và -sgang2 (điều quan trọng là phải chọn những thứ này một cách thận trọng).

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx)
Tệp chỉ mục

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tệp đầu vào chạy xdr di động

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.xpm> […]] (intf.xpm)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

Hoặc [<.out> […]] (raw.out) (Tùy chọn)
Tệp đầu ra chung

-Kính diện [<.out> […]] (intfspect.out) (Tùy chọn)
Tệp đầu ra chung

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)

-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin

-d (z)
Hướng của pháp tuyến trên màng: z, x, y

-ww (1)
Chiều rộng của lưới hộp

-sgang1 (1)
tham số góc tứ diện trong Giai đoạn 1 (số lượng lớn)

-sgang2 (1)
tham số góc tứ diện trong Giai đoạn 2 (số lượng lớn)

-tblock (1)
Số khung hình trong một khối thời gian trung bình

-ncấp (100)
Số mức Chiều cao trong 2D - XPixMaps

Sử dụng gmx-hydorder trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net