gmx-rmsdist - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-rmsdist - Tính khoảng cách của cặp nguyên tử được tính trung bình với công suất -2, -3 hoặc -6

SYNOPSIS

gmx rmsdist [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-tương đương [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-rms [<.xpm>]]
[-scl [<.xpm>]] [-nghĩa là [<.xpm>]] [-nmr3 [<.xpm>]]
[-nmr6 [<.xpm>]] [-không [<.dat>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[hiện nay] [-xvg ] [-nlevel ]
[-tối đa ] [- [không] tổng] [- [không] pbc]

MÔ TẢ

GMX rmsdist tính toán độ lệch bình phương căn bậc hai của khoảng cách nguyên tử, có
lợi thế là không cần sự phù hợp như trong độ lệch RMS tiêu chuẩn như được tính toán bởi GMX rms.
Cấu trúc tham chiếu được lấy từ tệp cấu trúc. RMSD tại thời điểm t là
được tính bằng RMS của sự khác biệt về khoảng cách giữa các cặp nguyên tử trong tham chiếu
cấu trúc và cấu trúc tại thời điểm t.

GMX rmsdist cũng có thể tạo ra ma trận của khoảng cách rms, khoảng cách rms được chia tỷ lệ với
khoảng cách trung bình và khoảng cách trung bình và ma trận với khoảng cách trung bình NMR (1 / r ^ 3 và
1 / r ^ 6 lấy trung bình). Cuối cùng, danh sách các cặp nguyên tử với khoảng cách trung bình 1 / r ^ 3 và 1 / r ^ 6
dưới khoảng cách tối đa (-tối đa, sẽ mặc định là 0.6 trong trường hợp này) có thể là
được tạo ra, theo mặc định có giá trị trung bình trên các hydro tương đương (tất cả các bộ ba của hydro được đặt tên là
* [123]). Ngoài ra, danh sách các nguyên tử tương đương có thể được cung cấp (-tương đương), mỗi dòng
chứa một tập hợp các nguyên tử tương đương được xác định như số dư và tên và tên nguyên tử;
ví dụ:

HB * 3 SER HB1 3 SER HB2

Tên dư và tên nguyên tử phải khớp chính xác với tên trong tệp cấu trúc, kể cả trường hợp.
Việc xác định các nguyên tử không tuần tự là không xác định.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

-tương đương [<.dat>] (Equiv.dat) (Tùy chọn)
Tệp dữ liệu chung

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.xvg>] (distrmsd.xvg)
tệp xvgr / xmgr

-rms [<.xpm>] (rmsdist.xpm) (Tùy chọn)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

-scl [<.xpm>] (rmsscale.xpm) (Tùy chọn)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

-nghĩa là [<.xpm>] (rmsmean.xpm) (Tùy chọn)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

-nmr3 [<.xpm>] (nmr3.xpm) (Tùy chọn)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

-nmr6 [<.xpm>] (nmr6.xpm) (Tùy chọn)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

-không [<.dat>] (noe.dat) (Tùy chọn)
Tệp dữ liệu chung

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)

-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

-nlevel (40)
Riêng biệt hóa RMS ở số cấp độ này

-tối đa (-1)
Mức tối đa trong ma trận

- [không] tổng (Đúng)
Khoảng cách trung bình so với các hydro tương đương

- [không] pbc (Đúng)
Sử dụng các điều kiện biên tuần hoàn khi tính toán khoảng cách

Sử dụng gmx-rmsdist trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net