gmx-tcaf - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-tcaf - Tính độ nhớt của chất lỏng

SYNOPSIS

gmx tcafe [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-tốt [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-của [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[hiện nay] [-xvg ] [- [không] mol] [- [không] k34]
[-wt ] [-acflen ] [- [không] bình thường hóa] [-P ]
[-fitfn ] [-bắt đầu ] [-endfit ]

MÔ TẢ

GMX tcaf tính toán tự tương quan hiện tại tranverse. Chúng được sử dụng để ước tính
độ nhớt cắt, eta. Chi tiết xem: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) trang 359-366.

Dòng điện ngang được tính toán bằng cách sử dụng k-vectơ (1,0,0) và (2,0,0) mỗi vectơ cũng trong
các y- Và z-direction, (1,1,0) và (1, -1,0) cũng nằm trong 2 mặt phẳng khác (những
vectơ không độc lập) và (1,1,1) và 3 đường chéo hộp khác (cũng không
sống độc lập). Đối với mỗi vectơ k, sin và cosin được sử dụng, kết hợp với
vận tốc theo 2 phương vuông góc. Điều này cho tổng số 16 * 2 * 2 = 64 chiều ngang
các dòng điện. Một tự tương quan được tính toán phù hợp cho mỗi k-vector, cho 16
TCAF. Mỗi TCAF này được điều chỉnh để f (t) = exp (-v) (cosh (Wv) + 1 / W sinh (Wv)), v = -t / (2
tau), W = sqrt (1 - 4 tau eta / rho k ^ 2), cho 16 giá trị của tau và eta. Sự phù hợp
trọng lượng phân rã theo cấp số nhân với hằng số thời gian w (cho trước với -wt) dưới dạng exp (-t / w), và
TCAF và độ vừa vặn được tính toán theo thời gian 5 * w. Các giá trị eta phải được phù hợp với 1 - a
eta (k) k ^ 2, từ đó người ta có thể ước tính độ nhớt cắt tại k = 0.

Khi hộp là hình khối, người ta có thể sử dụng tùy chọn -oc, tính trung bình của TCAF trên tất cả
k-vectơ có cùng độ dài. Điều này dẫn đến TCAF chính xác hơn. Cả khối
TCAF và phù hợp được viết cho -oc Các ước tính eta khối cũng được viết thành -ov.

với tùy chọn -mol, dòng điện ngang được xác định từ các phân tử thay vì các nguyên tử. Trong
trường hợp này, nhóm chỉ số nên bao gồm số phân tử thay vì số nguyên tử.

Độ nhớt phụ thuộc k trong -ov tệp phải được lắp vào eta (k) = eta_0 (1 - ak ^ 2)
để thu được độ nhớt ở bước sóng vô hạn.

Lưu ý: đảm bảo rằng bạn viết đủ tọa độ và vận tốc thường xuyên. Ban đầu,
không theo cấp số nhân, một phần của hàm tự tương quan là rất quan trọng để thu được
phù hợp tốt.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.trr / .cpt / ...>] (traj.trr)
Quỹ đạo hoàn toàn chính xác: trr cpt tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Tùy chọn)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-tốt [<.xvg>] (transcur.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
tệp xvgr / xmgr

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
tệp xvgr / xmgr

-của [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
tệp xvgr / xmgr

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
tệp xvgr / xmgr

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)

-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

- [không] mol (không)
Tính TCAF của các phân tử

- [không] k34 (không)
Cũng sử dụng k = (3,0,0) và k = (4,0,0)

-wt (5)
Thời gian giảm dần theo cấp số nhân đối với trọng lượng phù hợp với TCAF

-acflen (-1)
Độ dài của ACF, mặc định là một nửa số khung hình

- [không] bình thường hóa (Đúng)
Chuẩn hóa ACF

-P (0)
Thứ tự của đa thức Legendre cho ACF (0 cho biết không có): 0, 1, 2, 3

-fitfn (None)
Hàm Fit: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-bắt đầu (0)
Thời gian bắt đầu sự phù hợp theo cấp số nhân của hàm tương quan

-endfit (-1)
Thời gian kết thúc sự phù hợp theo cấp số nhân của hàm tương quan, -1 là cho đến khi
cuối

Sử dụng gmx-tcaf trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net