go2obop - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - công cụ chuyển đổi và các trình bao bọc của nó

SYNOPSIS

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology / *. ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology / gene_ontology.obo

MÔ TẢ

phân tích cú pháp bất kỳ tệp ontology kiểu GO / OBO nào và ghi ra dưới dạng định dạng khác

TRANH LUẬN
-e LỖI

ghi lỗi phân tích cú pháp trong XML - mặc định là STDERR (không nên có lỗi phân tích cú pháp
tệp đã hình thành)

-p FORMAT

xác định trình phân tích cú pháp để sử dụng; nếu không được xác định, sẽ đưa ra phỏng đoán dựa trên tệp
hậu tố. Xem bên dưới để biết các định dạng

-w | nhà văn FORMAT

định dạng cho đầu ra - xem bên dưới để biết danh sách

- | xslt XSLT

Tên hoặc tên tệp của một biến đổi XSLT

Đây có thể là một đường dẫn tuyệt đối đến một tệp ở bất kỳ đâu trên hệ thống tệp hoặc nó có thể chỉ
là tên của xslt; ví dụ

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Nếu tên được chỉ định, thì trước hết $ GO_ROOT / xml / xsl / *. Xsl sẽ được tìm kiếm; nếu như
GO_ROOT không được đặt, khi đó mô-đun perl nơi GO được cài đặt sẽ được tìm kiếm (
xsenta sẽ tự động được cài đặt tại đây nếu bạn làm theo quy trình cài đặt thông thường)

-use_cache
Nếu công tắc này được chỉ định, thì chế độ bộ nhớ đệm được bật.

Với chế độ bộ nhớ đệm, lần đầu tiên bạn phân tích cú pháp một tệp, sau đó một tệp bổ sung sẽ
được xuất ở định dạng đặc biệt để phân tích cú pháp nhanh. Tệp này sẽ có cùng tên tệp
là tệp gốc, ngoại trừ nó sẽ có hậu tố ".cache".

Lần tiếp theo khi bạn phân tích cú pháp tệp, chương trình này sẽ tự động kiểm tra sự tồn tại của
của tệp ".cache". Nếu nó tồn tại và gần đây hơn tệp bạn đã chỉ định, điều này
được phân tích cú pháp thay thế. Nếu nó không tồn tại, nó được xây dựng lại.

Điều này sẽ mang lại sự cải thiện tốc độ cho b của các định dạng đầu ra bên dưới (chẳng hạn như
danh sách đường dẫn). Hầu hết các định dạng đầu ra hoạt động với phân tích cú pháp dựa trên sự kiện, do đó, bộ nhớ đệm đối tượng mang lại
không có lợi và trên thực tế sẽ chậm hơn so với việc bỏ qua bộ nhớ cache

M FORU ĐƠN
các định dạng có thể ghi là

đi_không
Các tệp có hậu tố ".ontology"

Những thứ này lưu trữ các DAG bản thể học

go_def
Các tệp có hậu tố ".defs"

go_xref
Tham chiếu cơ sở dữ liệu bên ngoài cho các điều khoản GO

Các tệp có hậu tố "2go" (ví dụ: ec2go, metacyc2go)

go_assoc
Chú thích về gen hoặc sản phẩm gen sử dụng GO

Các tệp có tiền tố "liên kết gen".

obo_text
Các tệp có hậu tố ".obo"

Đây là một định dạng tệp mới thay thế cho các định dạng tệp phẳng GO hiện có. Nó
xử lý các bản thể học, định nghĩa và xrefs (nhưng không xử lý các liên kết)

obo_xml
Tệp có hậu tố ".obo.xml" hoặc ".obo-xml"

Đây là phiên bản XML của định dạng tệp phẳng OBO ở trên

prolog
sự thật về prolog - bạn sẽ cần một trình biên dịch / thông dịch prolog để sử dụng chúng. Bạn có thể
lý do về những sự thật này bằng cách sử dụng Obol hoặc dự án Bio-LP sắp tới

biểu diễn dạng bảng tbl đơn giản (mất mát)

tóm tắt
có thể được sử dụng trên cả tệp bản thể học và tệp liên kết

danh sách đường dẫn
hiển thị tất cả các đường dẫn đến gốc

định dạng cú OWL (mặc định: OWL-DL)

OWL là một định dạng chuẩn W3C cho các bản thể học

Bạn sẽ cần các tệp XSL từ bản phân phối go-dev đầy đủ để chạy điều này; xem XML
phần tronghttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
một biểu diễn YAML của đối tượng GO :: Model :: Graph

obj_stable
Một kết xuất của đối tượng perl GO :: Model :: Graph. Bạn cần lưu trữ từ CPAN cho việc này để
công việc. Điều này nhằm mục đích lưu trữ các đối tượng trên hệ thống tệp để truy cập nhanh. Các
biểu diễn obj_stove có thể không di động được

văn bản_html
Định dạng đầu ra html-ified OBO

godb_prestore
XML ánh xạ trực tiếp đến lược đồ quan hệ GODB (sau đó có thể được tải bằng cách sử dụng
sti-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML ánh xạ trực tiếp đến lược đồ quan hệ Chado (sau đó có thể được tải bằng cách sử dụng
sti-storenode.pl)

TÀI LIỆU
<http://www.godatabase.org/dev>

Sử dụng go2obop trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net