gt-gff3 - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gt-gff3 - Phân tích cú pháp, có thể chuyển đổi và xuất các tệp GFF3.

SYNOPSIS

gt gff3 [tùy chọn ...] [GFF3_file ...]

MÔ TẢ

-loại [có | không]
sắp xếp các tính năng GFF3 (tiêu thụ bộ nhớ tỷ lệ với (các) kích thước tệp đầu vào)
(mặc định: không)

-sắp xếp [có | không]
sắp xếp các tính năng GFF3 trên cơ sở dòng nghiêm ngặt (không được sắp xếp theo định nghĩa của GenomeTools)
(mặc định: không)

-sắp xếp [có | không]
cho phép sắp xếp số tự nhiên cho các vùng trình tự (không được sắp xếp theo định nghĩa của
GenomeTools) (mặc định: không)

-ngăn nắp [có | không]
cố gắng dọn dẹp các tệp GFF3 trong quá trình phân tích cú pháp (mặc định: không)

-chất giữ lại [có | không]
khi có sẵn, hãy sử dụng các ID gốc được cung cấp trong tệp nguồn (tiêu thụ bộ nhớ
tỷ lệ với (các) kích thước tệp đầu vào) (mặc định: không)

-kiểm tra [có | không]
đảm bảo các thuộc tính ID là duy nhất trong phạm vi của mỗi GFF3_file, theo yêu cầu
theo đặc tả GFF3 (mức tiêu thụ bộ nhớ tỷ lệ với (các) kích thước tệp đầu vào).
Nếu các đối tượng địa lý có cùng thuộc tính Gốc không được phân tách bằng dấu # dòng GFF3
trình phân tích cú pháp cố gắng coi chúng như một tính năng nhiều dòng. Điều này yêu cầu ít nhất phải phù hợp
ID trình tự và loại. (mặc định: không)

-addids [có | không]
tự động thêm các dòng "## dãy-vùng" bị thiếu (mặc định: có)

-chu vực ranh giới [có | không]
tự động điều chỉnh các dòng "## dãy-vùng" để chứa tất cả các tính năng của chúng (bộ nhớ
mức tiêu thụ tỷ lệ với (các) kích thước tệp đầu vào) (mặc định: không)

-addintron [có | không]
thêm các tính năng intron giữa các tính năng exon hiện có (mặc định: không)

-bù lại [giá trị]
biến đổi tất cả các đối tượng địa lý theo độ lệch đã cho

-offsetfile [tên tập tin]
chuyển đổi tất cả các tính năng theo các hiệu số được cung cấp trong tệp (mặc định: không xác định)

-setource [chuỗi]
thiết lập nguồn giá trị (cột thứ 2) của mỗi đối tượng địa lý (mặc định: không xác định)

-đánh máy [chuỗi]
sử dụng bản thể luận được cung cấp trong tệp OBO để xác thực mối quan hệ cha-con. Nếu không
được đưa ra, tệp sofa.obo từ thư mục gtdata / obo_files được sử dụng. Nếu như
một đối số được đưa ra, nó được sử dụng làm tên tệp OBO. Trong trường hợp một tệp như vậy
không tồn tại .obo được thêm vào đối số và tải tên tệp kết quả từ
thư mục gtdata / obo_files đã được thử. (mặc định: không xác định)

-xrfkiểm tra [chuỗi]
kiểm tra các thuộc tính Dbxref và Ontology_term để biết cú pháp chính xác theo
tập tin định nghĩa viết tắt. Nếu không có đối số nào được đưa ra, tệp GO.xrf_abbs từ
thư mục gtdata / xrf_abbr được sử dụng. Nếu một đối số được đưa ra, nó được sử dụng như một
tên tệp cho một tệp viết tắt. Trong trường hợp tệp như vậy không tồn tại,
.xrf_abbr được thêm vào đối số và tải tên tệp kết quả từ
thư mục gtdata / xrf_abbr đã được thử. (mặc định: không xác định)

-chỉ [có | không]
hiển thị đầu ra GFF3 (mặc định: có)

-v [có | không]
dài dòng (mặc định: không)

-chiều rộng [giá trị]
đặt chiều rộng đầu ra cho in theo trình tự FASTA (0 tắt định dạng) (mặc định: 0)

-o [tên tập tin]
chuyển hướng đầu ra đến tệp được chỉ định (mặc định: không xác định)

-gzip [có | không]
ghi tệp đầu ra nén gzip (mặc định: không)

-bzip2 [có | không]
ghi tệp đầu ra nén bzip2 (mặc định: không)

-lực lượng [có | không]
buộc ghi vào tệp đầu ra (mặc định: không)

-Cứu giúp
hiển thị trợ giúp và thoát

-phiên bản
thông tin phiên bản màn hình và thoát

Định dạng tệp cho tùy chọn -offsetfile:

Tệp được cung cấp cho tùy chọn -offsetfile xác định một bảng ánh xạ có tên là “hiệu số”. Nó lập bản đồ
các mục nhập vùng trình tự được đưa ra trong GFF3_file để bù đắp. Nó có thể được định nghĩa là
sau:

hiệu số = {
chr1 = 1000,
chr2 = 500
}

Khi ví dụ này được sử dụng, tất cả các tính năng có seqid “chr1” sẽ được bù đắp bằng 1000 và tất cả
các tính năng với seqid “chr2” bằng 500.

If -offsetfile được sử dụng, hiệu số cho tất cả các vùng trình tự có trong các tệp GFF3 nhất định
phải được xác định.

BÁO CÁO GIỎI

Báo cáo lỗi cho[email được bảo vệ]>.

Sử dụng gt-gff3 trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net