Đây là lệnh hhfilter có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
hhfilter - lọc sự căn chỉnh theo nhận dạng trình tự tối đa của các trạng thái đối sánh và tối thiểu
bảo hiểm
SYNOPSIS
hhfilter -i trong tập tin -o ô uế [lựa chọn]
MÔ TẢ
HHfilter phiên bản 2.0.16 (tháng 2013 năm XNUMX) Lọc căn chỉnh theo nhận dạng trình tự tối đa của
trạng thái khớp và mức độ phù hợp tối thiểu (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert,
Andreas Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A và Soding J. HHblits: Nhanh như chớp
tìm kiếm trình tự protein lặp đi lặp lại bằng cách liên kết HMM-HMM. Nat. Phương pháp 9: 173-175 (2011).
-i
đọc tệp đầu vào ở định dạng A3M / A2M hoặc FASTA
-o
ghi vào tệp đầu ra ở định dạng A3M
-a
nối vào tệp đầu ra ở định dạng A3M
LỰA CHỌN
-v
chế độ tiết: 0: không có đầu ra màn hình 1: chỉ có các sóng 2: tiết
-Tôi [0,100] nhận dạng trình tự theo cặp tối đa (%) (def = 90)
-khác biệt [0, inf [
lọc MSA bằng cách chọn tập hợp trình tự đa dạng nhất, giữ lại ít nhất nhiều
seqs trong mỗi khối MSA có độ dài 50 (def = 0)
-cov [0,100] mức độ phù hợp tối thiểu với truy vấn (%) (def = 0)
-qid [0,100] nhận dạng trình tự tối thiểu với truy vấn (%) (def = 0)
-qsc [0,100] điểm tối thiểu cho mỗi cột có truy vấn (def = -20.0)
-neff [1, inf]
mục tiêu đa dạng của căn chỉnh (mặc định = tắt)
Đầu vào liên kết định dạng:
-M a2m sử dụng A2M / A3M (mặc định): chữ hoa = Khớp; chữ thường = Chèn; '-' = Xóa; '.' =
khoảng trống được căn chỉnh để chèn (có thể bị bỏ qua)
-M Thành phố điện khí hóa phía tây dãy núi Rocky đầu tiên
sử dụng FASTA: các cột có phần dư trong trình tự đầu tiên là trạng thái khớp
-M [0,100]
sử dụng FASTA: các cột có khoảng trống ít hơn X% là trạng thái khớp
Ví dụ: hhfilter -Tôi 50 -i d1mvfd_.a2m -o d1mvfd_.fil.a2m
Sử dụng hhfilter trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net