hhsearch - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

hhsearch - tìm kiếm cơ sở dữ liệu HMM với căn chỉnh truy vấn hoặc truy vấn HMM

SYNOPSIS

hhsearch -i truy vấn -d cơ sở dữ liệu [lựa chọn]

MÔ TẢ

HHsearch phiên bản 2.0.16 (tháng 2013 năm XNUMX) Tìm kiếm cơ sở dữ liệu của HMM với căn chỉnh truy vấn hoặc
truy vấn HMM (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser Soding,
J. Phát hiện tương đồng protein bằng so sánh HMM-HMM. Tin sinh học 21: 951-960 (2005).

-i
nhập / truy vấn căn chỉnh nhiều trình tự (a2m, a3m, FASTA) hoặc HMM

-d
Cơ sở dữ liệu HMM của các HMM được nối ở định dạng hhm, HMMER hoặc a3m, HOẶC, nếu tệp có
phần mở rộng, danh sách tên tệp HMM, mỗi tên một dòng. Nhiều dbs, HMM hoặc pal
tập tin với -d ' ... '

có thể là 'stdin' hoặc 'stdout' trong suốt.

Đầu ra lựa chọn:
-o
ghi kết quả ở định dạng chuẩn vào tệp (mặc định = )

-Như là
viết các căn chỉnh theo chiều cặp của các kết quả phù hợp quan trọng ở định dạng FASTA Tương tự cho
đầu ra ở định dạng a3m, a2m và psi (ví dụ: -oa3m)

-oa3m
viết MSA của các kết quả phù hợp quan trọng ở định dạng a3m Tương tự cho đầu ra ở a2m, psi,
và định dạng hhm (ví dụ: -ồhm)

-e [0,1]
Mức cắt giá trị E để đưa vào nhiều căn chỉnh (def = 0.001)

-seq
tối đa số chuỗi truy vấn / mẫu được hiển thị (def = 1) Cẩn thận với lỗi tràn! Tất cả các
các chuỗi này được lưu trữ trong bộ nhớ.

-biểu tượng hiển thị trình tự đồng thuận dưới dạng chuỗi chính của truy vấn MSA

-các biểu tượng
không hiển thị trình tự đồng thuận trong các căn chỉnh (mặc định = hiển thị)

-nó
không hiển thị cấu trúc thứ hai được dự đoán trong căn chỉnh (mặc định = hiển thị)

-gật đầu
không hiển thị cấu trúc thứ hai của DSSP trong căn chỉnh (mặc định = hiển thị)

-ssconf
thể hiện tâm sự cho cấu trúc thứ hai được dự đoán trong sự liên kết

-p
xác suất tối thiểu trong danh sách tóm tắt và căn chỉnh (def = 20)

-E
giá trị E tối đa trong danh sách tóm tắt và căn chỉnh (def = 1E + 06)

-Z
số dòng tối đa trong danh sách lượt truy cập tóm tắt (def = 500)

-z
số dòng tối thiểu trong danh sách lượt truy cập tóm tắt (def = 10)

-B
số lượng căn chỉnh tối đa trong danh sách căn chỉnh (def = 500)

-b
số lượng căn chỉnh tối thiểu trong danh sách căn chỉnh (def = 10)

-aliw [40, .. [
số cột trên mỗi dòng trong danh sách căn chỉnh (def = 80)

-dbstrlen
độ dài tối đa của chuỗi cơ sở dữ liệu sẽ được in trong tệp hhr

Lọc truy vấn liên kết nhiều trình tự

-Tôi [0,100] nhận dạng trình tự theo cặp tối đa (%) (def = 90)

-khác biệt [0, inf [
lọc MSA bằng cách chọn tập hợp trình tự đa dạng nhất, giữ lại ít nhất nhiều
seqs trong mỗi khối MSA có độ dài 50 (def = 100)

-cov [0,100] mức độ phù hợp tối thiểu với truy vấn (%) (def = 0)

-qid [0,100] nhận dạng trình tự tối thiểu với truy vấn (%) (def = 0)

-qsc [0,100] điểm tối thiểu cho mỗi cột có truy vấn (def = -20.0)

-neff [1, inf]
mục tiêu đa dạng của căn chỉnh (mặc định = tắt)

Đầu vào liên kết định dạng:
-M a2m sử dụng A2M / A3M (mặc định): chữ hoa = Khớp; chữ thường = Chèn; '-' = Xóa; '.' =
khoảng trống được căn chỉnh để chèn (có thể bị bỏ qua)

-M Thành phố điện khí hóa phía tây dãy núi Rocky đầu tiên
sử dụng FASTA: các cột có phần dư trong trình tự đầu tiên là trạng thái khớp

-M [0,100]
sử dụng FASTA: các cột có khoảng trống ít hơn X% là trạng thái khớp

-thẻ KHÔNG vô hiệu hóa các thẻ His-, C-myc-, FLAG và trình tự nhận dạng trypsin để
phân bố nền

HMM-HMM liên kết lựa chọn:
-noreal
KHÔNG sắp xếp lại các lần truy cập được hiển thị bằng thuật toán MAC (def = realign)

-mact [0,1 [
ngưỡng xác suất sau để căn chỉnh lại MAC (def = 0.350)
liên kết tham lam: 0: global> 0.1: local

-bóng đá/ -loc
sử dụng chế độ căn chỉnh toàn cầu / cục bộ để tìm kiếm / xếp hạng (def = cục bộ)

-alt
hiển thị nhiều căn chỉnh thay thế quan trọng này (def = 2)

-vit sử dụng thuật toán Viterbi để tìm kiếm / xếp hạng (mặc định)

-mac sử dụng thuật toán Độ chính xác tối đa (MAC) để tìm kiếm / xếp hạng

-phía trước
sử dụng xác suất Chuyển tiếp để tìm kiếm

-loại trừ
loại trừ các vị trí truy vấn khỏi căn chỉnh, ví dụ: '1-33,97-168'

-chuyển [-số 1,1]
điểm bù (def = -0.03)

-sửa lỗi [0,1]
trọng số của thuật ngữ đối với tương quan cặp (def = 0.10)

-sc điểm axit amin (tja: mẫu HMM ở cột j) (def = 1)

0 = log2 Sum (tja * qia / pa) (pa: aa tần số nền)

1 = log2 Tổng (tja * qia / pqa) (pqa = 1/2 * (pa + ta))

2 = log2 Sum (tja * qia / ta) (ta: av. Aa freqs trong mẫu)

3 = log2 Sum (tja * qia / qa) (qa: av. Aa freqs trong truy vấn)

5 hiệu chỉnh thành phần axit amin cục bộ

-ssm {0, .., 4}
0: không có điểm ss nào 1,2: điểm ss sau hoặc trong khi căn chỉnh [default = 2] 3,4: ss
ghi điểm sau hoặc trong khi căn chỉnh, dự đoán so với dự đoán

-ssw [0,1] trọng số của điểm ss so với điểm cột (def = 0.11)

-ssa [0,1] Ma trận thay thế SS = (1-ssa) * I + ssa * ma trận thay thế SS đầy đủ
[def = 1.00)

Gap chi phí lựa chọn:
-gapb [0, inf [
Phụ gia số lượng giả chuyển tiếp (def = 1.00)

-gapd [0, inf [
Phụ gia số lượng giả chuyển tiếp cho khoảng trống mở (mặc định = 0.15)

-há hốc mồm [0,1.5]
Phụ gia số lượng giả chuyển tiếp để mở rộng khoảng cách (def = 1.00)

-gapf ] 0, inf]
yếu tố để tăng / giảm hình phạt mở khoảng trống cho các lần xóa (def = 0.60)

-gapg ] 0, inf]
yếu tố để tăng / giảm hình phạt mở khoảng cách cho các lần chèn (def = 0.60)

-gaph ] 0, inf]
hệ số để tăng / giảm hình phạt mở rộng khoảng cách cho các lần xóa (def = 0.60)

-gapi ] 0, inf]
hệ số để tăng / giảm hình phạt mở rộng khoảng cách cho các lần chèn (def = 0.60)

-egq [0, inf [hình phạt (bit) cho các khoảng trống cuối được căn chỉnh để truy vấn phần còn lại (def = 0.00)

-egt [0, inf [hình phạt (bit) cho các khoảng trống cuối được căn chỉnh với phần gốc của mẫu (def = 0.00)

số giả (máy tính) lựa chọn:
-pcm {0, .., 3}
sự phụ thuộc vào vị trí của phụ gia pc 'tau' (chế độ pc, mặc định = 2) 0: không có số lượng giả:
tau = 0 1: hằng số tau = a 2: phụ thuộc đa dạng: tau = a / (1 +
((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: số lượng seq hiệu dụng trong MSA cục bộ xung quanh cột i)
3: số giả đa dạng không đổi

-pca [0,1] tổng thể phụ gia số lượng giả (def = 1.0)

-pcb [1, inf [Giá trị ngưỡng Neff cho -pcm 2 (độ phân giải = 1.5)

-pcc [0,3] số mũ tuyệt chủng c cho -pcm 2 (độ phân giải = 1.0)

Theo ngữ cảnh cụ thể số lượng giả:
-nocontxt
sử dụng ma trận thay thế thay vì số giả theo ngữ cảnh cụ thể

-contxt tệp ngữ cảnh để tính toán số giả cụ thể theo ngữ cảnh
(default =. / data / context_data.lib)

-cslib
tệp trạng thái cột để lọc trước cơ sở dữ liệu nhanh (mặc định =. / data / cs219.lib)

-csw [0, inf] trọng số của vị trí trung tâm trong chế độ tài khoản giả cs (def = 1.6)

-csb [0,1] tham số phân rã trọng lượng cho các vị trí trong chế độ cs pc (def = 0.9)

Nền tảng khác lựa chọn:
-CPU
số lượng CPU sẽ sử dụng (đối với SMP bộ nhớ dùng chung) (mặc định = 1)

-v
chế độ tiết: 0: không có đầu ra màn hình 1: chỉ có các sóng 2: tiết

-tối đa
số lượng cột HMM tối đa (def = 15002)

-tối đa [1, inf [bộ nhớ khả dụng tối đa tính bằng GB (def = 3.0)

-điểm ghi điểm cho tất cả các so sánh theo cặp vào tệp

-điềm tĩnh {0, .., 3} hiệu chuẩn điểm thực nghiệm của 0: truy vấn 1: mẫu 2: cả hai

mặc định 3: ước tính dựa trên mạng nơ-ron của các tham số EVD

Ví dụ: hhsearch -i a.1.1.1.a3m -d scop70_1.71.hhm

Sử dụng hhsearch trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net