hmmer2 - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

HMMER - phần mềm mô hình Markov ẩn hồ sơ

SYNOPSIS

hmm2align
Căn chỉnh nhiều chuỗi thành một hồ sơ HMM.

hmm2build
Xây dựng hồ sơ HMM từ việc căn chỉnh nhiều chuỗi nhất định.

hmm2hiệu chỉnh
Xác định các thông số có ý nghĩa thống kê thích hợp cho một hồ sơ HMM trước
để thực hiện tìm kiếm cơ sở dữ liệu.

hmm2convert
Chuyển đổi HMM cấu hình HMMER sang các định dạng khác, chẳng hạn như cấu hình GCG.

hmm2 phát ra
Tạo trình tự theo xác suất từ ​​hồ sơ HMM.

hmm2fetch
Truy xuất HMM từ cơ sở dữ liệu HMM

hmm2index
Tạo chỉ mục SSI nhị phân cho cơ sở dữ liệu HMM

hmm2pfam
Tìm kiếm cơ sở dữ liệu HMM hồ sơ theo trình tự (nghĩa là chú thích các loại
tên miền trong chuỗi truy vấn).

hmm2search
Tìm kiếm cơ sở dữ liệu trình tự có cấu hình HMM (nghĩa là tìm các điểm tương đồng bổ sung của
một gia đình kiểu mẫu).

MÔ TẢ

Các chương trình này sử dụng các mô hình Markov ẩn hồ sơ (HMM hồ sơ) để mô hình hóa chính
sự đồng thuận về cấu trúc của một họ trình tự protein hoặc axit nucleic.

LỰA CHỌN

Tất cả HMMER chương trình đưa ra một bản tóm tắt ngắn gọn về cú pháp dòng lệnh và các tùy chọn nếu
được gọi mà không có bất kỳ đối số nào. Khi được gọi với một đối số duy nhất, -h (tức là giúp đỡ), một
chương trình sẽ báo cáo thông tin sử dụng dòng lệnh chi tiết hơn, bao gồm cả những thông tin hiếm khi được sử dụng,
các lựa chọn thử nghiệm và chuyên gia. -h sẽ báo cáo số phiên bản hữu ích nếu bạn
cần báo cáo lỗi hoặc vấn đề với tôi.

Mỗi trang web HMMER chương trình có trang man riêng tóm tắt ngắn gọn cách sử dụng dòng lệnh. Có
cũng là hướng dẫn sử dụng đi kèm với bản phân phối phần mềm, bao gồm phần hướng dẫn
giới thiệu và mô tả chi tiết hơn về các chương trình.

Xem http://hmmer.janelia.org/ để có tài liệu trực tuyến và bản phát hành HMMER hiện tại.

Nói chung, người dùng mới bắt đầu không cần có tùy chọn dòng lệnh nào. Mặc định là
thiết lập để có hiệu suất tối ưu trong hầu hết các tình huống. Các tùy chọn là chữ thường duy nhất
chữ cái (ví dụ -a ) là những lựa chọn "phổ biến" dự kiến ​​sẽ được sử dụng thường xuyên và sẽ
quan trọng trong nhiều ứng dụng. Các tùy chọn là các chữ cái viết hoa duy nhất (ví dụ: -B )
thường là những lựa chọn ít phổ biến hơn nhưng cũng có thể quan trọng trong một số ứng dụng. Tùy chọn
đó là những từ đầy đủ (ví dụ --dài dòng ) hiếm khi được sử dụng, thử nghiệm hoặc chuyên gia
tùy chọn. Một số tùy chọn thử nghiệm chỉ có sẵn cho các thử nghiệm đang diễn ra của riêng tôi với
HMMER và có thể không được hỗ trợ hoặc ghi chép đầy đủ.

SỰ NỐI TIẾP FILE M FORU ĐƠN

Nói chung, HMMER cố gắng đọc hầu hết các định dạng tệp trình tự sinh học phổ biến. Nó
tự động phát hiện định dạng của tập tin. Nó cũng tự động phát hiện xem các chuỗi có phải là protein hay không
hoặc axit nucleic. Mã thoái hóa IUPAC tiêu chuẩn được cho phép bổ sung cho thông thường
Mã 4 chữ cái hoặc 20 chữ cái.

Không căn chỉnh trình tự
Các tệp trình tự không được căn chỉnh có thể ở dạng FASTA, Swissprot, EMBL, GenBank, PIR,
Định dạng Intelligenics, Strider hoặc GCG. Các định dạng này được ghi lại trong
Hướng dẫn sử dụng.

Trình tự sự liên kết
Nhiều sắp xếp trình tự có thể ở định dạng CLUSTALW, SELEX hoặc GCG MSF. Những cái này
các định dạng được ghi lại trong Hướng dẫn sử dụng.

MÔI TRƯỜNG BIẾN

Để dễ dàng sử dụng cơ sở dữ liệu HMM và chuỗi ổn định lớn, HMMER tìm kiếm tập tin trình tự
và các tệp HMM trong thư mục làm việc hiện tại cũng như trong các thư mục hệ thống được chỉ định
bởi các biến môi trường.

BLASTDB
Chỉ định vị trí thư mục của cơ sở dữ liệu tuần tự. Ví dụ: /seqlibs/blast-
db/. Trong các bản cài đặt sử dụng phần mềm BLAST, biến môi trường này có thể
đã được thiết lập sẵn.

HMMERDB
Chỉ định vị trí thư mục của cơ sở dữ liệu HMM. Ví dụ: /seqlibs/pfam/.

Sử dụng hmmer2 trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net