kraken-build - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

kraken-build - gán nhãn phân loại cho các trình tự DNA ngắn

SYNOPSIS

kraken-xây dựng [công việc tùy chọn] [lựa chọn]

MÔ TẢ

Nhiệm vụ lựa chọn (chính xác một phải be đã chọn):
- download-taxonomy
Tải xuống thông tin phân loại NCBI

- tải xuống-thư viện LOẠI
Tải xuống thư viện một phần (TYPE = một trong số "vi khuẩn", "plasmid", "vi rút", "người")

--thêm vào thư viện FILE
Thêm FILE vào thư viện

--xây dựng
Tạo DB từ thư viện (yêu cầu phân loại d / l'ed và ít nhất một tệp trong thư viện)

- xây dựng lại
Tạo DB từ thư viện như --xây dựng, nhưng xóa các tệp không thuộc thư viện / phân loại hiện có
trước khi xây dựng

--dọn dẹp
Xóa các tệp không cần thiết khỏi cơ sở dữ liệu đã xây dựng

--co lại NEW_CT
Thu nhỏ DB hiện có để chỉ có NEW_CT k-mers

--Tiêu chuẩn
Tải xuống và tạo cơ sở dữ liệu mặc định

--nâng cấp
Nâng cấp cơ sở dữ liệu cũ hơn hiện có để sử dụng thứ tự bộ thu nhỏ xáo trộn (xem README
để biết chi tiết)

--Cứu giúp In tin nhắn này

--phiên bản
Thông tin phiên bản in

LỰA CHỌN

--db TÊN
Kraken DB / tên thư viện (bắt buộc ngoại trừ --Cứu giúp/--phiên bản)

--chủ đề #
Số lượng chủ đề (def: 1)

--db mới TÊN
Tên Kraken DB mới (chỉ tác vụ thu nhỏ; bắt buộc đối với tác vụ thu nhỏ)

--kmer-len NUM
Độ dài K-mer tính bằng bp (chỉ các tác vụ xây dựng / thu nhỏ; def: 31)

--minimizer-len NUM
Chiều dài bộ thu nhỏ tính bằng bp (chỉ dành cho các tác vụ xây dựng / thu nhỏ; def: 15)

--sứa-băm-kích thước STR
Chuyển một đối số kích thước băm cụ thể cho sứa khi xây dựng cơ sở dữ liệu (tác vụ xây dựng
chỉ)

- max-db-size KÍCH THƯỚC
Thu nhỏ DB trước khi xây dựng đầy đủ, đảm bảo cơ sở dữ liệu và chỉ mục cùng sử dụng <=
SIZE gigabyte (chỉ tác vụ xây dựng)

--shrink-block-offset NUM
Khi thu nhỏ, hãy chọn k-mer có NUM vị trí từ cuối khối
k-mers (mặc định: 1)

--làm việc trên đĩa
Thực hiện hầu hết các hoạt động trên đĩa thay vì trong RAM (sẽ làm chậm quá trình xây dựng trong hầu hết các
các trường hợp)

Sử dụng kraken-build trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net