mafft-fftnsi - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

mafft - Chương trình liên kết nhiều lần cho trình tự axit amin hoặc nucleotit

SYNOPSIS

sự lừa dối [lựa chọn] đầu vào [> đầu ra]

vì thế đầu vào [> đầu ra]

nhân sâm đầu vào [> đầu ra]

einsi đầu vào [> đầu ra]

fftnsi đầu vào [> đầu ra]

fftns đầu vào [> đầu ra]

nwn đầu vào [> đầu ra]

nwnsi đầu vào [> đầu ra]

hồ sơ mafft group1 group2 [> đầu ra]

đầu vào, group1 và group2 phải ở định dạng FASTA.

MÔ TẢ

MAFFT là một chương trình căn chỉnh nhiều trình tự cho các hệ điều hành giống unix. Nó cung cấp
một loạt các phương pháp căn chỉnh.

Định hướng chính xác phương pháp:
· L-INS-i (có lẽ chính xác nhất; được khuyến nghị cho <200 chuỗi; tinh chỉnh lặp đi lặp lại
phương pháp kết hợp thông tin căn chỉnh theo cặp cục bộ):

sự lừa dối --cặp cục bộ - tốc độ tối đa 1000 đầu vào [> đầu ra]

vì thế đầu vào [> đầu ra]

· G-INS-i (thích hợp cho các trình tự có độ dài tương tự nhau; khuyến nghị cho các trình tự <200;
phương pháp tinh chỉnh lặp đi lặp lại kết hợp thông tin liên kết theo cặp toàn cầu):

sự lừa dối --globalpair - tốc độ tối đa 1000 đầu vào [> đầu ra]

nhân sâm đầu vào [> đầu ra]

· E-INS-i (thích hợp cho các trình tự chứa các vùng lớn không thể chuyển đổi được; được khuyến nghị cho
<200 chuỗi):

sự lừa dối --ep 0 --genafair - tốc độ tối đa 1000 đầu vào [> đầu ra]

einsi đầu vào [> đầu ra]

Đối với E-INS-i, --ep 0 tùy chọn được khuyến nghị để cho phép các khoảng trống lớn.

Định hướng tốc độ phương pháp:
· FFT-NS-i (phương pháp tinh chỉnh lặp đi lặp lại; chỉ hai chu kỳ):

sự lừa dối --retree 2 - tốc độ tối đa 2 đầu vào [> đầu ra]

fftnsi đầu vào [> đầu ra]

· FFT-NS-i (phương pháp tinh chỉnh lặp đi lặp lại; tối đa 1000 lần lặp):

sự lừa dối --retree 2 - tốc độ tối đa 1000 đầu vào [> đầu ra]

· FFT-NS-2 (nhanh; phương pháp lũy tiến):

sự lừa dối --retree 2 - tốc độ tối đa 0 đầu vào [> đầu ra]

fftns đầu vào [> đầu ra]

· FFT-NS-1 (rất nhanh; được khuyến nghị cho> 2000 trình tự; phương pháp lũy tiến với một
cây hướng dẫn):

sự lừa dối --retree 1 - tốc độ tối đa 0 đầu vào [> đầu ra]

· NW-NS-i (phương pháp tinh chỉnh lặp đi lặp lại không có phép gần đúng FFT; chỉ hai chu kỳ):

sự lừa dối --retree 2 - tốc độ tối đa 2 --nofft đầu vào [> đầu ra]

nwnsi đầu vào [> đầu ra]

· NW-NS-2 (nhanh; phương pháp lũy tiến không có phép gần đúng FFT):

sự lừa dối --retree 2 - tốc độ tối đa 0 --nofft đầu vào [> đầu ra]

nwn đầu vào [> đầu ra]

· NW-NS-PartTree-1 (được khuyến nghị cho ~ 10,000 đến ~ 50,000 chuỗi; phương pháp lũy tiến
với thuật toán PartTree):

sự lừa dối --retree 1 - tốc độ tối đa 0 --nofft --cây phần đầu vào [> đầu ra]

Nhóm này sang nhóm khác sự liên kết

hồ sơ mafft group1 group2 [> đầu ra]

hoặc:

sự lừa dối - tốc độ tối đa 1000 --hạt giống group1 --hạt giống group2 / dev / null [> đầu ra]

LỰA CHỌN

Thuật toán
--tự động
Tự động chọn một chiến lược thích hợp từ L-INS-i, FFT-NS-i và FFT-NS-2,
theo kích thước dữ liệu. Mặc định: tắt (luôn FFT-NS-2)

--6merpair
Khoảng cách được tính dựa trên số lượng 6 người dùng chung. Mặc định: bật

--globalpair
Tất cả các căn chỉnh theo cặp được tính toán bằng thuật toán Needleman-Wunsch. Hơn
chính xác nhưng chậm hơn --6merpair. Thích hợp cho một tập hợp có thể điều chỉnh toàn cầu
trình tự. Áp dụng cho tối đa ~ 200 chuỗi. Sự kết hợp với --maxiterate 1000
được khuyến nghị (G-INS-i). Mặc định: tắt (khoảng cách 6mer được sử dụng)

--cặp cục bộ
Tất cả các căn chỉnh theo cặp được tính toán bằng thuật toán Smith-Waterman. Chính xác hơn
nhưng chậm hơn --6merpair. Thích hợp cho một tập hợp các trình tự có thể thay đổi cục bộ.
Áp dụng cho tối đa ~ 200 chuỗi. Sự kết hợp với --maxiterate 1000 là
được khuyến nghị (L-INS-i). Mặc định: tắt (khoảng cách 6mer được sử dụng)

--genafair
Tất cả các căn chỉnh theo cặp được tính toán bằng một thuật toán cục bộ với
chi phí chênh lệch affine (Altschul 1998). Chính xác hơn nhưng chậm hơn so với --6merpair. Phù hợp
khi có khoảng cách lớn bên trong dự kiến. Áp dụng cho tối đa ~ 200 chuỗi. MỘT
nên kết hợp với --maxiterate 1000 (E-INS-i). Mặc định: tắt (6mer
khoảng cách được sử dụng)

- bữa sáng
Tất cả các căn chỉnh theo cặp được tính toán bằng FASTA (Pearson và Lipman 1988). FASTA là
yêu cầu. Mặc định: tắt (khoảng cách 6mer được sử dụng)

--trọng lượng con số
Hệ số trọng số cho thuật ngữ nhất quán được tính toán từ các căn chỉnh theo cặp. Có giá trị
khi một trong hai --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair hoặc --blastpair là
đã chọn. Mặc định: 2.7

--retree con số
Cây hướng dẫn được xây dựng con số lần trong giai đoạn tiến triển. Có hiệu lực với khoảng cách 6mer.
Mặc định: 2

- tốc độ tối đa con số
con số các chu kỳ tinh chỉnh lặp đi lặp lại được thực hiện. Mặc định: 0

--fft
Sử dụng phép gần đúng FFT trong căn chỉnh nhóm với nhóm. Mặc định: bật

--nofft
Không sử dụng xấp xỉ FFT trong căn chỉnh nhóm với nhóm. Mặc định: tắt

--không có điểm
Điểm căn chỉnh không được kiểm tra trong giai đoạn tinh chỉnh lặp đi lặp lại. Mặc định: tắt (điểm
được kiểm tra)

--memsave
Sử dụng thuật toán Myers-Miller (1988). Mặc định: tự động được bật khi
chiều dài căn chỉnh vượt quá 10,000 (aa / nt).

--cây phần
Sử dụng phương pháp xây dựng cây nhanh (PartTree, Katoh và Toh 2007) với khoảng cách 6mer.
Được khuyến nghị cho một số lượng lớn (> ~ 10,000) chuỗi là đầu vào. Mặc định: tắt

--dpparttree
Thuật toán PartTree được sử dụng với khoảng cách dựa trên DP. Chính xác hơn một chút và
chậm hơn --parttree. Được đề xuất cho một số lượng lớn (> ~ 10,000) trình tự là
đầu vào. Mặc định: tắt

- bữa sáng
Thuật toán PartTree được sử dụng với khoảng cách dựa trên FASTA. Chính xác hơn một chút
và chậm hơn --parttree. Được đề xuất cho một số lượng lớn (> ~ 10,000) chuỗi
là đầu vào. FASTA là bắt buộc. Mặc định: tắt

- kích thước con số
Số lượng phân vùng trong thuật toán PartTree. Mặc định: 50

- phân nhóm con số
Không căn chỉnh lớn hơn con số trình tự. Chỉ hợp lệ với - * parttree
tùy chọn. Mặc định: số lượng trình tự đầu vào

Tham số
--op con số
Chênh lệch hình phạt khi căn chỉnh nhóm này sang nhóm khác. Mặc định: 1.53

--ep con số
Giá trị bù đắp, hoạt động giống như hình phạt mở rộng khoảng cách, để liên kết nhóm với nhóm.
Mặc định: 0.123

--lop con số
Khoảng trống hình phạt mở tại căn chỉnh theo chiều cặp cục bộ. Hợp lệ khi --localpair hoặc
--genafpair tùy chọn được chọn. Mặc định: -2.00

--lep con số
Chênh lệch giá trị tại căn chỉnh theo chiều cặp cục bộ. Hợp lệ khi --localpair hoặc --genafpair
tùy chọn được chọn. Mặc định: 0.1

--lexp con số
Khoảng trống phần mở rộng hình phạt tại sự liên kết theo chiều cặp cục bộ. Hợp lệ khi --localpair hoặc
--genafpair tùy chọn được chọn. Mặc định: -0.1

--LOP con số
Khoảng trống hình phạt mở để bỏ qua căn chỉnh. Có hiệu lực khi tùy chọn --genafpair là
đã chọn. Mặc định: -6.00

--LEXP con số
Khoảng trống phần mở rộng hình phạt để bỏ qua căn chỉnh. Có hiệu lực khi tùy chọn --genafpair là
đã chọn. Mặc định: 0.00

--bl con số
HOA HỒNG con số ma trận (Henikoff và Henikoff 1992) được sử dụng. con số= 30, 45, 62 hoặc 80.
Mặc định: 62

--jtt con số
JTT PAM con số (Jones et al. 1992) ma trận được sử dụng. con số> 0. Mặc định: BLOSUM62

--tm con số
PAM xuyên màng con số (Jones et al. 1994) ma trận được sử dụng. con số> 0. Vỡ nợ:
BLOSUM62

--aamatrix tệp ma trận
Sử dụng ma trận chấm điểm AA do người dùng xác định. Định dạng của tệp ma trận giống với của
BLAST. Bỏ qua khi trình tự nucleotide được nhập vào. Mặc định: BLOSUM62

--mẫu
Kết hợp thông tin thành phần AA / nuc vào ma trận tính điểm. Mặc định: tắt

Đầu ra
--clustalout
Định dạng đầu ra: định dạng clustal. Mặc định: tắt (định dạng fasta)

--thứ tự đầu vào
Thứ tự đầu ra: giống như đầu vào. Mặc định: bật

- đơn hàng
Thứ tự đầu ra: căn chỉnh. Mặc định: tắt (thứ tự đầu vào)

--treeout
Cây hướng dẫn được xuất ra đầu vàotệp .tree. Mặc định: tắt

--Yên lặng
Không báo cáo tiến độ. Mặc định: tắt

Đầu vào
--nuc
Giả sử các trình tự đều là nucleotit. Mặc định: tự động

--amino
Giả sử các trình tự đều là axit amin. Mặc định: tự động

--hạt giống căn chỉnh1 [--hạt giống căn chỉnh2 --hạt giống căn chỉnh3 ...]
Căn chỉnh hạt giống được đưa ra trong căn chỉnh_n (định dạng fasta) được căn chỉnh với các chuỗi trong
đầu vào. Sự liên kết trong mỗi hạt giống được giữ nguyên.

Sử dụng mafft-fftnsi trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net