mdrun_mpi.mpich - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-mdrun - Thực hiện mô phỏng, thực hiện phân tích ở chế độ bình thường hoặc giảm thiểu năng lượng

SYNOPSIS

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-bàn [<.xvg>]]
[-máy tính bảng [<.xvg>]] [-bảng [<.xvg>]] [-bảng [<.xvg>]]
[-chạy lại [<.xtc / .trr / ...>]] [-ei [<.edi>]]
[-multidir [ […]]] [-thành viên [<.dat>]] [-mp [<.top>]]
[-mn [<.ndx>]] [-o [<.trr / .cpt / ...>]] [-x [<.xtc / .tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro / .g96 / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-cánh đồng [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-sùng đạo [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-ra [<.log>]] [-rs [<.log>]]
[-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]] [-dn [<.ndx>]]
[-nếu như [<.xvg>]] [-tráo đổi [<.xvg>]] [-deffnm ]
[-xvg ] [-đ ] [-đặt hàng ]
[-npme ] [-nt ] [-ntmpi ] [-ntomp ]
[-ntomp_pme ] [-Pin ] [-pinoffset ]
[-đi bộ ] [-gpu_id ] [- [không] ddcheck]
[-rdd ] [-rcon ] [-dlb ] [-dds ]
[-gcom ] [-nb ] [-sanh sách ] [- [không] tunepme]
[- [không] v] [- [không] nhỏ gọn] [-lực lượng ] [- [không] tái bản]
[-cpt ] [- [không] cpnum] [- [không] nối thêm] [-bước ]
[-maxh ] [-đa ] [-lặp lại ] [-phụ lục ]
[-hạt giống ]

MÔ TẢ

T phiên bản of các chương trình sẽ có thể chạy trong khi sử dụng các MPICH song song, tương đông máy tính
thư viện. Xem mpirun(1). Sử dụng các bình thường GMX(1) chương trình cho thông thường đơn luồng
hoạt động.

GMX mdrun là công cụ hóa học tính toán chính trong GROMACS. Rõ ràng là nó
thực hiện mô phỏng Động lực học phân tử, nhưng nó cũng có thể thực hiện Động lực học ngẫu nhiên,
Giảm thiểu năng lượng, thử nghiệm chèn hạt hoặc tính (lại) năng lượng. Chế độ bình thường
phân tích là một lựa chọn khác. Trong trường hợp này mdrun xây dựng một ma trận Hessian từ đơn
sự hình thành. Đối với các tính toán giống như Chế độ Thông thường thông thường, hãy đảm bảo rằng cấu trúc
được cung cấp là giảm thiểu năng lượng đúng cách. Ma trận được tạo có thể được lập đường chéo bằng GMX
nmeig.

Sản phẩm mdrun chương trình đọc tệp đầu vào đang chạy (-s) và phân phối cấu trúc liên kết theo các cấp bậc nếu
cần thiết. mdrun tạo ra ít nhất bốn tệp đầu ra. Một tệp nhật ký duy nhất (-g) được viết.
Tệp quỹ đạo (-o), chứa tọa độ, vận tốc và lực tùy ý. Các
tệp cấu trúc (-c) chứa tọa độ và vận tốc của bước cuối cùng. Năng lượng
tập tin (-e) chứa năng lượng, nhiệt độ, áp suất, v.v., rất nhiều thứ trong số này là
cũng được in trong tệp nhật ký. Tùy chọn tọa độ có thể được ghi vào một
tập tin quỹ đạo (-x).

Tùy chọn -dhdl chỉ được sử dụng khi tính năng lượng miễn phí được bật.

Chạy mdrun hiệu quả song song là một chủ đề phức tạp, nhiều khía cạnh
được đề cập trong Hướng dẫn sử dụng trực tuyến. Bạn nên xem ở đó để có lời khuyên thiết thực về việc sử dụng nhiều
trong số các tùy chọn có sẵn trong mdrun.

Lấy mẫu ED (động lực học thiết yếu) và / hoặc tiềm năng ngập lụt bổ sung được bật bằng cách
bằng cách sử dụng -ei cờ theo sau bởi một .edi tập tin. Các .edi tệp có thể được tạo ra với
make_edi công cụ hoặc bằng cách sử dụng các tùy chọn trong menu essdyn của chương trình GÌ NẾU. mdrun
sản xuất một .xvg tệp đầu ra chứa các phép chiếu về vị trí, vận tốc và lực
vào các eigenvectors đã chọn.

Khi các chức năng tiềm năng do người dùng xác định đã được chọn trong .mdp nộp hồ sơ -bàn
tùy chọn được sử dụng để vượt qua mdrun một bảng được định dạng với các chức năng tiềm năng. Tệp đã được đọc
từ thư mục hiện tại hoặc từ GMXLIB danh mục. Một số định dạng trước
bảng được trình bày trong GMXLIB dir, cho 6-8, 6-9, 6-10, 6-11, 6-12 Lennard-Jones
tiềm năng với Coulomb bình thường. Khi có các tương tác cặp, một bảng riêng biệt dành cho
các chức năng tương tác cặp được đọc bằng cách sử dụng -bảng tùy chọn.

Khi các chức năng ngoại quan được lập bảng có trong cấu trúc liên kết, các chức năng tương tác được
đọc bằng cách sử dụng -bảng Lựa chọn. Đối với mỗi loại tương tác được lập bảng khác nhau, bảng
tên tệp được sửa đổi theo một cách khác: trước phần mở rộng tệp, một dấu gạch dưới là
nối, sau đó là 'b' cho liên kết, 'a' cho góc hoặc 'd' cho hình nhị diện và cuối cùng là
số bảng của loại tương tác.

Các tùy chọn -px và -pf được sử dụng để viết tọa độ COM kéo và lực khi kéo
được chọn trong .mdp tập tin.

Cuối cùng, một số thuật toán thử nghiệm có thể được kiểm tra khi các tùy chọn thích hợp đã được
được cho. Hiện đang được điều tra là: tính phân cực.

Tùy chọn -thành viên thực hiện những gì từng được sử dụng là g_membed, tức là nhúng một protein vào màng.
Mô-đun này yêu cầu một số cài đặt được cung cấp trong tệp dữ liệu là
đối số của tùy chọn này. Để biết thêm chi tiết về cách nhúng màng, hãy xem tài liệu trong
hướng dẫn sử dụng. Các tùy chọn -mn và -mp được sử dụng để cung cấp các tệp chỉ mục và cấu trúc liên kết
được sử dụng để nhúng.

Tùy chọn -lực lượng rất hữu ích khi bạn nghi ngờ mô phỏng bị lỗi do quá lớn
các lực lượng. Với phương án này tọa độ và lực của các nguyên tử với lực lớn hơn a
giá trị nhất định sẽ được in sang stderr.

Các trạm kiểm soát chứa trạng thái hoàn chỉnh của hệ thống được ghi đều đặn
(Lựa chọn -cpt) vào tệp -cpo, trừ khi tùy chọn -cpt được đặt thành -1. Trạm kiểm soát trước đó
được sao lưu vào state_prev.cpt để đảm bảo rằng trạng thái gần đây của hệ thống luôn
khả dụng, ngay cả khi kết thúc mô phỏng trong khi ghi điểm kiểm tra. Với -cpnum
tất cả các tệp điểm kiểm tra được lưu giữ và nối với số bước. Một mô phỏng có thể được
tiếp tục bằng cách đọc trạng thái đầy đủ từ tệp với tùy chọn -cpi. Tùy chọn này là thông minh
theo cách mà nếu không tìm thấy tệp điểm kiểm tra nào, GROMACS chỉ giả sử chạy bình thường và
bắt đầu từ bước đầu tiên của .tpr tập tin. Theo mặc định, đầu ra sẽ thêm vào
các tệp đầu ra hiện có. Tệp điểm kiểm tra chứa tổng kiểm tra của tất cả các tệp đầu ra,
sao cho bạn sẽ không bao giờ mất dữ liệu khi một số tệp đầu ra bị sửa đổi, bị hỏng hoặc
loại bỏ. Có ba tình huống với -cpi:

* không có tệp nào có tên trùng khớp: tệp đầu ra mới được ghi

* tất cả các tệp đều có tên và tổng kiểm khớp với những tệp được lưu trữ trong trạm kiểm soát
tệp: tệp được nối thêm

* nếu không, không có tệp nào được sửa đổi và một lỗi nghiêm trọng được tạo ra

Với -không thêm vào các tệp đầu ra mới được mở và số bộ phận mô phỏng được thêm vào tất cả
tên tệp đầu ra. Lưu ý rằng trong mọi trường hợp, bản thân tệp điểm kiểm tra không được đổi tên và
sẽ bị ghi đè, trừ khi tên của nó không khớp với -cpo tùy chọn.

Với điểm kiểm tra, đầu ra được nối vào các tệp đầu ra đã viết trước đó, trừ khi
-không thêm vào được sử dụng hoặc không có tệp đầu ra nào trước đó xuất hiện (ngoại trừ tệp
tệp điểm kiểm tra). Tính toàn vẹn của các tệp sẽ được thêm vào được xác minh bằng cách sử dụng tổng kiểm tra
được lưu trữ trong tệp điểm kiểm tra. Điều này đảm bảo rằng đầu ra không thể bị trộn lẫn hoặc
bị hỏng do nối tệp. Khi chỉ có một số tệp đầu ra trước đó,
một lỗi nghiêm trọng được tạo ra và không có tệp đầu ra cũ nào được sửa đổi và không có tệp đầu ra mới nào
được mở. Kết quả với việc bổ sung sẽ giống như từ một lần chạy. Các
nội dung sẽ giống hệt nhau nhị phân, trừ khi bạn sử dụng một số cấp bậc hoặc động
cân bằng tải hoặc thư viện FFT sử dụng tối ưu hóa thông qua thời gian.

với tùy chọn -maxh mô phỏng kết thúc và tệp điểm kiểm tra được ghi ở lần đầu tiên
bước tìm kiếm hàng xóm mà thời gian chạy vượt quá -maxh* 0.99 giờ. Tùy chọn này là
đặc biệt hữu ích khi kết hợp với thiết lập n bước thành -1 trong mdp hoặc sử dụng
tùy chọn dòng lệnh được đặt tên tương tự. Điều này dẫn đến một lần chạy vô hạn, chỉ chấm dứt
khi giới hạn thời gian được thiết lập bởi -maxh đạt được (nếu có) hoặc khi nhận được tín hiệu.

Thời Gian mdrun nhận được tín hiệu TERM, nó sẽ đặt nsteps thành bước hiện tại cộng với một. Khi nào
mdrun nhận được tín hiệu INT (ví dụ: khi nhấn ctrl + C), nó sẽ dừng sau lần tiếp theo
bước tìm kiếm hàng xóm (với nstlist = 0 ở bước tiếp theo). Trong cả hai trường hợp, tất cả đều bình thường
đầu ra sẽ được ghi vào tệp. Khi chạy với MPI, một tín hiệu cho một trong các mdrun hàng ngũ
là đủ, tín hiệu này sẽ không được gửi đến mpirun hoặc mdrun quá trình đó là
cha mẹ của những người khác.

Động lực học phân tử tương tác (IMD) có thể được kích hoạt bằng cách sử dụng ít nhất một trong ba
Công tắc IMD: -imdterm chuyển đổi cho phép người ta kết thúc mô phỏng từ
trình xem phân tử (ví dụ VMD). Với -im chờ, mdrun tạm dừng bất cứ khi nào không có ứng dụng IMD nào
được kết nối. Kéo từ điều khiển từ xa IMD có thể được bật bằng -imdpull. Cảng mdrun
nghe có thể được thay đổi bởi -imdportTệp được trỏ tới bởi -nếu như chứa các chỉ số nguyên tử và
lực nếu kéo IMD được sử dụng.

Thời Gian mdrun được bắt đầu với MPI, nó không chạy theo mặc định.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tệp đầu vào chạy xdr di động

-cpi [<.cpt>] (bang.cpt) (Tùy chọn)
Tệp điểm kiểm tra

-bàn [<.xvg>] (bảng.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-máy tính bảng [<.xvg>] (máy tính bảngf.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-bảng [<.xvg>] (tablep.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-bảng [<.xvg>] (bảng.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-chạy lại [<.xtc / .trr / ...>] (chạy lại.xtc) (Tùy chọn)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-ei [<.edi>] (sam.edi) (Tùy chọn)
Đầu vào lấy mẫu ED

-multidir [ […]] (rundir) (Tùy chọn)
Chạy thư mục

-thành viên [<.dat>] (thành viên.dat) (Tùy chọn)
Tệp dữ liệu chung

-mp [<.top>] (thành viên.top) (Tùy chọn)
Tệp cấu trúc liên kết

-mn [<.ndx>] (thành viên.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.trr / .cpt / ...>] (traj.trr)
Quỹ đạo hoàn toàn chính xác: trr cpt tng

-x [<.xtc / .tng>] (traj_comp.xtc) (Tùy chọn)
Quỹ đạo nén (định dạng tng hoặc định dạng xdr di động)

-cpo [<.cpt>] (bang.cpt) (Tùy chọn)
Tệp điểm kiểm tra

-c [<.gro / .g96 / ...>] (confout.gro)
Tệp cấu trúc: Gro g96 pdb brk ent đặc biệt

-e [<.edr>] (năng lượng.edr)
Tệp năng lượng

-g [<.log>] (md.log)
Tệp nhật ký

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-cánh đồng [<.xvg>] (trường.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-sùng đạo [<.xvg>] (lệch lạc.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-pf [<.xvg>] (pull.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-ro [<.xvg>] (xoay.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-ra [<.log>] (hình tròn.log) (Tùy chọn)
Tệp nhật ký

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (Tùy chọn)
Tệp nhật ký

-rt [<.log>] (rottorque.log) (Tùy chọn)
Tệp nhật ký

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (Tùy chọn)
Ma trận Hessian

-dn [<.ndx>] (lưỡng cực.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

-nếu như [<.xvg>] (imdforces.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-tráo đổi [<.xvg>] (hoán đổi.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

Các lựa chọn khác:

-deffnm
Đặt tên tệp mặc định cho tất cả các tùy chọn tệp

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

-đ (0 0 0)
Lưới phân tách miền, 0 là tối ưu hóa

-đặt hàng (xen kẽ)
Thứ tự xếp hạng DD: interleave, pp_pme, cartesian

-npme (-1)
Số lượng các cấp bậc riêng biệt được sử dụng cho PME, -1 là phỏng đoán

-nt (0)
Tổng số chủ đề sẽ bắt đầu (0 là đoán)

-ntmpi (0)
Số luồng-MPI luồng để bắt đầu (0 là đoán)

-ntomp (0)
Số luồng OpenMP trên mỗi xếp hạng MPI để bắt đầu (0 là đoán)

-ntomp_pme (0)
Số luồng OpenMP trên mỗi xếp hạng MPI để bắt đầu (0 is -ntomp)

-Pin (tự động)
Liệu mdrun có nên cố gắng đặt các mối quan tâm của chuỗi: tự động, bật, tắt hay không

-pinoffset (0)
Số lõi logic thấp nhất mà mdrun sẽ ghim chuỗi đầu tiên

-đi bộ (0)
Ghim khoảng cách trong lõi logic cho các luồng, sử dụng 0 để giảm thiểu số lượng
chủ đề trên mỗi lõi vật lý

-gpu_id
Danh sách id-s thiết bị GPU để sử dụng, chỉ định xếp hạng PP trên mỗi nút để ánh xạ GPU

- [không] ddcheck (Đúng)
Kiểm tra tất cả các tương tác ngoại quan với DD

-rdd (0)
Khoảng cách tối đa cho các tương tác ngoại quan với DD (nm), 0 được xác định từ
tọa độ ban đầu

-rcon (0)
Khoảng cách tối đa cho P-LINCS (nm), 0 là ước tính

-dlb (tự động)
Cân bằng tải động (với DD): tự động, không, có

-dds (0.8)
Phân số trong (0,1) có đối ứng với kích thước ô DD ban đầu sẽ được tăng lên trong
để cung cấp mức lợi nhuận trong đó cân bằng tải động có thể hoạt động trong khi vẫn duy trì
kích thước ô tối thiểu.

-gcom (-1)
Tần số liên lạc toàn cầu

-nb (tự động)
Tính toán các tương tác không liên kết trên: auto, cpu, gpu, gpu_cpu

-sanh sách (0)
Đặt nstlist khi sử dụng dung sai bộ đệm Verlet (0 là đoán)

- [không] tunepme (Đúng)
Tối ưu hóa tải PME giữa các cấp PP / PME hoặc GPU / CPU

- [không] v (không)
Ồn ào và ồn ào

- [không] nhỏ gọn (Đúng)
Viết một tệp nhật ký nhỏ gọn

-lực lượng (-1)
In tất cả các lực lớn hơn này (kJ / mol nm)

- [không] tái bản (không)
Cố gắng tránh tối ưu hóa ảnh hưởng đến khả năng tái tạo nhị phân

-cpt (15)
Khoảng thời gian điểm kiểm tra (phút)

- [không] cpnum (không)
Giữ và đánh số các tệp điểm kiểm tra

- [không] nối thêm (Đúng)
Nối vào các tệp đầu ra trước đó khi tiếp tục từ trạm kiểm soát thay vì thêm
số bộ phận mô phỏng cho tất cả các tên tệp

-bước (-2)
Chạy số bước này, ghi đè tùy chọn tệp .mdp (-1 nghĩa là vô hạn, -2 nghĩa là
sử dụng tùy chọn mdp, nhỏ hơn là không hợp lệ)

-maxh (-1)
Chấm dứt sau 0.99 lần này (giờ)

-đa (0)
Thực hiện nhiều mô phỏng song song

-lặp lại (0)
Cố gắng trao đổi bản sao định kỳ với khoảng thời gian này (các bước)

-phụ lục (0)
Số lần trao đổi ngẫu nhiên để thực hiện mỗi khoảng thời gian trao đổi (N ^ 3 là một
gợi ý). -nex XNUMX hoặc không được chỉ định cho phép trao đổi bản sao hàng xóm.

-hạt giống (-1)
Hạt giống để trao đổi bản sao, -1 là tạo hạt giống

Sử dụng mdrun_mpi.mpich trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net