Đây là lệnh mipe2dbSTS có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
mipe2dbSTS.pl - Tạo tệp đầu vào để gửi tới dbSTS
bao gồm trong đầu ra: Phần STS của trình dbSTS
dựa trên phiên bản MIPE v1.1
đối số: * mipe_file
* tập tin cấu hình
* (tùy chọn) danh sách ID PCR
Tệp cấu hình bao gồm các dòng chứa khóa và giá trị, được phân tách bằng dấu bằng ('=').
Khóa bao gồm tên viết thường của tệp gửi NCBI (xem trang web dbSTS), tiếp theo là
dấu gạch dưới và tên viết thường của trường trong tệp đó.
Các trường sau phải được xác định trong tệp cấu hình:
pub_title =
pub_authors =
source_name =
source_organism =
cont_name =
cont_fax =
cont_tel =
cont_email =
cont_lab =
cont_inst =
cont_addr =
protocol_name =
protocol_protocol =
buffer_name =
buffer_buffer =
sts_pcr_profile =
Đối với protocol_protocol, buffer_buffer và sts_pcr_profile, cần có nhiều dòng hơn (xem ví dụ).
Ví dụ về tệp cấu hình trông như thế này:
pub_title = Bản đồ di truyền SNP của gà
pub_authors = Aerts, JA; Veenendaal, T.; Crooijmans, RPMA; Groenen, MAM
source_name = DNA bộ gen gà
source_organism = Gallus gallus
cont_name = Jan Aerts
cont_fax = + 31 317 483929
cont_tel = + 31 317 483397
cont_email =[email được bảo vệ]
cont_lab = Nhóm nghiên cứu gen và chăn nuôi động vật
cont_inst = Đại học Wageningen
cont_addr = PO Box 338, 6700 AH Wageningen, Hà Lan
protocol_name = Protocol_Aerts
protocol_protocol = Bản mẫu: 30-60 ng
protocol_protocol = Primer: mỗi 4 uM
protocol_protocol = dNTPs: mỗi 200 uM
protocol_protocol = Taq: 0.3 đơn vị
protocol_protocol = Khối lượng: 12 ul
buffer_name = Buffer_Aerts
buffer_buffer = MgCl2: 1.5 mM
đệm_bộ đệm = (NH4) 2SO4: 20 mM
buffer_buffer = Tris-HCl: 75 mM
buffer_buffer = Tween 20: 0.01% (w / v)
buffer_buffer = pH: 8.8
Sử dụng mipe2dbSTS trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
