Đây là ncoils lệnh có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi, chẳng hạn như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
ncoils - dự đoán các phần tử cấu trúc thứ cấp cuộn dây
SYNOPSIS
ncoils [OPTION] <[FASTA FILE]
ncoils -f </usr/share/doc/ncoils/1srya.fa
MÔ TẢ
ncoils là một chương trình so sánh một chuỗi với cơ sở dữ liệu của hai chuỗi song song đã biết
cuộn dây và lấy điểm tương tự. Bằng cách so sánh điểm số này với phân phối
của điểm số trong các protein hình cầu và cuộn xoắn, chương trình sau đó sẽ tính toán
xác suất rằng trình tự sẽ áp dụng một cấu trúc cuộn dây cuộn.
LỰA CHỌN
-f, -fasta
đầu ra fasta - cuộn dưới dạng 'x', như '-x' trong seg
-c chế độ ngắn gọn - chuỗi nào có bất kỳ cuộn dây nào (và bao nhiêu cuộn dây)
-min_seg
đối với chế độ ngắn gọn - chỉ báo cáo trình tự nếu> = đoạn cuộn dây min
-min_P
P tối thiểu để xác định đoạn cuộn dây; DEFAULT = 0.5
-thắng lợi
kích thước cửa sổ; DEFAULT = 21
-w trọng số heptad vị trí a & d giống như b, c, e, f, g
-v tiết / chế độ gỡ lỗi - in thêm rác
VÍ DỤ
"coils-wrap -m MTIDK -i /usr/share/doc/ncoils/1srya.fa -o /tmp/coils.out -r
/tmp/coils_raw.txt && less /tmp/coils.out /tmp/coils_raw.txt "
"ncoils -win 14 </usr/share/doc/ncoils/1srya.fa"
MÔI TRƯỜNG
COILSDIR - chỉ định thư mục chứa tệp new.mat ghi đè mặc định
/ usr / share / ncoils
Sử dụng ncoils trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
