Đây là lệnh obminimize có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
xóa bỏ - tối ưu hóa hình học, giảm thiểu năng lượng cho một phân tử
SYNOPSIS
xóa bỏ [LỰA CHỌN] tên tập tin
MÔ TẢ
Công cụ obminimize có thể được sử dụng để giảm thiểu năng lượng cho các phân tử bên trong (đa) phân tử
tệp (ví dụ: MOL2, v.v.)
LỰA CHỌN
Nếu không có tên tệp nào được cung cấp, obminimize sẽ cung cấp tất cả các tùy chọn bao gồm cả
trường lực lượng.
-n bước
Chỉ định số bước tối đa (mặc định = 2500)
-cg Sử dụng thuật toán gradient liên hợp (mặc định)
-sd Sử dụng thuật toán dốc nhất
-c tiêu chuẩn
Đặt tiêu chí hội tụ (mặc định = 1e-6)
-ff trường lực
Chọn trường lực
VÍ DỤ
Xem các tùy chọn có thể có, bao gồm các trường lực có sẵn:
xóa bỏ
Giảm thiểu năng lượng cho (các) phân tử trong tệp test.mol2:
tối thiểu hóa thử nghiệm.mol2
Giảm thiểu năng lượng cho (các) phân tử trong tệp test.mol2 bằng cách sử dụng trường lực Ghemical:
tối thiểu hóa -ff Ghemical test.mol2
Giảm thiểu năng lượng cho (các) phân tử trong tệp test.mol2 bằng cách lấy tối đa 300 hình học
các bước tối ưu hóa
tối thiểu hóa -n 300 test.mol2
Giảm thiểu năng lượng cho (các) phân tử trong tệp test.mol2 bằng cách sử dụng độ dốc lớn nhất
thuật toán và tiêu chí hội tụ 1e-5:
tối thiểu hóa -sd -c 1e-5 test.mol2
Sử dụng obminimize trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
