Đây là lệnh obrotate có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
cắt bỏ - các góc nhị diện xoay hàng loạt phù hợp với các mẫu SMARTS
SYNOPSIS
cắt bỏ 'SMARTS-pattern' tên tập tin nguyên tử1 nguyên tử2 nguyên tử3 nguyên tử4 góc
MÔ TẢ
Chương trình obrotate quay góc xoắn (lưỡng diện) của một liên kết xác định trong phân tử
theo định nghĩa của người dùng. Nói cách khác, nó hoạt động giống như việc người dùng đặt một góc trong
một gói mô hình hóa phân tử, nhưng nhanh hơn nhiều và ở chế độ hàng loạt (tức là trên nhiều
các phân tử trong một tập tin).
Bốn ID nguyên tử được yêu cầu là các chỉ mục trong mẫu SMARTS, bắt đầu từ nguyên tử 0
(số không). Góc được cung cấp được tính bằng độ. Hai nguyên tử dùng để thiết lập góc nhị diện
Và không cần phải kết nối với các nguyên tử của liên kết Và
theo bất kỳ cách nào.
Thứ tự của các nguyên tử rất quan trọng - phần phân tử gắn vào Và
vẫn cố định nhưng phần được liên kết với Và & di chuyển.
VÍ DỤ
Giả sử bạn muốn xác định cấu trúc của một số lượng lớn phân tử bằng một
giàn giáo pyridyl và được thay thế bằng chuỗi béo ở vị trí thứ 3, ví dụ như đối với
mục đích lắp ghép hoặc 3D-QSAR.
Để đặt giá trị của góc nhị diện thứ nhất thành 90 độ:
xóa bỏ 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 5 6 7 8 90
Ở đây 6 và 7 xác định liên kết xoay theo mẫu SMARTS, tức là c1-C và các nguyên tử 5 và 8
xác định góc nhị diện cụ thể để quay.
Vì các nguyên tử để xác định khối lưỡng diện không cần phải kết nối trực tiếp nên nitơ trong
pyridin có thể được sử dụng:
xóa bỏ 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 4 6 7 8 90
Giữ cố định vòng pyridyl và di chuyển chuỗi béo:
xóa bỏ 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 5 6 7 8 90
Giữ chuỗi béo cố định và di chuyển vòng pyridyl:
xóa bỏ 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 8 7 6 5 90
Sử dụng obrotate trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
