palogist - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

palogist - Thực hiện Phân tích liên kết toàn bộ gen bằng cách sử dụng mô hình hậu cần

SYNOPSIS

người viết cổ ngữ [ dòng lệnh lựa chọn ]

MÔ TẢ

người viết cổ ngữ chạy hồi quy tuyến tính trên các tập dữ liệu quy định lớn một cách hiệu quả.

Các lựa chọn

Yêu cầu lệnh hàng lựa chọn
-P, --pheno FILE
Đọc dữ liệu kiểu hình từ FILE

-tôi, --thông tin FILE
Đọc thông tin SNP từ FILE (ví dụ: tệp MLINFO).

-NS, --liều lượng FILE
Tên tệp dự đoán SNP (ví dụ: MLDOSE / MLPROB).

Tùy chọn lệnh hàng lựa chọn
-NS, --bản đồ FILE
Tên tệp bản đồ, chứa các vị trí cặp cơ sở cho mỗi SNP.

-N, --nids CON SỐ
Số người cần phân tích.

-NS, --chrom FILE
Nhiễm sắc thể (được chuyển đến đầu ra).

-ồ, --ngoài FILE
Tên tệp đầu ra (mặc định là hồi quy.out.txt ).

-S, --skipd CON SỐ
Có bao nhiêu cột cần bỏ qua trong tệp dự đoán (liều lượng / xác suất) (mặc định là 2).

-NS, --ntraits CON SỐ
Có bao nhiêu tính trạng được phân tích (mặc định là 1).

-NS, --ngpred CON SỐ
Có bao nhiêu cột dự đoán cho mỗi điểm đánh dấu (mặc định 1 = MLDOSE; các cột khác sử dụng 2 cho MLPROB).

-một, --tách FILE
Ký tự để tách các trường (mặc định là khoảng trắng).

-NS, --ghi bàn
Sử dụng bài kiểm tra điểm số.

-e, --không đầu
Không báo cáo dòng tiêu đề trong đầu ra.

-l --allcov
Báo cáo ước tính cho tất cả các hiệp biến (đầu ra lớn!).

-NS, --sự tương tác
Đồng biến số nào sẽ sử dụng để tương tác với phân tích SNP (mặc định là không
tương tác, 0).

-k, --interaction_only
Như --sự tương tác nhưng không có hiệp biến hoạt động trong tương tác với SNP (mặc định là
không tương tác, 0).

-v, --mmscore FILE
Kiểm tra điểm trong các mẫu của các cá nhân có liên quan. Đối số FILE là tên của một
tập tin với ma trận tương quan nghịch đảo. LƯU Ý RẰNG TÍNH NĂNG NÀY VẪN LÀ
THỰC NGHIỆM!

--mạnh mẽ
Báo cáo lỗi tiêu chuẩn mạnh mẽ (hay còn gọi là bánh sandwich, hay còn gọi là Hubert-White).

--Cứu giúp Trợ giúp in.

Sử dụng bảng xếp hạng trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net