pdb2pqr - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

pdb2pqr - Tạo tệp PQR để sử dụng trong tính toán tĩnh điện

SYNOPSIS

pdb2pqr [--nodebump] [--noopt] [--chuỗi] [--chỉ gán] [--dọn dẹp] [--ffout=tên]
[--với-ph=ph] [--apbs-đầu vào] [--phối tử=con đường] [ [--dài dòng] | [-v]] --ff=trường lực
con đường đường đầu ra

pdb2pqr {--Cứu giúp | -h}

MÔ TẢ

pdb2pqr tự động hóa nhiều nhiệm vụ phổ biến trong việc chuẩn bị cấu trúc cho tính liên tục
tính toán tĩnh điện, cung cấp tiện ích chuyển đổi tệp protein trong PDB
định dạng (con đường) sang định dạng PQR (đường đầu ra). Những nhiệm vụ này bao gồm:

· Bổ sung một số lượng hạn chế các nguyên tử nặng bị thiếu vào cấu trúc phân tử sinh học

· Xác định pKa chuỗi bên

· Bổ sung hydro còn thiếu

· Tối ưu hóa protein để tạo liên kết hydro thuận lợi

· Gán các tham số điện tích và bán kính từ nhiều trường lực khác nhau

LỰA CHỌN

pdb2pqr chấp nhận các tùy chọn sau:

--ff=trường lực
Sản phẩm trường lực để sử dụng. Giá trị hiện tại là hổ phách, quyến rũ, phân tích và tyl06.

--Cứu giúp, -h
In thông báo trợ giúp và thoát.

--nodebump
Không thực hiện thao tác gỡ lỗi.

--noopt
Không thực hiện tối ưu hóa hydro.

--chuỗi
Giữ ID chuỗi trong tệp PQR đầu ra.

--chỉ gán
Chỉ ấn định phí để thêm nguyên tử, gỡ lỗi hoặc tối ưu hóa.

--dọn dẹp
Không tối ưu hóa, thêm nguyên tử hoặc gán tham số, chỉ trả về bản gốc
Tệp PDB ở định dạng được sắp xếp.

--ffout=tên
Thay vì sử dụng sơ đồ đặt tên chính tắc tiêu chuẩn cho tên dư lượng và nguyên tử, hãy sử dụng
tên từ trường lực nhất định.

--với-ph=ph
Sử dụng propka để tính pKas và áp dụng chúng cho phân tử có giá trị pH. Thật sự
Kết quả PropKa sẽ được xuất ra đường đầu ra.propka.

--apbs-đầu vào
Tạo tệp đầu vào APBS dựa trên tệp PQR đã tạo. Đồng thời tạo một dưa chua Python
để sử dụng các tham số này trong các chương trình khác.

--phối tử=con đường
Tính các tham số cho phối tử ở định dạng MOL2 ở điều kiện đã cho con đường. Pdb2pka phải
được biên soạn.

--dài dòng, -v
In thông tin bổ sung ra màn hình.

MỞ RỘNG

Các tiện ích mở rộng thêm chức năng vào PDB2PQR và được gọi bằng cách chuyển tham số tới pdb2pqr.
Họ đưa kết quả của họ vào các tập tin nằm ở đường đầu ra.

Các phần mở rộng sau đây có thể được sử dụng bởi pdb2pqr:

--phi
In góc phi đường trục trên mỗi phần dư thành đường đầu ra.phi.

--psi
In góc psi đường trục trên mỗi phần dư thành đường đầu ra.phi.

--hbond
In danh sách liên kết hygrogen tới đường đầu ra.hbond.

--chi
In góc chi xương sống trên mỗi phần dư thành đường đầu ra.chi.

--tiếp xúc
In danh sách liên hệ tới đường đầu ra.con.

--hbondwhatif
In danh sách các liên kết hydro tới đường đầu ra.hbo.

--Muối
In danh sách cầu muối tới đường đầu ra.muối.

--rama
In các góc phi và psi trên mỗi phần dư thành đường dẫn ngoài.rama.

trích dẫn PDB2PQR

Hãy xác nhận việc bạn sử dụng pdb2pqr bằng cách trích dẫn:

Dolinsky TJ, Nielsen JE, McCammon JA, Baker NA. PDB2PQR: một đường dẫn tự động cho
thiết lập, thực hiện và phân tích các phép tính tĩnh điện Poisson-Boltzmann. hạt nhân
Nghiên cứu Axit, 32, W665-W667 (2004).

Sử dụng pdb2pqr trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net