phybin - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

phybin - phân nhóm / phân cụm cây mới theo cấu trúc liên kết

SYNOPSIS

phybin [TÙY CHỌN...] các tập tin or thư mục...

MÔ TẢ

PhyBin lấy các tệp cây Newick làm đầu vào. Đường dẫn của tệp Newick có thể được chuyển trực tiếp vào
dòng lệnh. Hoặc, nếu các thư mục được cung cấp, tất cả các tệp trong các thư mục đó sẽ
đọc. Các đơn vị phân loại được đặt tên dựa trên các tệp chứa chúng. Nếu một tệp chứa nhiều
cây, tất cả đều được đọc bằng phybin, và tên đơn vị sau đó bao gồm một hậu tố biểu thị
vị trí trong tệp:

ví dụ: FILENAME_0, FILENAME_1, v.v.

Khi phân nhóm các cây, Phybin tính khoảng cách Robinson-Foulds hoàn chỉnh
ma trận. Nếu khoảng cách ngưỡng (khoảng cách chỉnh sửa cây) được đưa ra, thì một tập hợp phẳng là
các cụm sẽ được tạo trong các tệp clusterXX_YY.tr. Nếu không, nó tạo ra một
dendogram.

Chế độ Binning cung cấp một hình thức phân nhóm đặc biệt nhanh chóng và bẩn thỉu. Khi chạy với
các --thùng rác tùy chọn, chỉ những cây bằng nhau chính xác mới được đưa vào cùng một cụm. Cây
Tuy nhiên, xử lý trước vẫn được áp dụng: ví dụ như thu gọn các nhánh ngắn.

SỬ DỤNG GHI CHÚ:
* Hiện tại phybin bỏ qua các cây đầu vào có sai số đơn vị phân loại.

* Nếu được cung cấp một thư mục làm phybin đầu vào sẽ giả sử rằng tất cả các tệp được chứa đều là cây Newick.

LỰA CHỌN

-v --dài dòng
in CẢNH BÁO và thông tin khác (được khuyến nghị lúc đầu)

-V --phiên bản
hiển thị số phiên bản

-o DIR - đầu ra=DIR
đặt thư mục để chứa tất cả các tệp đầu ra (mặc định "./phybin_out/")

--tự kiểm tra
chạy thử nghiệm đơn vị nội bộ

Clustering Các lựa chọn
--thùng rác Sử dụng binning đơn giản, hình thức rẻ nhất của 'phân nhóm'

--Độc thân
Sử dụng phân cụm liên kết đơn (láng giềng gần nhất)

--hoàn thành
Sử dụng phân cụm liên kết hoàn chỉnh (hàng xóm xa nhất)

--UPGMA
Sử dụng phương pháp nhóm cặp không trọng số (liên kết trung bình) - chế độ DEFAULT

--editdist=QUẬN
Kết hợp tất cả các cụm được phân tách bằng DIST trở xuống. Báo cáo một danh sách phẳng của các cụm.
Bất kể điều này có được kích hoạt hay không, phân nhóm phân cấp
(dendogram.pdf) được sản xuất.

Chọn Robinson-Foulds (đối xứng Sự khác biệt) khoảng cách thuật toán:
--hashrf
(mặc định) sử dụng một biến thể của thuật toán HashRF cho ma trận khoảng cách

--chấp thuận
sử dụng chỉ số RF được sửa đổi, chậm hơn để chấp nhận các đơn vị phân loại bị thiếu

Hình ảnh
-g --graphbins
sử dụng graphviz để tạo các tệp đầu ra .dot và .pdf

-d - rút tiền
Lượt thích -g, nhưng hãy mở cửa sổ GUI để hiển thị cây của từng thùng

-w --quan điểm
để thuận tiện, "chế độ xem" chỉ hiển thị các tệp Newick đầu vào mà không cần binning

--showtrees
In cấu trúc liên kết cây (dạng văn bản) bên trong các nút của biểu đồ dendrogram

--Điểm nổi bật=FILE
Đánh dấu các nút trong biểu đồ cây (dendrogram) phù hợp với. cây cho
tập tin. Nhiều điểm nổi bật được cho phép và sử dụng các màu khác nhau.

--Nội địa
Hiển thị các cây đồng thuận cho các nút bên trong trong biểu đồ dendogram, thay vì chỉ
điểm.

Cây sơ chế
--cắt tỉa=TỶ LỆ
Tỉa cây để chỉ TAXA trước khi làm bất cứ điều gì khác. Dấu cách và dấu phẩy được phân tách
danh sách các đơn vị phân loại được cho phép. Sử dụng dấu ngoặc kép.

-b LEN --minbranchlen=LEN
thu gọn các nhánh nhỏ hơn LEN

--minbootstrap=INT
thu gọn các nhánh có giá trị bootstrap nhỏ hơn INT

Trích xuất tỷ lệ tên
-p NUM --tiền tố tên=NUM
Tên lá trong cây Newick đầu vào có thể là tên gen, không phải đơn vị phân loại. Sau đó nó là
điển hình để tách tên đơn vị phân loại từ gen. Tùy chọn này trích xuất tiền tố NUM
ký tự dùng làm tên đơn vị phân loại.

-s STR - tên=STR
Một thay thế cho --tiền tố tên, STR cung cấp một tập hợp các ký tự mê sảng, cho
ví dụ '-' hoặc '0123456789'. Tên đơn vị sau đó là tiền tố có độ dài thay đổi của
mỗi tên gen tối đa nhưng không bao gồm bất kỳ ký tự nào trong STR.

-m FILE --sơ đồ tên=FILE
Ngay cả khi các tiền tố được trích xuất, có thể cần sử dụng bảng tra cứu để
tính toán tên đơn vị phân loại, ví dụ: nếu nhiều gen / plasmid ánh xạ vào một đơn vị phân loại. Tùy chọn này
chỉ định một tệp văn bản với các mục nhập tìm / thay thế của biểu mẫu " ",
được áp dụng SAU -s và -p.

Tiện ích Chế độ
--rfdist
in ma trận khoảng cách Robinson Foulds cho các cây đầu vào

--setdiff
để thuận tiện, hãy in sự khác biệt đã đặt giữa các tệp cluster * .txt

--in
chỉ cần in ra một biểu mẫu ngắn gọn của mỗi cây đầu vào

- printnorms
chỉ cần in ra một biểu mẫu ngắn gọn và ĐƯỢC BÌNH THƯỜNG của mỗi cây đầu vào

--đoàn kết
in một cây đồng thuận nghiêm ngặt cho các đầu vào, sau đó thoát

--m phù hợp
in danh sách các tên cây phù hợp với bất kỳ --Điểm nổi bật đối số

Sử dụng phybin trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net