Đây là lệnh phyutility có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
phyutility - công cụ để thao tác trình tự và phylogenies
SYNOPSIS
sự nhanh nhẹn
MÔ TẢ
Phyutility là một chương trình dòng lệnh thực hiện các phân tích hoặc sửa đổi đơn giản trên
cả cây và ma trận dữ liệu.
LỰA CHỌN
Để nhận trợ giúp về một tùy chọn sử dụng lệnh cụ thể -h
HÀNG
cho cây:
sự đồng thuận
Tính cây đồng thuận. Sử dụng like -con -t -trong -ngoài
.
chuyển đổi
Chuyển đổi tệp dạng cây. Sử dụng like -vert -in -ngoài .
lá cây
Tính toán chỉ số ổn định của lá. Sử dụng like -ls -in .
di chuyển
Tính toán di chuyển theo dòng. Sử dụng -lm -names -cây
-trong -ngoài .
mận khô
Tỉa các dòng họ. Sử dụng -pr -names -trong -ngoài .
khởi động lại
Trồng lại cây. Sử dụng -rr -names -trong -ngoài .
mong
Cây thưa. Sử dụng like -tt # -in -ngoài .
cây cối
Hỗ trợ cho một bộ cây. Sử dụng like -ts -tree -trong -ngoài .
cho tiếp theo:
giống cá lăng
Cắt bỏ seqs dựa trên ngưỡng. Sử dụng like -clean # -in -ngoài -aa
.
concat
Nối các liên kết. Sử dụng like -concat -in -ngoài -aa
lực aa>.
ncbiget
Tìm nạp seqs từ NCBI. Đối với các tùy chọn, hãy chạy phyutility -h ncbiget.
ncbisearch
Seach NCBI. Đối với các tùy chọn, hãy chạy phyutility -h ncbisearch.
phân tích
Phân tích cú pháp kết quả genbank. Đối với các tùy chọn, hãy chạy phân tích cú pháp phyutility -h.
THÍ DỤ
phyutility -con -t 0.5 -in testall.tre -out test.con
Thống nhất tập hợp các cây trong testall. Xu hướng gãy đổ các cành có ít hơn 0.5
tần số.
phyutility -vert -in test.tre -out testvert.nex
Chuyển đổi tệp cây từ newick trong test.tre thành nexus trong testvert.nex.
phyutility -concat -in test.aln test2.aln -out testall.nex
Ghép 2 tệp căn chỉnh thành mối liên hệ trong testall.nex.
Sử dụng phyutility trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
