Đây là lệnh plast có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
plast - Công cụ tìm kiếm căn chỉnh trình tự cục bộ song song
MÔ TẢ
nhựa 2.3.1
- Ngày xây dựng: 2016-02-09 09:47:45 - Hệ điều hành: Linux-4.3.0-1-amd64 - Trình biên dịch: / usr / bin / cc
(5.3.1) - CPU chủ: 4 lõi khả dụng
[*] biểu thị đối số bắt buộc.
-p [*]:
Tên chương trình [plastp, tplastn, plastx, tplastx hoặc plastn]
-d [*]:
Tệp cơ sở dữ liệu chủ đề
-i [*]:
Tệp cơ sở dữ liệu truy vấn
-o : Tệp đầu ra báo cáo PLAST
-e : Giá trị kỳ vọng
-n : Kích thước của phần mở rộng chưa được ánh xạ vùng lân cận đang peforming
-s : Ngưỡng chưa được khai thác kích hoạt một tiện ích mở rộng có giới hạn nhỏ
-g : ngưỡng cho tiện ích mở rộng có giới hạn nhỏ
-b : băng thông cho phần mở rộng có ga nhỏ
-a : Số lượng bộ xử lý sẽ sử dụng
-G : Chi phí để mở một khoảng trống
-E : Chi phí để mở rộng khoảng cách
-xdrop-ungap :
Giá trị droppoff X cho căn chỉnh không được xen kẽ (tính bằng bit) (số không gọi ra hành vi mặc định 20
chút ít)
-X : Giá trị droppoff X cho căn chỉnh có gapped (tính bằng bit) (số không gọi hành vi mặc định)
-Z : Giá trị droppoff X cho căn chỉnh có ga cuối cùng tính bằng bit (0.0 gọi hành vi mặc định)
-chỉ số-ngưỡng :
Ngưỡng chỉ mục để tính toán mức độ giống nhau giữa các hàng xóm
-F : Lọc chuỗi truy vấn
-M : Ma trận điểm (BLOSUM62 hoặc BLOSUM50)
-sợi :
chuỗi cho plastn: 'cộng', 'trừ' hoặc 'cả hai' (mặc định)
-r : phần thưởng cho một trận đấu nucleotide (plastn)
-q : hình phạt cho sự không phù hợp nucleotide (plastn)
-buộc-truy vấn-thứ tự :
Buộc các truy vấn sắp xếp thứ tự trong tệp đầu ra.
-max-kích thước cơ sở dữ liệu :
Kích thước tối đa cho phép (tính bằng byte) cho cơ sở dữ liệu. Nếu lớn hơn, cơ sở dữ liệu được phân đoạn.
-max-hit-mỗi truy vấn :
Số lần truy cập tối đa cho mỗi truy vấn. Giá trị 0 sẽ kết xuất tất cả các lần truy cập (mặc định)
-max-hsp-mỗi lần truy cập :
Căn chỉnh tối đa cho mỗi lần truy cập. Giá trị 0 sẽ kết xuất tất cả các lần truy cập (mặc định)
-outfmt :
Định dạng đầu ra: 1 cho dạng bảng (mặc định), 2 cho dạng ống mở rộng, 4 cho NCBI
Giống như vụ nổ.
-sợi-danh sách :
Danh sách các sợi (ví dụ: "1,2,6") được sử dụng khi sử dụng thuật toán sử dụng nucleotid
cơ sở dữ liệu.
-optim-codon-stop :
kích thước của phạm vi cho phép giữa ký tự không hợp lệ cuối cùng và điểm dừng tiếp theo
codon
-điều phối viên đạt yêu cầu :
Nhà máy tạo điều phối viên.
thống kê-đạt yêu cầu :
Nhà máy tạo trình tạo số liệu thống kê.
-các chỉ số-đạt yêu cầu :
Nhà máy tạo trình tạo chỉ mục.
-xưởng-hit-ungap :
Nhà máy tạo trình lặp lần truy cập ungap.
-nhà máy-hit-smallgap :
Nhà máy tạo ra trình lặp lần truy cập khoảng cách nhỏ.
-factory-hit-fullgap :
Nhà máy tạo trình lặp lần truy cập khoảng trống đầy đủ.
thành phần-đạt yêu cầu :
Nhà máy tạo trình lặp lần truy cập thành phần.
-thỏa-mãn-kết-quả :
Kết quả là nhà máy tạo ra sự liên kết khoảng cách.
-nhà máy-ungap-kết quả :
Nhà máy tạo ra kết quả căn chỉnh ungap.
-bộ chia :
Nhà máy tạo ra một bộ tách căn chỉnh. Chuỗi: 'bình thường' hoặc 'dải' (mặc định)
-optim-filter-ungap :
Tối ưu hóa lọc ra thông qua căn chỉnh không có bản đồ.
-thanh biểu đồ :
Hiển thị thanh tiến trình trong quá trình thực thi.
-kích thước biểu đồ :
Nb các ký tự của thanh biểu đồ.
-sản xuất-tập tin :
Đưa vào tệp phần trăm thực thi hiện tại.
-bèo thuyền :
Hiển thị thông tin trong quá trình thực thi thuật toán.
-số liệu thống kê đầy đủ :
Thống kê thuật toán bán phá giá.
-số liệu thống kê :
Bán phá giá thống kê chung.
-stats-fmt :
Định dạng thống kê: 'raw' (mặc định) hoặc 'xml'
-stats-auto :
Tạo tệp thống kê tự động
-alignment-tiến độ :
Đưa vào một tệp số lượng căn chỉnh ungap / ungap ngày càng tăng trong quá trình giải thuật.
-nguồn-tiến độ :
Đưa vào tệp thông tin về tài nguyên trong quá trình giải thuật.
-plastrc :
Tên đường dẫn của tệp cấu hình plast.
-xmlfilter :
Uri của một tệp bộ lọc XML.
-hạt giống-tỷ lệ sử dụng :
Tỷ lệ hạt giống cần sử dụng.
-seeds-index-filter :
độ dài hạt sẽ được sử dụng cho bộ lọc lập chỉ mục.
-hoàn thành-chủ đề-cơ sở dữ liệu-thống kê-tệp :
Đường dẫn tệp đến thống kê của cơ sở dữ liệu chủ đề hoàn chỉnh
-W : kích thước của hạt
-h : Cứu giúp
Trích dẫn PLAST: Nguyễn VH, Lavenier D. (2009) PLAST: công cụ tìm kiếm căn chỉnh cục bộ song song
để so sánh cơ sở dữ liệu. BMC Bioinformatics, vol 10, no 329.
Sử dụng trực tuyến bằng cách sử dụng các dịch vụ onworks.net
