primeDLRS - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

primeDLRS, primeGSRf - Công cụ đối chiếu cây khách trong máy chủ

SYNOPSIS

nguyên tốDLRS [LỰA CHỌN] tập tin tiếp theo tập tin máy chủ [tập tin gs]

MÔ TẢ

Công cụ đối chiếu cây khách trong máy chủ, cho phép phân tích các cấu trúc liên kết cây khách,
tính chất đối chiếu và tỷ lệ thất thoát trùng lặp. Dựa trên khung Bayesian MCMC
sử dụng mô hình GSR cơ bản. Tên chương trình cũ, primeGSRf, vẫn có sẵn dưới dạng
liên kết biểu tượng đến primeDLRS.

1) cấu trúc liên kết cây khách và thời gian phân kỳ của nó được mô hình hóa với một bản sao-
quá trình mất mát phù hợp với Mô hình Tiến hóa Gen (GEM).

2) sự tiến hóa trình tự được mô hình hóa bằng mô hình thay thế do người dùng xác định.

3) sự thay đổi tỷ lệ tiến hóa trình tự qua các cạnh cây khách (đồng hồ phân tử thoải mái)
được lập mô hình với các giá trị iid từ bản phân phối do người dùng chọn.

4) sự thay đổi tỷ lệ tiến hóa trình tự qua các vị trí (vị trí) được mô hình hóa theo
phân phối Gamma tùy ý.

Việc triển khai sử dụng sự tùy ý của cây chủ để thực hiện các phép tính của nó.
Vui lòng xem lại các tùy chọn có sẵn, vì bạn sẽ cần thay đổi cài đặt mặc định. Tùy chọn -r
có thể hữu ích để tránh các vấn đề về số do mở rộng quy mô.

tập tin tiếp theo là một tệp có các trình tự được căn chỉnh cho các lá cây của khách.

tập tin máy chủ là một tệp PrIME Newick với cây máy chủ bao gồm. thời gian phân kỳ. Lá phải có
thời gian 0 và gốc có thời gian> 0.

tập tin gs là một tệp được phân tách bằng tab liên quan đến lá cây của khách với lá của cây chủ nếu không có thông tin
trong tệp máy chủ.

LỰA CHỌN

-h, -u, -?
Hiển thị trợ giúp (văn bản này).

-o FILE
Tên tệp xuất ra. Mặc định là stderr.

-s UNSIGNED_INT
Hạt giống cho trình tạo số giả ngẫu nhiên. Mặc định là hạt giống ngẫu nhiên.

-i UNSIGNED_INT
Số lần lặp lại. Mặc định là.

-t UNSIGNED_INT
Pha loãng, tức là lấy mẫu mọi -lần lặp thứ. Mặc định là.

-w UNSIGNED_INT
Kết quả chẩn đoán cho stderr mỗi -mẫu thứ. Mặc định là.

-q Không xuất chẩn đoán. Không yên tĩnh theo mặc định.

-m MCMC | PDHC | PD
Loại thực thi (MCMC, leo đồi mật độ sau từ các giá trị ban đầu hoặc chỉ
mật độ sau ban đầu). Mặc định là.

-Sm UniformAA | JC69 | F81 | JTT | UniformCodon | ArveCodon
Mô hình thay thế. theo mặc định.

-Su DNA | AminoAcid | Codon
... float (n * (n-1) / 2)>
Mô hình thay thế do người dùng xác định. Kích thước của Pi và R phải phù hợp với kiểu dữ liệu (DNA: n = 4,
AminoAcid: n = 20, Codon: n = 62). R được cho dưới dạng ma trận tam giác phẳng trên.
Không sử dụng cả hai tùy chọn -Su và -Sm.

-Sn UNSIGNED_INT
Số bước phân phối Gamma tùy ý cho tốc độ phát triển trình tự
thay đổi trên các trang web. Mặc định là (không có biến thể).

-ed Gamma | InvG | LogN | Uniform
Phân phối cho sự thay đổi tỷ lệ tiến hóa trình tự iid trên các cạnh cây khách.
Mặc định là (không nhầm với -Sn).

-Ep PHAO NỔI PHAO NỔI
Giá trị trung bình ban đầu và phương sai của tỷ lệ tiến hóa trình tự. Mặc định cho quy tắc đơn giản của-
ngón tay cái dựa trên thời gian cây chủ.

-Ef Sửa giá trị trung bình và phương sai của tỷ lệ tiến hóa trình tự. Không cố định theo mặc định.

-gi FILE
Tên tệp với cấu trúc liên kết cây khách ban đầu.

-ggg Sửa cấu trúc liên kết cây khách ban đầu, tức là không thực hiện hoán đổi nhánh. Không cố định bởi
mặc định.

-Gl Sửa độ dài cạnh cây khách ban đầu (ngoài cấu trúc liên kết), tức là sửa cạnh
độ dài. Không cố định theo mặc định.

-Bp PHAO NỔI PHAO NỔI
Tỷ lệ trùng lặp và thất thoát ban đầu. Mặc định là và.

-F Khắc phục tỷ lệ trùng lặp và thất thoát ban đầu. Không cố định theo mặc định.

-bt PHAO NỔI
Ghi đè khoảng thời gian của cạnh trên gốc trong cây chủ. Nếu giá trị là <= 0, khoảng
sẽ được đặt bằng thời gian từ gốc đến lá. Giá trị mặc định trong tệp cây máy chủ.
Xem thêm tùy chọn -Dtt.

-Dt PHAO NỔI
Khoảng thời gian tùy chỉnh gần đúng. Đặt thành 0 để chia mọi cạnh thành nhiều
các bộ phận (xem -Di). Mặc định là. Xem -Dtt cho cạnh trên gốc.

-Di UNSIGNED_INT
Số phần tối thiểu để cắt từng cạnh. Nếu -Dt được đặt thành 0, điều này trở thành
số lượng chính xác của các bộ phận. Tối thiểu 2. Mặc định là. Xem -Dtt cho cạnh trên gốc.

-Dtt UNSIGNED_INT
Ghi đè số điểm tùy ý cho cạnh trên gốc trong cây chủ. Qua
mặc định, bất kể khoảng thời gian, điều này được đặt thành số điểm cho một
(giả định) cạnh từ gốc đến lá

-r Bán lại cây chủ sao cho thời gian từ rễ đến lá bằng 1.0. Tất cả được suy ra
các tham số sẽ tham chiếu đến thang đo mới. Tắt theo mặc định. Lưu ý rằng tùy ý
các tham số KHÔNG được thay đổi tỷ lệ.

-Z Không in thời gian tường đã trôi qua và thời gian CPU

-W Không in dòng lệnh

-debugthông tin
Hiển thị linh tinh. thông tin cho stderr trước khi lặp lại. Không được hiển thị theo mặc định.

EXIT TÌNH TRẠNG

0 Thực hiện chương trình thành công.

1 Một số lỗi đã xảy ra

URL

Trang chủ prime-phylo: http://prime.sbc.su.se

Sử dụng primeDLRS trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net