proda - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

sản phẩm - sự sắp xếp nhiều trình tự protein với sự lặp lại và sắp xếp lại

SYNOPSIS

thần đồng [tùy chọn] [tập tin mfa] [> đầu ra]

MÔ TẢ

Trang hướng dẫn sử dụng này tài liệu ngắn gọn về thần đồng chỉ huy.

thần đồng (Protein Domain Aligner) là phần mềm miền công cộng để tạo nhiều
sự liên kết của trình tự protein với sự lặp lại và sắp xếp lại, ví dụ như protein với
nhiều miền.

Đưa ra một tập hợp các trình tự protein làm đầu vào, ProDA trước tiên sẽ tìm thấy các liên kết theo cặp cục bộ
giữa tất cả các cặp trình tự, sau đó tạo thành các khối gồm các đoạn trình tự có thể thay đổi được, và
cuối cùng tạo ra nhiều liên kết của các khối. ProDA dựa trên nhiều kỹ thuật được sử dụng
in vòi (<http://probcons.stanford.edu>), nhiều ký hiệu gần đây cho thấy
độ chính xác trong một số điểm chuẩn phổ biến.

ĐẦU VÀO FORMAT

Proda chấp nhận các tệp đầu vào ở định dạng MFA. Định dạng MFA được chỉ định bên dưới:

· Định dạng MFA bao gồm nhiều chuỗi;

· Mỗi trình tự ở định dạng MFA bắt đầu bằng mô tả một dòng, tiếp theo là
các dòng dữ liệu trình tự;

· Dòng mô tả được phân biệt với dữ liệu trình tự bằng giá trị lớn hơn (">")
ký hiệu trong cột đầu tiên.

OUTPUT FORMAT

Đối với một tập hợp các chuỗi đầu vào, Proda thường xuất ra một số khối lần lượt, mỗi khối bao gồm
của các đoạn trình tự có thể thay đổi được. Mỗi khối được theo sau bởi nhiều liên kết của nó.

Một khối được chỉ định bằng cách liệt kê các đoạn trình tự của nó. Mỗi phân mảnh được xuất ra dưới dạng
serial_name (start-end), trong đó serial_name là tên của trình tự ban đầu và
bắt đầu và kết thúc là các vị trí mà tại đó đoạn bắt đầu và kết thúc tương ứng.

Proda tạo ra các căn chỉnh khối ở định dạng ClustalW (ALN) được mô tả bên dưới:

· Định dạng ClustalW bao gồm một dòng tiêu đề duy nhất theo sau là dữ liệu trình tự trong
khối 50 vị trí hướng tuyến;

· Mỗi khối bao gồm:

· Một dòng dữ liệu cho mỗi trình tự trong căn chỉnh - đặc biệt,
tên của dãy số;

· 50 ký tự của căn chỉnh;

· Một dòng chú thích cho biết được bảo toàn hoàn toàn (*), được bảo toàn mạnh (:), hoặc
các cột được bảo toàn yếu (.);

· Dòng mô tả được phân biệt với dữ liệu trình tự bằng giá trị lớn hơn (">")
ký hiệu trong cột đầu tiên.

NHANH CHÓNG định dạng cho đầu ra
Nếu tùy chọn -fasta được chỉ định, thì ngoài đầu ra thông thường, ProDA tạo ra một
tệp chứa các căn chỉnh khối ở định dạng FASTA. Tệp đầu ra có cùng tên với
tệp đầu vào đầu tiên và phần mở rộng ".fasta". Hai căn chỉnh khối liên tiếp là
cách nhau bởi một dòng chứa ký tự ´ # ´.

Định dạng FASTA được mô tả dưới đây:

· Định dạng FASTA bao gồm tất cả các trình tự được đưa ra trong các tệp đầu vào;

· Mỗi trình tự ở định dạng FASTA bắt đầu bằng mô tả một dòng, tiếp theo là
các dòng dữ liệu trình tự;

· Dòng mô tả được phân biệt với dữ liệu trình tự bằng giá trị lớn hơn (">")
ký hiệu trong cột đầu tiên;

· Phần dư được căn chỉnh ở dạng chữ hoa, phần dư không được căn chỉnh ở dạng chữ thường.

Vì căn chỉnh cuối cùng chỉ chứa mỗi trình tự một lần, tùy chọn này chỉ nên được sử dụng
nếu các chuỗi đầu vào không chứa các lần lặp lại.

LỰA CHỌN

-L [Độ dài nhỏ nhất]

Đặt độ dài căn chỉnh tối thiểu bằng [min_length].

ProDA tìm các căn chỉnh có độ dài lớn hơn hoặc bằng ngưỡng L. Bằng cách
mặc định, L = 30. Tùy chọn này đặt ngưỡng thành [min_length].

-sau

Sử dụng giải mã sau khi tính toán các căn chỉnh theo cặp cục bộ.

ProDA tính toán các căn chỉnh theo cặp cục bộ giữa hai trình tự bằng cách sử dụng một cặp-HMM
và giải mã Viterbi hoặc giải mã hậu kỳ. Tùy chọn mặc định đang sử dụng
Giải mã Viterbi nhanh hơn giải mã sau nhưng có thể kém chính xác hơn.
Bật tùy chọn này sẽ hướng dẫn bộ chỉnh ký sử dụng giải mã sau thay thế. Trong
ví dụ trên, đầu ra được tạo với tùy chọn -posterior được bật.

-im lặng

Không báo cáo tiến độ trong khi căn chỉnh.

Bật tùy chọn này sẽ hướng dẫn bộ chỉnh hình không báo cáo tiến trình trong khi
sắp hàng. Theo mặc định, ProDA báo cáo tiến trình trên tất cả các căn chỉnh theo cặp, khối
tạo và liên kết khối. Vì một số giai đoạn của thuật toán, đặc biệt là
căn chỉnh theo cặp, có thể mất nhiều thời gian, tiến độ báo cáo làm cho chương trình trông
còn sống khi đang chạy.

-trân

Sử dụng độ nhạy khi tạo khối các đoạn trình tự có thể thay đổi được.

Hai đoạn trình tự có thể thay đổi trực tiếp nếu chúng là các phần của một
căn chỉnh theo cặp. Theo mặc định, hai đoạn được coi là có thể thay đổi được nếu và chỉ
nếu chúng có thể điều chỉnh trực tiếp. Bật tùy chọn này sẽ hướng dẫn bộ chỉnh hình
coi hai đoạn có thể điều chỉnh được khi chúng có thể điều chỉnh trực tiếp hoặc khi cả hai
chúng có thể chuyển trực tiếp sang phân mảnh thứ ba.

-fasta

Sử dụng định dạng đầu ra FASTA ngoài định dạng ClustalW.

Khi tùy chọn này được bật, bộ chỉnh hình sẽ tạo đầu ra ở định dạng FASTA
và lưu trữ trong một tệp có cùng tên với tệp đầu vào đầu tiên và phần mở rộng
".fasta", ngoài đầu ra thông thường thành stdout. Tùy chọn này nên được sử dụng
chỉ khi các chuỗi đầu vào không chứa các lần lặp lại.

Sử dụng sản phẩm trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net