Đây là lệnh proftmb có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
proftmb - dự đoán theo dư lượng của thùng beta vi khuẩn xuyên màng
SYNOPSIS
chuyên nghiệp [lựa chọn]
MÔ TẢ
proftmb dự đoán thùng beta vi khuẩn xuyên màng từ trình tự bằng cách sử dụng hồ sơ được cung cấp
Mô hình Markov ẩn (HMM).
Đầu ra định dạng
Tự chú thích. Các chữ cái dự đoán: 'i' - bên trong tế bào chất, 'O' - bên ngoài tế bào chất,
'U' - lên (trên chuỗi di chuyển ra khỏi tế bào chất), 'D' - xuống (trên chuỗi di chuyển vào tế bào chất).
dự án
Bigelow, H. và Rost, B. (2006). PROFtmb: một máy chủ web để dự đoán vi khuẩn
protein thùng bêta xuyên màng. Nucleic Acids Res, 34 (Sự cố máy chủ web), W186-8.
Đến gọi các thực đơn đi:
chuyên nghiệp --thực đơn
Sản phẩm lựa chọn là:
-d, --thư mục gốc
đường dẫn gốc nơi tập tin (tùy chọn -s, -r, -l, -a, -e, -t, -u, -z, -n) cư trú
-a, --reduction-state-decode
giảm trạng thái để giải mã
-b, --reduction-state-báo cáo
giảm trạng thái cho báo cáo
-m, --membrane-strand-state
danh sách các trạng thái sợi màng
-z, --z-đường cong-tệp
tệp chứa phương tiện và sd ở các giá trị độ dài tích phân
-x, --z-hiệu chuẩn-đường cong
các giá trị độ chính xác và độ bao phủ của ánh xạ tệp tới điểm số z
-n, --null-tần số
tệp tần số nền
-c, - điểm số tối thiểu
điểm z tối thiểu để dự đoán mỗi dư lượng
-o, --outfile-tiền tố
tiền tố tệp đầu ra cho ba tệp được tạo: PREFIX_dat.txt,
PREFIX_proftmb_pretty.txt PREFIX_proftmb_tabular.txt
-s, - dữ liệu mô hình tĩnh
dữ liệu đại diện cho kiến trúc mô hình
-t, --được đào tạo-params
tham số đại diện cho dữ liệu đào tạo được mã hóa
-q, --test-blastQ-file-hoặc-dir
hồ sơ psiblast (-Q) hoặc thư mục (tên đường dẫn đầy đủ hoặc liên quan đến thư mục hiện tại)
với nhiều hồ sơ
-w, - tên-dãy-tên
if -q tùy chọn trỏ đến một tệp duy nhất, đây là tên
-v, --list-blastQ-file
danh sách các tệp psiblast cần xử lý trong thư mục (để trống để xử lý tất cả các tệp)
--outfile-xinh
tệp đầu ra khá đẹp (ghi đè tên tự động PREFIX_proftmb_pretty.txt)
--outfile-tab
tệp đầu ra được lập bảng (ghi đè tên tự động
PREFIX_proftmb_tabular.txt)
--outfile-dat
tệp đầu ra dữ liệu (ghi đè tên tự động PREFIX_dat.txt)
--phiên bản
xuất thông tin phiên bản và thoát
--Yên lặng
Hãy yên lặng
Sử dụng proftmb trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
