Đây là propka lệnh có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
propka - Protonate PDB tệp dựa trên pKa
SYNOPSIS
propka PROPKATMP1
MÔ TẢ
propka tự động hóa proton hóa (định vị các ion hydro) đến một cấu trúc trong PDB
định dạng cho bất kỳ giá trị pKa nhất định nào. Tệp để sử dụng phải được đặt tên là PROPKATMP1 trong
thư mục nơi chạy propka.
propka sẽ tạo ra hai tệp đầu ra có tên là PROPKATMP2 và PROPKATMP3. PROPKATMP2
chứa cấu trúc kết quả ở định dạng PDB. PROPKATMP3 chứa một bản tóm tắt về
propka chạy.
trích dẫn PROPKA
Hãy xác nhận việc bạn sử dụng propka bằng cách trích dẫn:
Hui Li, Andrew D. Robertson và Jan H. Jensen: Dự đoán theo kinh nghiệm rất nhanh và
Giải thích giá trị pKa của protein, Protein, 2005, 61, 704-721.
WEB Dịch vụ
PropKa có thể được sử dụng thông qua giao diện web tại http://propka.ki.ku.dk/.
Sử dụng propka trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
