Đây là lệnh Psequin có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
Psequin - gửi chuỗi tới Genbank, EMBL và DDBJ
SYNOPSIS
giả [-b] [-bse] [-e] [-f tên tập tin] [-gc] [-h] [-oldaln] [-oldasn] [-oldgph] [-oldseq]
[-nguồn vàng] [-s] [-w] [-x]
MÔ TẢ
giả là một chương trình được thiết kế để hỗ trợ việc gửi các trình tự tới GenBank, EMBL,
và cơ sở dữ liệu trình tự DDBJ. Nó được viết tại Trung tâm Công nghệ Sinh học Quốc gia
Thông tin, một phần của Thư viện Y khoa Quốc gia tại Viện Quốc gia
Sức khỏe.
giả có thể tập hợp các yếu tố thiết yếu của bản ghi GenBank từ định dạng FASTA đơn giản
các tệp văn bản. Ví dụ: chương trình lấy mã di truyền thích hợp từ một sinh vật
tên và tự động xác định các khoảng vùng mã hóa bằng cách dịch ngược từ
trình tự protein. Cửa sổ trợ giúp trực tuyến cuộn đến vị trí thích hợp với tư cách là người dùng
di chuyển giữa và trong các biểu mẫu nhập dữ liệu, đưa ra các chi tiết liên quan về thông tin là gì
kỳ vọng.
giả cũng chứa một số chức năng xác nhận tích hợp để đảm bảo chất lượng.
Các tính năng như trang web mối nối và bản dịch vùng mã hóa được kiểm tra độ chính xác hoặc
thống nhất nội bộ. Nhấp đúp vào thông báo lỗi sẽ khởi chạy trình chỉnh sửa thích hợp
nhờ đó người dùng có thể sửa chữa bất kỳ vấn đề nào.
giả cung cấp chế độ xem trực tiếp, có thể nhấp vào dữ liệu ở nhiều định dạng khác nhau, bao gồm
biểu mẫu báo cáo, tệp phẳng GenBank, tệp phẳng EMBL và chế độ xem đồ họa. Nhấp đúp vào một
mục ở bất kỳ định dạng nào trong số này sẽ khởi chạy trình chỉnh sửa cho mục đó. Người biên tập có khả năng
duy trì các vị trí bảng tính năng chính xác khi trình tự bên dưới được chỉnh sửa. Nó có thể
hiển thị các tính năng trên chuỗi trong quá trình chỉnh sửa và cho phép các khoảng thời gian của tính năng được
điều chỉnh bằng thao tác trực tiếp.
LỰA CHỌN
-b Chế độ thiết lập Bioseq
-bse chế độ binseqentry
-e Chế độ Entrez
-f tên tập tin
đọc từ tên tập tin
-gc chế độ trung tâm bộ gen
-h tắt trợ giúp tự động
-oldaln
sử dụng trình đọc căn chỉnh cũ
-oldasn
để lại dưới dạng ASN.1 cũ
-oldgph
sử dụng chế độ xem đồ họa cũ
-oldseq
sử dụng chế độ xem trình tự cũ
-nguồn vàng
sử dụng định dạng nguồn tệp phẳng cũ
-s chế độ subtool
-w chế độ bàn làm việc
-x đọc từ đầu vào chuẩn
Sử dụng Psequin trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net