rabema_evaluate - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

rabema_evaluate - Đánh giá RABEMA

SYNOPSIS

rabema_evaluate [TÙY CHỌN] --thẩm quyền giải quyết REF.fa --in-gsi IN.gsi --in-sam BẢN ĐỒ.sam
rabema_evaluate [TÙY CHỌN] --thẩm quyền giải quyết REF.fa --in-gsi IN.gsi --in-bam BẢN ĐỒ.bam

MÔ TẢ

So sánh đầu ra SAM / bam MAPPING.sam / MAPPING.bam của bất kỳ trình ánh xạ đã đọc nào với
RABEMA tiêu chuẩn vàng trước đây được xây dựng với rabema_build_gold_standard. Đầu vào là
tệp FASTA tham chiếu, tệp khoảng tiêu chuẩn vàng (GSI) và đầu vào SAM / BAM
để đánh giá.

Tệp SAM / BAM đầu vào phải được sắp xếp theo tên truy vấn. Chương trình sẽ tạo FASTA
tệp chỉ mục REF.fa.fai để truy cập ngẫu nhiên nhanh vào tài liệu tham khảo.

-h, --Cứu giúp

Hiển thị thông báo trợ giúp này.

--phiên bản

Thông tin phiên bản màn hình hiển thị

-v, --dài dòng

Bật đầu ra dài dòng.

-vv, - rất tiết

Cho phép đầu ra dài dòng hơn nữa.

Đầu vào / đầu ra:

-r, --thẩm quyền giải quyết NHANH CHÓNG

Đường dẫn để tải tham chiếu FASTA từ. Các loại tệp hợp lệ là: fa và fasta.

-g, --in-gsi GSI

Đường dẫn để tải khoảng thời gian tiêu chuẩn vàng từ. Nếu được nén bằng gzip, tệp sẽ
được giải nén khi đang bay. Các loại tệp hợp lệ là: gsi và gsi.gz.

-s, --in-sam SAM

Đường dẫn để tải đầu ra SAM ánh xạ đã đọc từ đó. Loại tệp hợp lệ là: sam.

-b, --in-bam BAM

Đường dẫn để tải đầu ra BAM của trình ánh xạ đã đọc từ đó. Loại tệp hợp lệ là: bam.

--out-tsv TSV

Đường dẫn để ghi số liệu thống kê dưới dạng TSV. Loại tệp hợp lệ là: tsv.

Tham số điểm chuẩn:

--chế độ oracle

Bật chế độ oracle. Điều này được sử dụng cho dữ liệu mô phỏng khi tệp GSI đầu vào cho
chính xác một vị trí được coi là vị trí mẫu thực. Đối với mô phỏng
dữ liệu.

--chỉ-duy-nhất-lần đọc

Hãy xem xét chỉ đọc rằng một căn chỉnh duy nhất trong tệp kết quả ánh xạ. Hữu ích cho
tính toán chính xác.

--match-N

Khi được đặt, N khớp với tất cả các ký tự mà không bị phạt.

--khoảng cách-số liệu HỆ MÉT

Đặt chỉ số khoảng cách. Giá trị hợp lệ: hamming, chỉnh sửa. Mặc định: chỉnh sửa. Một trong những
chỉnh sửa. Mặc định: chỉnh sửa.

-e, - max-error TỶ LỆ

Tỷ lệ lỗi tối đa để xây dựng tiêu chuẩn vàng tính bằng phần trăm. Tham số này là một
số nguyên và liên quan đến độ dài đọc. Tỷ lệ lỗi bị bỏ qua trong chế độ oracle,
ở đây, khoảng cách của số đọc tại vị trí mẫu được lấy, riêng lẻ cho
mỗi lần đọc. Mặc định: 0 Mặc định: 0.

-c, --benchmark-danh mục CON MÈO

Đặt danh mục điểm chuẩn. Một trong {tất cả, tất cả-tốt nhất, bất kỳ-tốt nhất. Mặc định: tất cả Một trong tất cả,
tất cả tốt nhất và tốt nhất. Mặc định: tất cả.

--trust-NM

Khi được đặt, chúng tôi tin tưởng căn chỉnh và khoảng cách từ tệp SAM / BAM và không có căn chỉnh lại
được thực hiện. Tắt theo mặc định.

--ignore-pair-flags

Khi đặt, chúng tôi bỏ qua tất cả các cờ SAM / BAM liên quan đến ghép nối. Điều này là cần thiết khi
phân tích SAM từ tập lệnh soap2sam.pl của SOAP.

--KHÔNG HOẢNG LOẠN

Không dừng thực hiện chương trình nếu phát hiện thấy một lần truy cập bổ sung cho thấy rằng
tiêu chuẩn vàng không chính xác.

Ghi nhật ký:

--show-miss-khoảng thời gian

Hiển thị chi tiết cho mỗi khoảng thời gian bị bỏ lỡ từ GSI.

- hiển thị-không hợp lệ-lần truy cập

Hiển thị chi tiết cho các lần truy cập không hợp lệ (với tỷ lệ lỗi quá cao).

- hiển thị-bổ sung-lượt truy cập

Hiển thị chi tiết cho các lần truy cập bổ sung (tỷ lệ lỗi đủ thấp nhưng không ở tiêu chuẩn vàng.

--show-hit

Hiển thị chi tiết cho các khoảng thời gian truy cập.

--show-thử-đánh

Hiển thị chi tiết cho từng căn chỉnh trong đầu vào SAM / BAM.

Việc xuất hiện các lần truy cập "không hợp lệ" trong đầu ra của trình liên kết đọc không phải là một lỗi. Nếu như
có những lần truy cập bổ sung, tuy nhiên, điều này cho thấy một lỗi trong tiêu chuẩn vàng.

TRẢ LẠI GIÁ TRỊ

Giá trị trả về 0 cho biết thành công, bất kỳ giá trị nào khác cho biết lỗi.

YÊU CẦU BỘ NHỚ

Từ phiên bản 1.1, chúng tôi đã rất cẩn thận để giữ cho yêu cầu bộ nhớ ở mức thấp
càng tốt.

Bước đánh giá cần lưu trữ toàn bộ chuỗi tham chiếu trong bộ nhớ nhưng
thêm một chút bộ nhớ. Vì vậy, đối với bộ gen người, yêu cầu bộ nhớ dưới 4
GB, bất kể kích thước của tệp GSI hoặc SAM / BAM.

THAM KHẢO

M. Holtgrewe, A.-K. Emde, D. Weese và K. Reinert. Một tiểu thuyết và được xác định rõ ràng
Phương pháp đo điểm chuẩn cho bản đồ đọc thế hệ thứ hai, BMC Bioinformatics 2011,
12: 210.

http://www.seqan.de/rabema

Trang chủ RABEMA

http://www.seqan.de/mason

Trang chủ Mason

PHIÊN BẢN

Phiên bản rabema_evaluate: 1.2.0 Cập nhật lần cuối ngày 14 tháng 2013 năm XNUMX

Sử dụng rabema_evaluate trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net