limitede - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

hạn chế - Báo cáo các vị trí phân cắt enzym giới hạn trong một trình tự nucleotit

SYNOPSIS

hạn chế -sự nối tiếp tiếp theo -tập tin dữ liệu tập tin dữ liệu -mfile tập tin dữ liệu -sitelen số nguyên
-enzyme chuỗi -phút số nguyên -tối đa số nguyên -phân mảnh boolean -Độc thân boolean
-bóng đá boolean -dính boolean -sự mơ hồ boolean -plasmid boolean
-metyl hóa boolean -thương mại boolean -giới hạn boolean -bảng chữ cái boolean
-phân mảnh boolean -Tên boolean -outfile báo cáo

hạn chế -Cứu giúp

MÔ TẢ

hạn chế là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Nucleic: Restricted".

LỰA CHỌN

Đầu vào phần
-sự nối tiếp tiếp theo

-tập tin dữ liệu tập tin dữ liệu

-mfile tập tin dữ liệu
Giá trị mặc định: Emethylsites.dat

Yêu cầu phần
-sitelen số nguyên
Điều này thiết lập độ dài tối thiểu của vị trí nhận biết enzym giới hạn. Bất kỳ enzym nào
với các trang web ngắn hơn điều này sẽ bị bỏ qua. Giá trị mặc định: 4

-enzyme chuỗi
Tên 'tất cả' đọc trong tất cả các tên enzym từ cơ sở dữ liệu REBASE. Bạn có thể chỉ định
enzim bằng cách đặt tên của chúng bằng dấu phẩy ở giữa sau đó, chẳng hạn như:
'HincII, hinfI, ppiI, hindiii'. Trường hợp của những cái tên không quan trọng. Bạn có thể chỉ định một
tệp tên enzym cần đọc bằng cách đưa ra tên tệp chứa enzym
các tên có ký tự '@' phía trước, ví dụ: '@ enz.list'. Dòng trống và
các dòng bắt đầu bằng ký tự băm hoặc '!' bị bỏ qua và tất cả các dòng khác
được nối với nhau bằng một ký tự dấu phẩy ',' và sau đó được coi là danh sách
các enzym để tìm kiếm. Ví dụ về tệp tên enzyme là:! các enzym của tôi HincII,
ppiII! các enzym khác hindiii HinfI PpiI Giá trị mặc định: tất cả

Nâng cao phần
-phút số nguyên
Điều này đặt ra số lần cắt tối thiểu cho bất kỳ loại enzyme hạn chế nào sẽ là
được xem xét. Bất kỳ enzym nào cắt ít lần hơn mức này sẽ bị bỏ qua. Giá trị mặc định:
1

-tối đa số nguyên
Điều này đặt số lần cắt tối đa cho bất kỳ loại enzyme hạn chế nào sẽ là
được xem xét. Bất kỳ enzym nào cắt nhiều lần hơn mức này sẽ bị bỏ qua. Giá trị mặc định:
2000000000

-phân mảnh boolean
Điều này cung cấp cho độ dài đoạn của sợi cảm giác phía trước được tạo ra bởi
giới hạn bởi từng enzym giới hạn của chính nó. Kết quả được thêm vào đuôi
phần của báo cáo. Giá trị mặc định: N

-Độc thân boolean
Nếu điều này được đặt thì điều này sẽ buộc các giá trị của các giá trị định nghĩa mincuts và maxcuts thành
cả hai đều là 1. Bất kỳ giá trị nào khác mà bạn có thể đã đặt chúng sẽ bị bỏ qua. Giá trị mặc định: N

-bóng đá boolean
Điều này cho phép các enzym cắt ở cùng một vị trí theo chiều thuận và nghịch
sợi được xem xét. Giá trị mặc định: Y

-dính boolean
Điều này cho phép các enzym cắt ở các vị trí khác nhau theo chiều thuận và nghịch
sợi, để lại một phần nhô ra, được xem xét. Giá trị mặc định: Y

-sự mơ hồ boolean
Điều này cho phép những enzym có một hoặc nhiều mã không rõ ràng 'N' trong mẫu của chúng
được coi là Giá trị mặc định: Y

-plasmid boolean
Nếu điều này được đặt thì điều này cho phép tìm kiếm vị trí nhận dạng enzym giới hạn và
cắt các vị trí kéo dài đến cuối dãy được xem xét. Giá trị mặc định: N

-metyl hóa boolean
Nếu điều này được đặt thì các vị trí nhận dạng RE sẽ không khớp với các bazơ bị metyl hóa. Vỡ nợ
giá trị: N

-thương mại boolean
Nếu điều này được đặt, thì chỉ những enzym có nhà cung cấp thương mại mới được tìm kiếm
vì. Bộ định tính này bị bỏ qua nếu bạn đã chỉ định một danh sách rõ ràng các enzym để
tìm kiếm, thay vì tìm kiếm qua 'tất cả' các enzym trong cơ sở dữ liệu REBASE. Nó
giả định rằng, nếu bạn đang yêu cầu một loại enzyme rõ ràng, thì bạn có thể biết
lấy nó từ đâu và tất cả các tên enzym mà bạn đã yêu cầu được tìm kiếm,
và việc cắt giảm nào, sẽ được báo cáo cho dù họ có nhà cung cấp thương mại hay không.
Giá trị mặc định: Y

Đầu ra phần
-giới hạn boolean
Điều này hạn chế việc báo cáo các enzym chỉ với một enzym từ mỗi nhóm
chất đồng phân. Enzyme được chọn để đại diện cho nhóm isoschizomer là nguyên mẫu
được chỉ ra trong tệp dữ liệu 'floatssre.equ', được tạo bởi chương trình
'rebaseextract'. Nếu bạn muốn sử dụng các nguyên mẫu khác nhau, hãy tạo một bản sao của
floatssre.equ trong thư mục chính của bạn và chỉnh sửa nó. Nếu giá trị này được đặt là false thì
tất cả các enzym đầu vào sẽ được báo cáo. Bạn có thể muốn đặt giá trị này thành false nếu bạn
đang cung cấp một bộ enzym rõ ràng thay vì tìm kiếm 'tất cả' chúng. Vỡ nợ
giá trị: Y

-bảng chữ cái boolean
Giá trị mặc định: N

-phân mảnh boolean
Điều này cung cấp cho độ dài đoạn của sợi cảm giác phía trước được tạo ra bởi
hạn chế sử dụng tất cả các enzym đầu vào cùng nhau. Kết quả được thêm vào đuôi
phần của báo cáo. Giá trị mặc định: N

-Tên boolean
Giá trị mặc định: N

-outfile báo cáo

Sử dụng hạn chế trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net