RNAhybrid - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

RNAhybrid - tính toán các phép lai cấu trúc bậc hai của RNA

SYNOPSIS

RNA lai [-NS] [-NS số lượt truy cập] [-e năng lượng_cutoff] [-P giá trị p_cutoff] [-NS] [-NS xi, theta]
[-NS đặt tên] [-NS từ, đến] [-NS max_target_length] [-N max_query_length] [-u
iloop_upper_limit] [-v bloop_upper_limit] [-NS (ps | png | jpg | all)] [-NS tập tin mục tiêu] [-NS
tập tin truy vấn] [mục tiêu] [truy vấn]

MÔ TẢ

RNA lai là một công cụ để tìm kiếm năng lượng tự do tối thiểu (mfe) lai của một
(đích) và một RNA ngắn (truy vấn). Việc kết hợp được thực hiện trong một loại chế độ miền,
I E. trình tự ngắn được lai với các phần phù hợp nhất của trình tự dài. Công cụ
chủ yếu có ý nghĩa như một phương tiện để dự đoán mục tiêu microRNA. Ngoài mfes,
chương trình tính toán giá trị p dựa trên phân phối giá trị cực của độ dài được chuẩn hóa
năng lượng.

LỰA CHỌN

-h Đưa ra một bản tóm tắt ngắn về các tùy chọn dòng lệnh.

-b số lượt truy cập
Số lần truy cập tối đa để hiển thị. số lượt truy cập lượt truy cập với năng lượng miễn phí tối thiểu ngày càng tăng
(nhắc nhở: năng lượng lớn hơn thì kém hơn) được hiển thị, trừ khi tùy chọn -e được sử dụng và
giới hạn năng lượng đã được vượt quá (xem -e tùy chọn bên dưới) hoặc không còn
lượt truy cập. Các lượt truy cập chỉ có thể trùng lặp tại các căn cứ treo lơ lửng (5 'hoặc 3' cuối mục tiêu không được ghép nối).

-c Sản xuất đầu ra nhỏ gọn. Đối với mỗi cặp đích / truy vấn, một dòng đầu ra được tạo.
Mỗi dòng là dấu hai chấm (:) danh sách được phân tách của các trường sau: tên đích, truy vấn
tên, năng lượng tự do tối thiểu, vị trí trong mục tiêu, dòng căn chỉnh 1, dòng 2, dòng 3,
dòng 4. Nếu một mục tiêu hoặc một truy vấn được đưa ra trên dòng lệnh (tức là. no -t hoặc -q
tương ứng), tên của nó trong đầu ra sẽ là "dòng lệnh".

-d xi, theta
xi và theta lần lượt là các tham số vị trí và hình dạng của một điểm cực trị
phân phối giá trị (evd). giá trị p của năng lượng song công được giả định là phân phối
theo một evd như vậy. Đối với năng lượng chuẩn hóa theo chiều dài en, chúng ta có P [X <= en] = 1
- exp (-exp (- (- en-xi) / theta)), trong đó en = e / log (m * n) với m và n là độ dài
của mục tiêu và truy vấn, tương ứng. Nếu tùy chọn -d bị bỏ qua, xi và
theta được ước tính từ năng lượng song công tối đa của truy vấn, giả sử tuyến tính
sự phụ thuộc. Các tham số của sự phụ thuộc tuyến tính này được mã hóa trong chương trình,
nhưng tùy chọn -s phải được đưa ra để chọn từ tập hợp thích hợp. Lưu ý rằng
evd được nhân bản, vì mfes tốt là các giá trị âm lớn.

-s đặt tên
Được sử dụng để ước tính nhanh các thông số phân phối giá trị cực đoan (xem tùy chọn -d
bên trên). Cho RNAhybrid biết tập dữ liệu mục tiêu nào sẽ giả định. Các thông số hợp lệ là
3utr_fly, 3utr_worm và 3utr_human.

-e năng lượng_cutoff
Số lần truy cập với năng lượng miễn phí tối thiểu ngày càng tăng (nhắc nhở: năng lượng lớn hơn thì kém hơn) ít hơn
hơn hoặc bằng năng lượng_cutoff được hiển thị, trừ khi tùy chọn -b được sử dụng và
số lần truy cập đã được báo cáo đã đạt đến mức tối đa số lượt truy cập (xem tùy chọn -b
bên trên). Các lượt truy cập chỉ có thể trùng lặp tại các căn cứ treo lơ lửng (5 'hoặc 3' cuối mục tiêu không được ghép nối).

-p giá trị p_cutoff
Chỉ những lần truy cập có giá trị p không lớn hơn giá trị p_cutoff được báo cáo. Xem thêm
tùy chọn -d và -s.

-f từ, đến
Buộc tất cả các cấu trúc phải có một đường xoắn từ vị trí từ đến vị trí đến với
đối với truy vấn. Cơ sở đầu tiên có vị trí 1.

-m max_target_length
Độ dài tối đa cho phép của một chuỗi mục tiêu. Giá trị mặc định là 2000. Đây
tùy chọn chỉ có hiệu lực nếu tệp đích được cung cấp với tùy chọn -t (xem bên dưới).

-n max_query_length
Độ dài tối đa cho phép của chuỗi truy vấn. Giá trị mặc định là 30. Đây
tùy chọn chỉ có tác dụng nếu tệp truy vấn được cung cấp với tùy chọn -q (xem bên dưới).

-u iloop_upper_limit
Số lượng nucleotide chưa ghép đôi tối đa cho phép ở một trong hai phía của một bên trong
Vòng lặp.

-v bloop_upper_limit
Số nucleotit chưa ghép đôi tối đa cho phép trong một vòng phình.

-g (ps | png | jpg | all)
Tạo một cốt truyện của quá trình lai ghép, ở định dạng ps, png hoặc jpg hoặc cho tất cả
các định dạng với nhau. Các ô được lưu trong các tệp có tên được tạo từ
tên đích và tên truy vấn ("dòng lệnh" nếu được cung cấp trên dòng lệnh). Tùy chọn này
chỉ hoạt động, nếu có các thư viện đồ họa thích hợp.

-t tập tin mục tiêu
Mỗi chuỗi mục tiêu trong tập tin mục tiêu có thể kết hợp với mỗi
trong số các truy vấn (một trong hai là từ tập tin truy vấn hoặc là một truy vấn được đưa ra trên
dòng lệnh; xem -q bên dưới). Các trình tự trong tập tin mục tiêu phải ở FASTA
định dạng, tức là. một dòng bắt đầu bằng dấu> và ngay sau đó là tên, sau đó đến một hoặc
nhiều dòng tiếp theo với chính trình tự. Mỗi dòng trình tự riêng lẻ phải
không có nhiều hơn 1000 ký tự. Nếu không có -t được đưa ra, thì đối số cuối cùng (nếu
a -q được đưa ra) hoặc đối số cuối cùng thứ hai (nếu không có -q được đưa ra) cho RNAhybrid là
lấy làm mục tiêu.

-q tập tin truy vấn
Xem tùy chọn -t ở trên.

THAM KHẢO

Các thông số năng lượng được lấy từ:

Mathews DH, Sabina J, Zuker M, Turner DH. "Sự phụ thuộc dãy mở rộng của nhiệt động lực học
các tham số cải thiện dự đoán cấu trúc bậc hai RNA "J Mol Biol., 288 (5), pp
911-940, 1999

Đầu ra đồ họa sử dụng mã từ gói Vienna RNA:

Kẻ cướp IL. "Máy chủ cấu trúc thứ cấp Vienna RNA." Nghiên cứu axit nucleic, 31 (13),
trang 3429-3431, 2003

PHIÊN BẢN

Trang người này tài liệu phiên bản 2.0 của RNAhybrid.

TÁC GIẢ

Marc Rehmsmeier, Peter Steffen, Matthias Hoechsmann.

GIỚI HẠN

Giá trị năng lượng phụ thuộc vào ký tự chỉ được xác định cho [acgtuACGTU]. Tất cả các nhân vật khác
dẫn đến các giá trị bằng XNUMX trong những trường hợp này.

Sử dụng RNAhybrid trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net