run_gubbins - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

run_gubbins - phân tích phát sinh loài của trình tự bộ gen

SYNOPSIS

run_gubbins [-h] [--outgroup OUTGROUP] [--starting_tree STARTING_TREE] [--use_time_stamp]
[--verbose] [--no_cleanup] [--tree_builder TREE_BUILDER] [--iterations ITERATIONS]
[--min_snps MIN_SNPS] [--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE] [--prefix PREFIX] [--threads
THREADS] [--converge_method CONVERGE_METHOD] [--version] [--min_window_size
MIN_WINDOW_SIZE] [--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE]align_filename

MÔ TẢ

Gubbins hỗ trợ phân tích phát sinh loài nhanh chóng các mẫu lớn vi khuẩn tái tổ hợp
toàn bộ trình tự bộ gen.

Gubbins (Phả hệ không thiên vị bởi kết luận trong chuỗi Nucleotide) là một thuật toán
xác định lặp đi lặp lại các locus có chứa mật độ cao của các chất thay thế bazơ trong khi
đồng thời xây dựng hệ phát sinh loài dựa trên các đột biến điểm giả định bên ngoài
các vùng này. Mô phỏng chứng minh thuật toán tạo ra độ chính xác cao
tái tạo theo các mô hình thực tế về sự tiến hóa của vi khuẩn trong thời gian ngắn và có thể chạy được
chỉ trong vài giờ trên sự sắp xếp của hàng trăm trình tự bộ gen vi khuẩn.

LỰA CHỌN

vị trí tranh luận:
tên_tệp căn chỉnh
Tệp căn chỉnh Multifasta

không bắt buộc tranh luận:
-h, --Cứu giúp
hiển thị thông báo trợ giúp này và thoát

--nhóm ngoài NGOÀI RA, -o NGOÀI RA
Tên nhóm ngoài để khởi động lại. Danh sách các tên được phân tách bằng dấu phẩy có thể được sử dụng nếu chúng
tạo thành một nhánh

--starting_tree STARTING_TREE, -s STARTING_TREE
Cây khởi đầu

--use_time_stamp, -u
Sử dụng dấu thời gian trong tên tệp

--dài dòng, -v
Bật gỡ lỗi

--no_cleanup, -n
Không dọn dẹp các tệp trung gian

--tree_builder TREE_BUILDER, -t TREE_BUILDER
Ứng dụng sử dụng để xây dựng cây [raxml | fasttree | hybrid], RAxML mặc định

--câu hỏi MỤC LỤC, -i MỤC LỤC
Số lần lặp tối đa, mặc định là 5

--min_snps MIN_SNPS, -m MIN_SNPS
SNP tối thiểu để xác định một khối kết hợp lại, mặc định là 3

--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE, -f FILTER_PERCENTAGE
Lọc ra các đơn vị phân loại có nhiều hơn tỷ lệ khoảng cách này, mặc định là 25

--tiếp đầu ngữ TIẾP ĐẦU NGỮ, -p TIẾP ĐẦU NGỮ
Thêm tiền tố vào tên tệp đầu ra cuối cùng

--chủ đề chủ đề, -c CẢM ƠN
Số luồng để chạy với RAXML, nhưng chỉ khi có phiên bản PTHREADS

--converge_method CONVERGE_METHOD, -z CONVERGE_METHOD
Tiêu chí sử dụng để biết khi nào nên dừng lặp lại [cân
ted_robinson_foulds | robinson_foulds | tái tổ hợp]

--phiên bản
hiển thị số phiên bản của chương trình và thoát

--min_window_size MIN_WINDOW_SIZE, -a MIN_WINDOW_SIZE
Kích thước cửa sổ tối thiểu, mặc định là 100

--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE, -b MAX_WINDOW_SIZE
Kích thước cửa sổ tối đa, mặc định 10000

Sử dụng run_gubbins trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net