Đây là lệnh samtoh5 có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
samtoh5 - chuyển đổi tệp SAM sang định dạng cmp.h5
SYNOPSIS
samtoh5 trong.sam tham khảo.fasta ra.cmp.h5 [lựa chọn]
LỰA CHỌN
trong.sam Nhập tệp SAM.
tham khảo.fasta
Tham chiếu được sử dụng để tạo các lần đọc.
ra.cmp.h5
Xuất ra tệp cmp.h5.
-smrtTiêu đề
Sử dụng tùy chọn này khi chuyển đổi các căn chỉnh được tạo từ các lần đọc do
xin vui lòng2fasta(1) từ tệp bas.h5 bằng cách phân tích cú pháp tọa độ đọc từ đọc SMRT
chức vụ. Tiêu đề ở định dạng / tên / lỗ / tọa độ, tọa độ ở đâu
định dạng \ d + _ \ d + và đại diện cho khoảng thời gian đọc được căn chỉnh.
-readType giá trị
Đặt kiểu đọc: 'tiêu chuẩn', 'nhấp nháy', 'CCS' hoặc 'cDNA'
-bản thân giá trị
Đặt độ dài mong muốn.
-useShortRefName
Sử dụng tên tham chiếu viết tắt có được từ tập tin.sam thay vì sử dụng tên đầy đủ
từ tham khảo.fasta.
-copyQV
Sao chép tất cả QV có sẵn trong tệp SAM vào tệp cmp.h5. Điều này bao gồm những thứ
như InsertionQV và DeletionTag.
GHI CHÚ
Vì SAM có các thẻ tùy chọn có ý nghĩa khác nhau trong các chương trình khác nhau, hãy cẩn thận
yêu cầu sử dụng để có đầu ra phù hợp. Thẻ "xs" trong bwa-sw được sử dụng để hiển thị
điểm dưới mức tối ưu, nhưng trong PacBio SAM (nói xấu(1)) nó được định nghĩa là phần bắt đầu trong truy vấn
trình tự của sự liên kết. Khi nào -smrtTiêu đề được chỉ định, thẻ xs bị bỏ qua, nhưng khi
nó không được chỉ định, tọa độ được cung cấp bởi các thẻ xs và xe được sử dụng để xác định
khoảng thời gian của một lần đọc được căn chỉnh. Chuỗi CIGAR có liên quan đến khoảng này.
Sử dụng samtoh5 trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
