Đây là scopparsee lệnh có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
scopparse - Tạo tệp DCF từ các tệp SCOP thô.
SYNOPSIS
phạm vi -classfile trong tập tin -desinfile trong tập tin -phân bản boolean -nomultichain boolean
[- danh nghĩa boolean] -dcfile ô uế
phạm vi -Cứu giúp
MÔ TẢ
phạm vi là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Utils: Tạo cơ sở dữ liệu".
LỰA CHỌN
Đầu vào phần
-classfile trong tập tin
Tùy chọn này chỉ định tên của tệp phân loại SCOP thô dir.cla.scop.txt_X.XX
(đầu vào). Đây là tệp phân loại SCOP thô có sẵn tại
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.cla.scop.txt_1.57.
-desinfile trong tập tin
Tùy chọn này chỉ định tên của tệp mô tả SCOP thô dir.des.scop.txt_X.XX
(đầu vào). Đây là tệp mô tả SCOP thô có sẵn tại
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.des.scop.txt_1.57.
Yêu cầu phần
-phân bản boolean
Tùy chọn này chỉ định có bỏ qua các miền bao gồm nhiều hơn một phân đoạn hay không.
Điều này là cần thiết nếu yêu cầu trình tự cặn liên tục. Giá trị mặc định: N
-nomultichain boolean
Tùy chọn này chỉ định xem có nên bỏ qua các miền bao gồm các phân đoạn từ nhiều hơn một
chuỗi. Điều này là cần thiết nếu yêu cầu trình tự cặn liên tục. Giá trị mặc định:
N
thêm vào phần
- danh nghĩa boolean
Tùy chọn này chỉ định xem có nên bỏ qua các miền khỏi các lớp phụ hay không (được định nghĩa là bất kỳ thứ gì
không nằm trong lớp 'Tất cả các protein alpha', 'Tất cả các protein beta', 'Các protein alpha và beta
(a / b) 'hoặc' Các protein alpha và beta (a + b) '). Điều này là cần thiết hoặc thích hợp cho nhiều
phân tích. Giá trị mặc định: N
Đầu ra phần
-dcfile ô uế
Tùy chọn này chỉ định tên của tệp SCOP DCF (tệp phân loại miền) (đầu ra).
'Tệp phân loại miền' chứa phân loại và dữ liệu khác cho các miền từ
cơ sở dữ liệu SCOP hoặc CATH. Tệp được tạo bằng DOMAINER và ở DCF
định dạng (giống EMBL). Thông tin trình tự miền có thể được thêm vào tệp bằng cách sử dụng
DOMAINSEQS. Giá trị mặc định: test.scop
Sử dụng scopparsee trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
