Đây là lệnh seqtk có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
seqtk - lấy mẫu, cắt xén, fastq2fasta, dãy con, phần bù ngược
SYNOPSIS
seqtk
MÔ TẢ
Hiện tại, seqtk hỗ trợ cắt tỉa dựa trên chất lượng với thuật toán phred, chuyển đổi
fastq đến fasta, đảo ngược trình tự bổ sung, trích xuất hoặc che dấu các chuỗi con trong
các khu vực được cung cấp trong tệp BED / danh sách tên, và hơn thế nữa. Nó chứa một mô-đun lấy mẫu con để
lấy mẫu chính xác n dãy hoặc một phần nhỏ của dãy.
Seqtk hỗ trợ cả tệp đầu vào fasta và fastq, có thể tùy chọn nén gzip.
HÀNG
Lệnh: seq biến đổi chung của FASTA / Q
comp nhận thành phần nucleotit của FASTA / Q
mẫu chuỗi mẫu phụ
subq trích xuất các chuỗi con từ FASTA / Q
cắtfq cắt FASTQ bằng thuật toán Phred
nặng nề vùng dị hợp tử
biến dị điểm đột biến FASTA tại các vị trí được chỉ định
sáp nhập
hợp nhất hai tệp FASTA / Q
cơ sở dữ liệu
chọn một cơ sở ngẫu nhiên từ hets
cắtN trình tự cắt ở N dài
liệt kê
trích xuất vị trí của từng het
Sử dụng seqtk trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net