Đây là lệnh seqwordse có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
seqwords - Tạo tệp DHF từ tìm kiếm từ khóa của UniProt.
SYNOPSIS
từ nối tiếp -tài liệu quan trọng trong tập tin -spfile trong tập tin -outfile ô uế
từ nối tiếp -Cứu giúp
MÔ TẢ
từ nối tiếp là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Protein: 3D Structure".
LỰA CHỌN
Đầu vào phần
-tài liệu quan trọng trong tập tin
Tùy chọn này chỉ định tên của tệp từ khóa (đầu vào). Nó chứa một danh sách
từ khóa cụ thể cho một số họ SCOP hoặc CATH và siêu họ được sử dụng bởi
SEQWORDS để tìm kiếm cơ sở dữ liệu trình tự.
-spfile trong tập tin
Tùy chọn này chỉ định tên của cơ sở dữ liệu trình tự (đầu vào) để tìm kiếm.
Đầu ra phần
-outfile ô uế
Tùy chọn này chỉ định tên của tệp DHF (tệp truy cập tên miền) (đầu ra). Một 'tên miền
tệp hits 'chứa các lần truy cập cơ sở dữ liệu (chuỗi) với thông tin phân loại tên miền,
ở định dạng DHF (giống FASTA). Các lượt truy cập có liên quan đến họ SCOP hoặc CATH (hoặc
nút khác trong hệ thống phân cấp cấu trúc) và được tìm thấy từ việc tìm kiếm một chuỗi
cơ sở dữ liệu. Các tệp chứa lần truy cập được PSIBLAST truy xuất được tạo bằng cách sử dụng
SEQSEARCH, các lần truy cập được truy xuất bằng tín hiệu protein thưa thớt bằng cách sử dụng SIGSCAN hoặc nhiều cách khác nhau
các loại HMM và hồ sơ bằng cách sử dụng LIBSCAN. Giá trị mặc định: test.hits
Sử dụng seqwordse trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net