xáo trộn - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

xáo trộn - ngẫu nhiên hóa các chuỗi trong một tệp trình tự

SYNOPSIS

Shuffle [tùy chọn] tập tin tiếp theo

MÔ TẢ

Shuffle đọc một tệp trình tự tập tin tiếp theo, ngẫu nhiên hóa từng chuỗi và in ra
trình tự ở định dạng FASTA trên đầu ra tiêu chuẩn. Các tên trình tự không thay đổi; cái này
cho phép bạn theo dõi nguồn của từng chuỗi ngẫu nhiên nếu cần thiết.

Mặc định là chỉ cần xáo trộn từng trình tự đầu vào, bảo toàn thành phần ký hiệu đơn
chính xác. Để xáo trộn từng trình tự trong khi vẫn giữ nguyên cả biểu tượng đơn và không biểu tượng của nó
thành phần chính xác, sử dụng -d tùy chọn.

Sản phẩm -0 và -1 các tùy chọn cho phép bạn tạo các chuỗi có cùng thuộc tính Markov như
mỗi trình tự đầu vào. Với -0, đối với mỗi trình tự đầu vào, thống kê Markov thứ 0 là
được thu thập (ví dụ: thành phần ký hiệu) và một chuỗi mới được tạo với
thành phần. Với -1, trình tự được tạo có cùng thuộc tính Markov bậc 1 như
trình tự đầu vào (ví dụ các tần số không biểu tượng giống nhau).

Lưu ý rằng mặc định và -0, or -d và -1, tương tự nhau; các thuật toán xáo trộn bảo tồn
thành phần chính xác, trong khi thuật toán Markov chỉ mong đợi tạo ra một chuỗi
thành phần tương tự ở mức trung bình.

Các thuật toán xáo trộn khác cũng có sẵn, như được trình bày bên dưới trong các tùy chọn.

LỰA CHỌN

-0 Tính tần số Markov bậc 0 của mỗi chuỗi đầu vào (ví dụ: dư
thành phần); tạo chuỗi đầu ra bằng cách sử dụng các tần số Markov bậc 0 giống nhau.

-1 Tính tần số Markov bậc 1 cho mỗi chuỗi đầu vào (ví dụ: diresidue
thành phần); tạo chuỗi đầu ra bằng cách sử dụng cùng các tần số Markov bậc 1.
Phần dư đầu tiên của trình tự đầu ra luôn giống với phần dư đầu tiên của
trình tự đầu vào.

-d Xáo trộn chuỗi đầu vào trong khi vẫn giữ nguyên cả biểu tượng đơn và không biểu tượng
thành phần chính xác. Sử dụng thuật toán do SF Altschul và BW xuất bản
Erickson, Mol. Biol. Evol. 2: 526-538, năm 1985.

-h In sự trợ giúp ngắn gọn; bao gồm số phiên bản và tóm tắt của tất cả các tùy chọn, bao gồm
các tùy chọn của chuyên gia.

-l Chỉ nhìn vào độ dài của mỗi chuỗi đầu vào; tạo ra một protein đầu ra iid
trình tự có độ dài đó, sử dụng tần số đơn sắc đặc trưng của protein (lấy
từ Swissprot 35).

-n Hãy các ngẫu nhiên khác nhau của từng chuỗi đầu vào trong tập tin tiếp theo, chứ không phải là
mặc định của một.

-r Tạo trình tự đầu ra bằng cách đảo ngược trình tự đầu vào. (Do đó chỉ có một
"ngẫu nhiên hóa" cho mỗi chuỗi đầu vào là có thể, vì vậy nó không đáng sử dụng -n nếu bạn
sử dụng đảo ngược.)

-t Cắt ngắn mỗi trình tự đầu vào thành một độ dài cố định chính xác các chất cặn bã. Nếu
trình tự đầu vào ngắn hơn nó bị loại bỏ (do đó tệp đầu ra có thể
chứa ít trình tự hơn tệp đầu vào). Nếu chuỗi đầu vào dài hơn
một dãy con liền kề được chọn ngẫu nhiên.

-w Trộn từng trình tự đầu vào theo khu vực trong các kích thước cửa sổ của , bảo tồn địa phương
thành phần cặn trong mỗi cửa sổ. Có lẽ là một thuật toán xáo trộn tốt hơn cho
các chất sinh học có thành phần cặn không cố định (ví dụ như thành phần
thay đổi theo trình tự, chẳng hạn như giữa các isochores khác nhau trong bộ gen người
sự nối tiếp).

-B (Béc-giê). Tự động phát hiện và đọc định dạng tệp trình tự khác với định dạng mặc định
(FASTA). Hầu hết mọi định dạng tệp trình tự chung đều được công nhận (bao gồm Ngân hàng gen,
Các định dạng trình tự không dấu EMBL, SWISS-PROT, PIR và GCG và Stockholm, GCG MSF,
và các định dạng căn chỉnh Clustal). Xem tài liệu in để có danh sách đầy đủ
định dạng được hỗ trợ.

EXPERT LỰA CHỌN

--thông tin
Chỉ định rằng tệp trình tự có định dạng , thay vì FASTA mặc định
định dạng. Các ví dụ phổ biến bao gồm Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
hoặc PHYLIP; xem tài liệu in để biết danh sách đầy đủ các định dạng được chấp nhận
những cái tên. Tùy chọn này ghi đè định dạng dự kiến ​​mặc định (FASTA) và -B
Tùy chọn tự động phát hiện Babelfish.

--nodesc
Không xuất bất kỳ mô tả trình tự nào trong tệp đầu ra, chỉ có tên trình tự.

--hạt giống
Đặt hạt giống số ngẫu nhiên thành . Nếu bạn muốn kết quả có thể lặp lại, hãy sử dụng
mỗi lần gieo hạt. Theo mặc định, Shuffle mỗi lần sử dụng một loại hạt khác nhau, vì vậy không
tạo ra cùng một đầu ra trong các lần chạy tiếp theo với cùng một đầu vào.

Sử dụng shuffle trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net