sirnae - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

sirna - Tìm song công siRNA trong mRNA

SYNOPSIS

tiếng còi -sự nối tiếp tiếp theo [-poliiii boolean] [-aa boolean] [-tt boolean] [-polybase boolean]
-outfile báo cáo -outseq phần tiếp theo [-định nghĩa bài văn boolean]

tiếng còi -Cứu giúp

MÔ TẢ

tiếng còi là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Phần mềm Mở Sinh học Phân tử Châu Âu
Thượng hạng"). Nó là một phần của lệnh "Nucleic: Các vị trí chức năng, Nucleic: Cấu trúc 2D"
các nhóm).

LỰA CHỌN

Đầu vào phần
-sự nối tiếp tiếp theo

Trình tự đầu vào lựa chọn
-poliiii boolean
Tùy chọn này cho phép bạn chỉ chọn 21 đầu dò cơ bản bắt đầu bằng purine và
vì vậy có thể được biểu diễn từ các vectơ biểu thức Pol III. Đây là NARN(17) Mẫu YNN
đã được đề xuất bởi Tuschl et al. Giá trị mặc định: N

-aa boolean
Tùy chọn này cho phép bạn chỉ chọn 23 vùng cơ sở bắt đầu bằng AA. Nếu như
tùy chọn này không được chọn thì các vùng bắt đầu bằng AA sẽ được ưu tiên bằng cách cho
chúng có điểm số cao hơn, nhưng các vùng không bắt đầu bằng AA cũng sẽ được báo cáo.
Giá trị mặc định: N

-tt boolean
Tùy chọn này cho phép bạn chỉ chọn 23 vùng cơ sở kết thúc bằng TT. Nếu điều này
tùy chọn không được chọn thì các vùng kết thúc bằng TT sẽ được ưu tiên bằng cách cung cấp cho chúng
điểm cao hơn, nhưng các khu vực không kết thúc bằng TT cũng sẽ được báo cáo. Vỡ nợ
giá trị: N

-polybase boolean
Nếu tùy chọn này là FALSE thì chỉ 23 vùng cơ sở không có 4 lặp lại hoặc
nhiều căn cứ trong một hàng sẽ được báo cáo. Sẽ không có khu vực nào được báo cáo rằng
có 4 chữ G trở lên liên tiếp. Giá trị mặc định: Y

Đầu ra phần
-outfile báo cáo
Đầu ra là một bảng gồm các phần thuận và nghịch của bộ song công siRNA 21 cơ sở.
Cả hai chuỗi thuận và nghịch đều được viết từ 5 'đến 3', sẵn sàng để đặt hàng. Các
hai cơ sở cuối cùng đã được thay thế bằng 'dTdT'. Vị trí bắt đầu của căn cứ 23
vùng và nội dung% GC cũng được cung cấp. Nếu bạn muốn xem toàn bộ 23 cơ sở
trình tự, sau đó xem trình tự trong tệp đầu ra khác hoặc sử dụng
vòng loại '-context' sẽ hiển thị 23 cơ sở của chuỗi chuyển tiếp trong này
báo cáo với hai căn cứ đầu tiên trong ngoặc. Hai cơ sở đầu tiên này không tạo thành một phần của
đầu dò siRNA được đặt hàng.

-outseq phần tiếp theo
Đây là tệp gồm các trình tự của 23 vùng cơ sở mà các siRNA được chọn
từ. Bạn có thể sử dụng nó để thực hiện tìm kiếm cơ sở dữ liệu mRNA (ví dụ: REFSEQ) để xác nhận rằng
các đầu dò là duy nhất đối với gen mà bạn muốn sử dụng.

-định nghĩa bài văn boolean
Tệp báo cáo đầu ra cung cấp trình tự của 21 vùng siRNA cơ sở sẵn sàng
đã đặt hàng. Điều này không cung cấp cho bạn dấu hiệu của 2 cơ sở trước 21 cơ sở. Nó
thường rất thú vị khi xem vùng nào trong số các vùng thăm dò có thể được đề xuất có 'AA'
trước chúng (tức là sẽ hữu ích khi xem vùng nào trong số 23 vùng cơ sở bắt đầu bằng
'AA'). Tùy chọn này hiển thị toàn bộ 23 căn cứ của khu vực với hai căn cứ đầu tiên
trong ngoặc, ví dụ: '(AA)' để cung cấp cho bạn một số ngữ cảnh cho vùng thăm dò. BẠN KHÔNG NÊN
BAO GỒM HAI CƠ SỞ TRONG QUẦN ÁO KHI BẠN ĐẶT HÀNG CHO CÁC ƯU ĐÃI. Vỡ nợ
giá trị: N

Sử dụng sirnae trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net