snp_store - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

snp_store - SnpStore

SYNOPSIS

snp_store [OPTIONS] "TỆP THỂ LOẠI" "TỆP ĐỌC CÓ BẢN ĐỒ (S)"

MÔ TẢ

SNP và gọi Indel trong dữ liệu đã đọc được ánh xạ.

-h, --Cứu giúp

Hiển thị thông báo trợ giúp này.

--phiên bản

Thông tin phiên bản màn hình hiển thị

Các tùy chọn::

-o, - đầu ra FILE

Tệp đầu ra cho SNP (phải được đặt, không có cấu trúc mặc định).

-nếu như, --định dạng đầu vào NUM

Đặt định dạng đầu vào: 0 cho định dạng GFF và 1 cho định dạng SAM (cả hai đều phải được sắp xếp
theo các vị trí của bộ gen). Mặc định: 0.

-của, --định dạng đầu ra NUM

Đặt định dạng đầu ra: 0 để xuất tất cả ứng viên snps amd 1 để xuất thành công
ứng cử viên chỉ snps. Mặc định: 0.

-dc, --đừng-clip

Bỏ qua thẻ clip trong gff. Mặc định: tắt.

-mu, --đa

Giữ lại phân mảnh không phải là duy nhất. Mặc định: tắt.

-hq, --hide-phẩm chất

Chỉ hiển thị vùng phủ sóng (không có chất lượng) trong tệp đầu ra SNP. Mặc định: tắt.

-sqo, --solexa-đủ-bù đắp

Chất lượng cơ bản được mã hóa dưới dạng giá trị Ascii - 64 (thay vì Ascii - 33).

-Tôi, --indel-tệp FILE

Tệp đầu ra cho các indels được gọi ở định dạng gff. Mặc định: tắt.

-m, --phương pháp NUM

Đặt phương thức được sử dụng để gọi SNP: 0 cho phương thức ngưỡng và 1 cho phương thức maq.
Mặc định: 1.

-mp, - cọc tối đa NUM

Số lượng trùng khớp tối đa được phép cộng dồn ở cùng một vị trí bộ gen.

-mmp, --merged-max-cọc

Thực hiện hiệu chỉnh chồng chất trên các làn đường đã hợp nhất. Mặc định: tắt.

-mc, --phạm vi tối thiểu NUM

Số lần đọc yêu cầu tối thiểu bao gồm một vị trí ứng cử viên.

-fc, - thực hiện cuộc gọi NUM

Luôn gọi cơ sở nếu số đếm là> = fc, bỏ qua các tham số khác. Mặc định: tắt. Trong
phạm vi [1..inf].

-oa, - nhận biết định hướng

Phân biệt giữa đọc thuận và đọc ngược. Mặc định: tắt.

-mpr, - max-polyme-run NUM

Loại bỏ các indels trong homopolymer chạy lâu hơn mpr.

-dp, --diff-pos NUM

Số lượng tối thiểu các vị trí đọc khác nhau hỗ trợ đột biến.

-eb, --exclude-biên giới NUM

Loại trừ các vị trí đọc trong các cặp đường viền đọc cơ sở eb cho phép gọi SNV.

-su, - tối ưu

Giữ những lần đọc dưới mức tối ưu.

-re, --Điêu chỉnh chỉnh sửa

Realign đọc xung quanh các ứng cử viên indel.

-pws, - kích thước cửa sổ thô NUM

Kích thước cửa sổ bộ gen để phân tích cú pháp đọc (liên quan đến tiêu thụ bộ nhớ, hãy chọn nhỏ hơn
cửa sổ để có độ phủ cao hơn). Trong phạm vi [1..100000].

Tùy chọn gọi SNP::

Phương pháp ngưỡng liên quan::

-ừm, đột biến --min NUM

Số đột biến quan sát được tối thiểu để gọi là đột biến.

-pt, --perc-ngưỡng NUM

Tỷ lệ cơ sở đột biến tối thiểu được gọi là đột biến.

-mq, - chất lượng tối thiểu NUM

Chất lượng trung bình tối thiểu của cơ sở đột biến để đột biến được gọi là.

Phương pháp maq liên quan::

-thứ tự, --theta NUM

Hệ số phụ thuộc.

-giờ, - tỷ lệ thấp NUM

Tỷ lệ dị hợp tử.

-mmq, --min-map-chất lượng NUM

Chất lượng cuộc gọi cơ sở (ánh xạ) tối thiểu cho một trận đấu được xem xét.

-ch, --cửa chữa-het

Sử dụng phân phối sai lệch khuếch đại hiệu chỉnh cho dị hợp tử. Mặc định: tắt.

-maf, --mean-alleleFreq NUM

Tần số alen ref trung bình ở thể dị hợp tử.

-AC, - chu kỳ tem NUM

Số chu kỳ khuếch đại.

-ae, - hiệu suất cao NUM

Hiệu suất polymerase, xác suất khuếch đại.

-trong, --ban đầu-N NUM

Kích thước quần thể alen ban đầu.

-mec, --min-giải-thích-cột NUM

Phần nhỏ nhất của cột liên kết đọc được giải thích bằng cách gọi kiểu gen.

Tùy chọn gọi điện Indel::

-nó, - ngưỡng hướng dẫn NUM

Cần có số lần đọc hỗ trợ indel tối thiểu để gọi điện indel.

-ipt, --indel-perc-ngưỡng NUM

Tỷ lệ tối thiểu của các lần đọc hỗ trợ / bao phủ indel để gọi indel.

-iqt, --indel-chất lượng-thresh NUM

Chất lượng trung bình tối thiểu của các cơ sở được chèn / xóa-các cơ sở lân cận để indel được
gọi là.

-bsi, --both-sợi-indel

Cả hai sợi cần được quan sát để gọi indel. Mặc định: tắt.

-ebi, --exclude-biên giới-indel NUM

Tương tự như tùy chọn -eb nhưng đối với các ứng cử viên indel.

Sự lựa chọn khác: :

-lf, --log-tệp FILE

Ghi tệp nhật ký vào FILE.

-v, --dài dòng

Bật đầu ra dài dòng.

-vv, - rất tiết

Bật đầu ra rất dài dòng.

-q, --Yên lặng

Đặt độ dài ở mức tối thiểu.

PHIÊN BẢN

Phiên bản snp_store: 1.0.1 Cập nhật lần cuối ngày 14 tháng 2013 năm XNUMX

Sử dụng snp_store trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net