Đây là lệnh subread-align có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
subread-align - một bộ ký hiệu chính xác và hiệu quả để lập bản đồ cả hai lần đọc DNA-seq bộ gen
và đọc RNA-seq (cho mục đích phân tích biểu hiện)
SỬ DỤNG
đọc phụ [tùy chọn] -i -r -o -t
Các đối số bắt buộc:
-i
Tên cơ sở của chỉ mục.
-r
Tên của tệp đầu vào. Các định dạng đầu vào bao gồm fastq được nén, fastq và fasta có thể
được tự động phát hiện. Nếu kết thúc được ghép nối, điều này sẽ cung cấp tên của tệp
kể cả những lần đọc đầu tiên.
-t
Loại dữ liệu giải trình tự đầu vào. Các giá trị của nó bao gồm 0: Dữ liệu RNA-seq 1: hệ gen
Dữ liệu DNA-seq.
Các đối số tùy chọn:
-o
Tên của tệp đầu ra. Theo mặc định, đầu ra ở định dạng BAM.
-n
Số lượng các luồng con đã chọn, 10 theo mặc định.
-m
Ngưỡng đồng thuận để báo cáo một lần truy cập (số lượng tối thiểu các luồng phụ ánh xạ trong
đoàn kết) . Nếu kết thúc được ghép nối, điều này cung cấp ngưỡng đồng thuận cho việc đọc neo.
3 theo mặc định
-M
Chỉ định số lượng cơ sở khớp sai tối đa được phép trong việc căn chỉnh. 3 bởi
vỡ nợ. Các kết quả trùng khớp được tìm thấy trong các đế mềm không được tính.
-T
Số luồng CPU được sử dụng, 1 theo mặc định.
-I
Độ dài tối đa (tính bằng bp) của các indels có thể được phát hiện. 5 theo mặc định. Chương trình
có thể phát hiện các indels dài tới 200bp.
-B
Số lượng tối đa các vị trí lập bản đồ tốt nhất như nhau sẽ được báo cáo. 1 theo mặc định. Ghi chú
việc này -u tùy chọn được ưu tiên hơn -B.
-P <3: 6>
Định dạng điểm Phred trong tệp đầu vào, '3' cho phred + 33 và '6' cho phred + 64. '3'
theo mặc định.
-u Báo cáo chỉ đọc được ánh xạ duy nhất. Số lượng bazơ phù hợp (đối với RNA-seq) hoặc
các bazơ không khớp (đối với DNA-seq của bộ gen) được sử dụng để phá vỡ mối ràng buộc.
-b Chuyển đổi cơ sở đọc không gian màu thành cơ sở đọc không gian cơ sở trong đầu ra ánh xạ. Ghi chú
ánh xạ đọc được thực hiện tại không gian màu.
--sv Phát hiện các biến thể cấu trúc (ví dụ: indel dài, đảo ngược, trùng lặp và
chuyển vị trí) và báo cáo các điểm ngắt. Tham khảo Hướng dẫn sử dụng cho điểm ngắt
Báo cáo.
--SAMinput
Đọc đầu vào ở định dạng SAM.
--BAMinput
Đọc đầu vào ở định dạng BAM.
--SAMđầu ra
Lưu kết quả ánh xạ ở định dạng SAM.
--trim5
Cắt bỏ số lượng bazơ từ 5 'cuối mỗi lần đọc. 0 theo mặc định.
--trim3
Cắt bỏ số lượng bazơ từ 3 'cuối mỗi lần đọc. 0 theo mặc định.
--rg-id
Thêm ID nhóm đã đọc vào đầu ra.
--R G
Thêm vào đến tiêu đề nhóm đọc (RG) trong đầu ra.
--DPGapMở Hình phạt cho việc mở lỗ hổng trong phát hiện indel ngắn. -1 by
mặc định.
--DPGapExt
Hình phạt cho việc mở rộng khoảng cách trong phát hiện indel ngắn. 0 theo mặc định.
--DPKhông khớp Hình phạt cho lỗi không khớp khi phát hiện indel ngắn. 0 bởi
mặc định.
--DPMatch
Điểm cho các cơ sở phù hợp trong phát hiện indel ngắn. 2 theo mặc định.
--complexIndels
Phát hiện nhiều indels ngắn xuất hiện đồng thời trong một vùng gen nhỏ
(các indels này có thể cách nhau gần 1bp).
-v Phiên bản đầu ra của chương trình.
Các đối số tùy chọn cho các lần đọc kết thúc được ghép nối:
-R
Tên của tệp bao gồm các lần đọc thứ hai.
-p
Ngưỡng đồng thuận cho việc đọc không neo (nhận được ít phiếu bầu hơn so với neo
đọc từ cùng một cặp). 1 theo mặc định.
-d
Độ dài đoạn / chèn tối thiểu, 50bp theo mặc định.
-D
Độ dài đoạn / chèn tối đa, 600bp theo mặc định.
-S
Định hướng của lần đọc đầu tiên và thứ hai, 'fr' theo mặc định (chuyển tiếp / đảo ngược).
Tham khảo Hướng dẫn sử dụng để có mô tả chi tiết về các đối số.
Sử dụng subread-align trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
