Đây là uchime lệnh có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
uchime - đọc tệp fasta và tệp tham chiếu và xuất ra các chuỗi ký tự số có khả năng
MÔ TẢ
Lệnh chimera.uchime đọc tệp fasta và tệp tham chiếu và đầu ra có khả năng
trình tự số. Chương trình uchime ban đầu được viết bởi Robert C. Edgar.
SYNOPSIS
uchime --đầu vào query.fasta [--db db.fasta] [--uchimeout results.uchime]
[--uchimealns results.alns]
LỰA CHỌN
--đầu vào tên tập tin
Chuỗi truy vấn ở định dạng FASTA. Nếu --db tùy chọn không được cụ thể hóa, uchime sử dụng
phát hiện de novo. Trong chế độ de novo, mức độ phong phú tương đối phải được cung cấp bởi một chuỗi
/ ab = xxx / ở đâu đó trong nhãn, trong đó xxx là số dấu phẩy động, ví dụ:
> F00QGH67HG / ab = 1.2 /.
--db tên tập tin
Cơ sở dữ liệu tham chiếu ở định dạng FASTA. Tùy chọn, nếu không được chỉ định uchime sử dụng de novo
chế độ.
*** CẢNH BÁO *** Cơ sở dữ liệu CHỈ được tìm kiếm trên chuỗi dấu cộng. Bạn PHẢI bao gồm
các chuỗi bổ sung ngược trong cơ sở dữ liệu nếu bạn muốn cả hai chuỗi đều
đã tìm kiếm.
--abskew x
Độ lệch dồi dào tối thiểu. Mặc định 1.9. Chỉ chế độ de novo. Độ nghiêng dồi dào là:
tối thiểu [phong phú (phụ huynh1), phong phú (phụ huynh2)] / phong phú (truy vấn).
--uchimeout tên tập tin
Đầu ra ở định dạng theo thẻ với một bản ghi cho mỗi chuỗi truy vấn. Trường đầu tiên là điểm số
(h), trường thứ hai là nhãn truy vấn. Để biết chi tiết, hãy xem hướng dẫn sử dụng.
--uchi bột tên tập tin
Nhiều căn chỉnh của chuỗi truy vấn cho cha mẹ ở định dạng con người có thể đọc được.
Căn chỉnh hiển thị các cột có sự khác biệt hỗ trợ hoặc mâu thuẫn với một số
mô hình.
--minh h
Điểm tối thiểu để báo cáo chimera. Mặc định 0.3. Giá trị từ 0.1 đến 5 có thể là
hợp lý. Giá trị thấp hơn làm tăng độ nhạy nhưng có thể báo cáo nhiều dương tính giả hơn.
Nếu bạn giảm --xn, bạn có thể cần phải tăng --minh, và ngược lại.
--mindiv div
Tỷ lệ phân kỳ tối thiểu, mặc định 0.5. Tỷ lệ phân chia là 100% -% nhận dạng giữa các truy vấn
trình tự và ứng cử viên gần nhất để làm cha mẹ. Nếu bạn không quan tâm đến
đóng chuông, sau đó bạn có thể tăng --mindiv ví dụ, 1.0 hoặc 2.0, và cả
giảm --phút h, nói đến 0.1, để tăng độ nhạy. Điều này sẽ hoạt động tốt như thế nào
phụ thuộc vào dữ liệu của bạn. Tốt nhất là điều chỉnh các thông số trên một điểm chuẩn tốt.
--xn beta
Trọng số của không có phiếu bầu, còn được gọi là tham số beta. Mặc định 8.0. Đang giảm cái này
trọng lượng khoảng 3 hoặc 4 có thể mang lại hiệu suất tốt hơn trên dữ liệu bị biến dạng.
--dn n
Kiểm đếm giả trước trên số phiếu không bầu. Mặc định 1.4. Có lẽ không có lý do chính đáng để
thay đổi điều này trừ khi bạn có thể điều chỉnh lại thành điểm chuẩn tốt cho dữ liệu của mình. Hợp lý
giá trị có thể nằm trong khoảng từ 0.2 đến 2.
--xa w
Trọng lượng của một phiếu trắng. Mặc định 1. Cho đến nay, kết quả dường như không được
nhạy cảm với thông số này, nhưng nếu bạn có một bộ đào tạo tốt có thể có giá trị
cố gắng. Giá trị hợp lý có thể nằm trong khoảng từ 0.1 đến 2.
--miếng, mảnh nhỏ n
Số phần để trích xuất từ chuỗi truy vấn khi tìm kiếm cha mẹ.
Mặc định 4.
- [không] ovchunks
[Không] sử dụng các phần chồng lên nhau. Mặc định không.
--minchunk n
Chiều dài tối thiểu của một đoạn. Mặc định 64.
--idsmoothwindow w
Độ dài của cửa sổ làm mịn id. Mặc định 32.
--minsmoothid f
Nhận dạng phe phái tối thiểu trên cửa sổ được làm mịn của cha mẹ ứng cử viên. Mặc định 0.95.
--maxp n
Số lượng phụ huynh ứng viên tối đa để xem xét. Mặc định 2. Trong các thử nghiệm cho đến nay,
tăng --maxp chỉ mang lại một sự cải thiện rất nhỏ về khả năng cảm nhận nhưng có xu hướng
tăng tỷ lệ lỗi lên khá nhiều.
- [không] bỏ qua - [không] viagaps2
Các tùy chọn này kiểm soát cách các cột có khoảng cách ảnh hưởng đến việc đếm khác biệt. Nếu như --skipgaps
được chỉ định, các cột chứa khoảng trống không được tìm thấy dưới dạng khác biệt. Nếu như --skipgaps2 is
được chỉ định, nếu cột liền kề với cột có khoảng trống, thì nó là
không được tính là một khác biệt. Mặc định là --skipgaps --skipgaps2.
--minlen L --maxlen L
Độ dài trình tự tối thiểu và tối đa. Mặc định 10, 10000. Áp dụng cho cả truy vấn và
trình tự tham chiếu.
--ucl
Sử dụng căn chỉnh cục bộ-X. Mặc định là global-X. Trong các thử nghiệm cho đến nay, global-X luôn
tốt hơn; tùy chọn này được giữ lại vì nó chỉ có thể hoạt động tốt trên một số loại trong tương lai
Dữ liệu.
--queryfract f
Phần nhỏ nhất của chuỗi truy vấn phải được bao phủ bởi liên kết cục bộ-X.
Mặc định 0.5. Chỉ áp dụng khi --ucl được quy định.
--Yên lặng
Không hiển thị thông báo tiến độ trên stderr.
--log tên tập tin
Ghi thông tin khác vào tệp nhật ký. Phần lớn quan tâm đến tôi (
nhà phát triển thuật toán). Sử dụng --dài dòng để có thêm thông tin.
--bản thân
Trong chế độ cơ sở dữ liệu tham chiếu, loại trừ một chuỗi tham chiếu nếu nó có cùng nhãn
như truy vấn. Điều này hữu ích cho việc đo điểm chuẩn bằng cách sử dụng db ref làm truy vấn
kiểm tra dương tính giả.
--abskew
giúp đỡ
--absort
giúp đỡ
--abx
giúp đỡ
- cầu thang
giúp đỡ
--alpha
giúp đỡ
--ban nhạc
giúp đỡ
--blast6out
giúp đỡ
- [không] blast_termgaps
giúp đỡ
--bùng nổ
giúp đỡ
--đâm sầm vào
giúp đỡ
- [không] cartoon_orfs
giúp đỡ
--cc
giúp đỡ
--chain_evalue
giúp đỡ
--chain_targetfract
giúp đỡ
--chainhits
giúp đỡ
--xích ra
giúp đỡ
--miếng, mảnh nhỏ
giúp đỡ
--clstr2uc
giúp đỡ
--cụm
giúp đỡ
--clump2fasta
giúp đỡ
--clumpfasta
giúp đỡ
--cụm
giúp đỡ
--cụm
giúp đỡ
--thông tin trình biên dịch
Viết thông tin về các loại trình biên dịch và #defines vào stdout.
--computekl
giúp đỡ
--db
giúp đỡ
--dbstep
giúp đỡ
- [không] denovo
giúp đỡ
--derep
giúp đỡ
- phụ phí
giúp đỡ
--dn
giúp đỡ
--doug
giúp đỡ
--droppct
giúp đỡ
- giá trị
giúp đỡ
--evalue_g
giúp đỡ
--chính xác
giúp đỡ
- [no] fastalign
giúp đỡ
- bữa sáng
giúp đỡ
--fastq2fasta
giúp đỡ
--findorfs
giúp đỡ
- [không] flushuc
giúp đỡ
--khung
giúp đỡ
--fpenalty
giúp đỡ
--gapext
giúp đỡ
--gapopen
giúp đỡ
--getseqs
giúp đỡ
--toàn cầu
giúp đỡ
--băm giúp đỡ
--kích thước băm
giúp đỡ
--Cứu giúp Hiển thị các tùy chọn dòng lệnh.
--thuê ngoài
giúp đỡ
--hspalpha
giúp đỡ
--Tôi
giúp đỡ
--idchar
giúp đỡ
--iddef
giúp đỡ
--idprefix
giúp đỡ
--id
giúp đỡ
--idsmoothwindow
giúp đỡ
--idsuffix
giúp đỡ
--indexstats
giúp đỡ
--đầu vào
giúp đỡ
- [không] isort
giúp đỡ
--k
giúp đỡ
--ka_dbsize
giúp đỡ
--ka_gapped_k
giúp đỡ
--ka_gapped_lambda
giúp đỡ
--ka_ungapped_k
giúp đỡ
--ka_ungapped_lambda
giúp đỡ
- [không] label_ab
giúp đỡ
- nhãn
giúp đỡ
- [không] trái
giúp đỡ
--lext
giúp đỡ
--địa phương
giúp đỡ
--log
Tên tệp nhật ký.
- [không] log_hothits
giúp đỡ
- [không] log_query
giúp đỡ
- [không] logmemgrows
giúp đỡ
--logopt
Tùy chọn nhật ký.
- [không] logwordstats
giúp đỡ
--mở
giúp đỡ
--makeindex
giúp đỡ
--trận đấu
giúp đỡ
--ma trận
giúp đỡ
--max2
giúp đỡ
--các khái niệm
giúp đỡ
- maxclump
giúp đỡ
--maxlen
giúp đỡ
--maxovd
giúp đỡ
--maxp
giúp đỡ
--maxpoly
giúp đỡ
--maxqgap
giúp đỡ
--đối tượng
giúp đỡ
--maxspan1
giúp đỡ
--maxspan2
giúp đỡ
--mục tiêu tối đa
giúp đỡ
--maxtgap
giúp đỡ
--mcc
giúp đỡ
--mergeclumps
giúp đỡ
--mergesort
giúp đỡ
--minchunk
giúp đỡ
--mincodon
giúp đỡ
--mindiff
giúp đỡ
--mindiv
giúp đỡ
--minh
giúp đỡ
--minhsp
giúp đỡ
--minlen
giúp đỡ
--minorfcov
giúp đỡ
--minspanratio1
giúp đỡ
--minspanratio2
giúp đỡ
- [không] trừ_ khung
giúp đỡ
- không khớp
giúp đỡ
--mkctest
giúp đỡ
- [không] nb
giúp đỡ
- tối ưu
giúp đỡ
- kiểu tóc
giúp đỡ
--otusort
giúp đỡ
- đầu ra
giúp đỡ
- [không] output_rejects
giúp đỡ
--probmx
giúp đỡ
--truy vấn
giúp đỡ
--queryfract
giúp đỡ
--querylen
giúp đỡ
--Yên lặng
Tắt thông báo tiến độ.
-- hạt giống
giúp đỡ
--Điêu chỉnh chỉnh sửa
giúp đỡ
- [không] vòng quay
giúp đỡ
- [không] đúng thôi
giúp đỡ
--rowlen
giúp đỡ
- giây
giúp đỡ
--hạt giống
giúp đỡ
--hạt giống
giúp đỡ
--seedt1
giúp đỡ
--seedt2
giúp đỡ
--bản thân giúp đỡ
- [không] ích kỷ
giúp đỡ
--simcl
giúp đỡ
- [không] bỏ qua
giúp đỡ
- [không] viagaps2
giúp đỡ
--loại
giúp đỡ
--sắp xếp
giúp đỡ
- chuyên gia phân tích học
giúp đỡ
--sparsedistparams
giúp đỡ
--tách ra
giúp đỡ
- [không] sắp xếp
giúp đỡ
--sspenalty
giúp đỡ
- [không] ổn định_sort
giúp đỡ
--căn chỉnh sao
giúp đỡ
--từ khóa
giúp đỡ
--sợi dây
giúp đỡ
--targetfract
giúp đỡ
--mục tiêulen
giúp đỡ
--tmpdir
giúp đỡ
--[không dấu vết
giúp đỡ
- kiểm tra
giúp đỡ
- [no] trunclabels
giúp đỡ
- [không] hai thứ
giúp đỡ
--uc
giúp đỡ
--uc2clstr
giúp đỡ
--uc2fasta
giúp đỡ
--uc2fastax
giúp đỡ
--uchime
giúp đỡ
--uchi bột
giúp đỡ
--uchimeout
giúp đỡ
- [không] ucl
giúp đỡ
--uhire
giúp đỡ
--chưa được ứng dụng
giúp đỡ
- trường người dùng
giúp đỡ
--người dùng
giúp đỡ
--usersort
giúp đỡ
--uslink
giúp đỡ
- [không] sử dụng
giúp đỡ
--utax
giúp đỡ
- [không] dài dòng
giúp đỡ
--phiên bản
Hiển thị phiên bản và thoát.
--w
giúp đỡ
--weak_evalue
giúp đỡ
--weak_id
giúp đỡ
- [no] wordcountreject
giúp đỡ
- [không] trọng lượng từ
giúp đỡ
--xa
giúp đỡ
--xdrop_g
giúp đỡ
--xdrop_nw
giúp đỡ
--xdrop_u
giúp đỡ
--xdrop_ug
giúp đỡ
--xframe
giúp đỡ
--xlat giúp đỡ
--xn
giúp đỡ
Sử dụng uchime trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
