Đây là varcall lệnh có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
varcall - ea-utils: xuất số liệu thống kê tổng hợp hoặc thực hiện gọi biến thể
SYNOPSIS
véc tơ <-s | -v> <-f REF> [lựa chọn] bam1 [bam2...]
MÔ TẢ
Phiên bản: 0.9.632 (BETA)
Xuất ra số liệu thống kê tóm tắt cho danh sách tệp hoặc thực hiện lệnh gọi biến thể
Tùy chọn (tùy chọn muộn hơn ghi đè trước đó):
-s Tính toán số liệu thống kê -v Tính toán các biến thể dựa trên cung cấp
tham số (xem -S) -f Tham chiếu fasta (bắt buộc nếu sử dụng bams, bỏ qua
nếu không thì) -m Độ sâu locii tối thiểu (0) -a Độ sâu alen tối thiểu (0) -p
Pct tối thiểu alen theo chất lượng (0) -q Chất lượng tối thiểu (3) -Q Chất lượng ánh xạ tối thiểu (0)
-b Số dư pct tối thiểu (sợi / tổng) (0) -D FLOAT Phần đọc trùng lặp tối đa
(độ sâu / độ dài mỗi vị trí) (1) -B Tắt hiệu chỉnh BAQ (sai) -R
Lọc indel lặp lại Homopolymer (8) -e Bộ lọc FLOAT Alpha để sử dụng, yêu cầu -l or -S
(.05) -g FLOAT Tỷ lệ lỗi tối thiểu toàn cầu (mặc định: giả sử phred là ok) -l INT
Số lượng locii trong tổng số đống được sử dụng cho bonferroni (1 triệu) -x CHR: POS Xuất ra vị trí này
thôi, sau đó bỏ -N FIL Số liệu thống kê tiếng ồn đầu ra thành FIL -S FIL Đọc trong thống kê và
các thông số từ lần chạy trước với -s (làm cái này!) -A KHÔNG PHẢI Tính toán thống kê trong mục tiêu bằng cách sử dụng
tệp chú thích (yêu cầu -o) -o Tiền tố đầu ra PREFIX (lưu ý: trùng lặp với -N)
Đầu vào tệp
Các tập tin phải là tập tin bam được sắp xếp với các tập tin chỉ mục bai có sẵn. Ngoài ra, một đĩa đơn
tệp đống có thể được cung cấp.
Tệp đầu ra
Varcalls đi đến stdout. Số liệu thống kê chuyển sang stdout hoặc stderr nếu varcalling quá
If an đầu ra tiếp đầu ngữ is đã sử dụng, các tập tin đang tạo ra as sau:
TIỀN TỆ.var
Các cuộc gọi biến thể ở định dạng 'varcall' được phân tách bằng tab
TIỀN TỆ.eav
Các lệnh gọi biến thể ở định dạng 'ea-var' được phân tách bằng tab
TIỀN TỆ.vcf
Các cuộc gọi biến thể, ở định dạng vcf
TIỀN TỆ.varsum
Tóm tắt các lệnh gọi biến thể
TIỀN TỆ.tgt
Chi tiết thống kê đúng mục tiêu
TIỀN TỆ.tgtsum
Tóm tắt số liệu thống kê về mục tiêu
PREFIX.noise
Chi tiết số liệu thống kê tiếng ồn
Đầu ra thống kê:
Chứa thông tin trung bình, trung bình, phần tư cho độ sâu, chất lượng cơ sở, đọc len, ánh xạ
chất lượng, mức indel. Cũng ước tính các thông số phù hợp cho các lệnh gọi biến thể và có thể
được chuyển trực tiếp đến chương trình này cho các cuộc gọi biến thể
Chi tiết lọc:
Sử dụng varcall trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
