Đây là lệnh wordfindere có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
wordfinder - Khớp các chuỗi lớn với một hoặc nhiều chuỗi khác
SYNOPSIS
máy đánh chữ -một chu kỳ bộ tiếp theo -tiếp theo tiếp theo [-tập tin dữ liệu ma trận] -gapopen phao
-gapextend phao [-chiều rộng số nguyên] [-wordlen số nguyên] [-giới hạn số nguyên]
[-giới hạn số nguyên] [-thấp số nguyên] [-thiết kế số nguyên] -outfile sắp xếp
[-tệp lỗi ô uế]
máy đánh chữ -Cứu giúp
MÔ TẢ
máy đánh chữ là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Alignment: Local".
LỰA CHỌN
Đầu vào phần
-một chu kỳ bộ tiếp theo
-tiếp theo tiếp theo
-tập tin dữ liệu ma trận
Đây là tệp ma trận tính điểm được sử dụng khi so sánh các chuỗi. Theo mặc định, nó là
tệp 'EBLOSUM62' (đối với protein) hoặc tệp 'EDNAFULL' (đối với trình tự nucleic). Này
các tệp được tìm thấy trong thư mục 'dữ liệu' của cài đặt EMBOSS.
Yêu cầu phần
-gapopen phao
Giá trị mặc định: @ ($ (acdprotein)? 30.0: 30.0)
-gapextend phao
Giá trị mặc định: @ ($ (acdprotein)? 1.5: 1.5)
thêm vào phần
-chiều rộng số nguyên
Giá trị mặc định: 16
-wordlen số nguyên
Giá trị mặc định: 6
-giới hạn số nguyên
-giới hạn số nguyên
-thấp số nguyên
-thiết kế số nguyên
Đầu ra phần
-outfile sắp xếp
-tệp lỗi ô uế
Tệp lỗi được ghi vào Giá trị mặc định: wordfinder.error
Sử dụng wordfindere trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
