xcrysden - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

xcrysden - hình ảnh hóa cấu trúc phân tử và tinh thể

SYNOPSIS

xcrysden [tùy chọn đặc biệt]
xcrysden [tùy chọn đặc biệt] tùy chọn định dạng hồ sơ|thư mục

MÔ TẢ

XCrySden là một chương trình trực quan hóa cấu trúc phân tử và tinh thể, nhằm mục đích
hiển thị các mặt phẳng và đường viền, có thể được xếp chồng lên các cấu trúc tinh thể
và xoay và thao tác tương tác.

DÒNG MÁY CÁN BIÊN DẠNG ĐẶT BIỆT LỰA CHỌN

-h
--Cứu giúp
Hiển thị thông báo trợ giúp.

-v
--phiên bản
Hiển thị thông tin phiên bản chương trình.

-u id
--sử dụng id
Tải XCrySDen được nhúng vào cửa sổ vùng chứa với window-ID =id.

-r Sun.
--redncedim Sun.
Giảm kích thước tuần hoàn của tệp XSF thành Sun.. Phải được chỉ định trước --xsf Tùy chọn,
ví dụ, xcrysden -r 2 --xsf hồ sơ.

-c hồ sơ
--tập quán hồ sơ
Tải các định nghĩa tùy chỉnh từ một tệp được chỉ định (cú pháp của
~ / .xcrysden / định nghĩa tùy chỉnh).

-a hồ sơ
--thuộc tính hồ sơ
Tải các thuộc tính từ tệp. Định dạng của tệp thuộc tính như sau:

MÀU SẮC YẾU TỐ
số nguyên tử1 red1 blue1 green1
số nguyên tử2 red2 blue2 green2
...
ĐỐI TƯỢNG
số nguyên tử1 bán kính1
số nguyên tử2 bán kính2
...

-l hồ sơ
- đèn chiếu sáng hồ sơ
Tải thông số đèn từ tệp định dạng đèn của XCrySDen.

FORMAT LỰA CHỌN

--xsf hồ sơ
Tải cấu trúc từ tệp được định dạng XCrySDen's-Structure-File (XSF).

--animxsf hồ sơ
--axsf hồ sơ
Tải cấu trúc từ tệp có định dạng Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).

--bxsf hồ sơ
Tải các băng tần từ tệp BXSF (Band-XSF) và trực quan hóa Bề mặt Fermi.

--xmol hồ sơ
--XYZ hồ sơ
Tải cấu trúc từ tệp có định dạng XYZ.

--pdb hồ sơ
Tải cấu trúc từ tệp được định dạng PDB.

--gzmat hồ sơ
Tải cấu trúc từ ma trận Z-Gaussian (yêu cầu chương trình Open-Babel).

--gaussian_out hồ sơ
--gxx_out hồ sơ
--g98_out hồ sơ
Tải cấu trúc từ tệp đầu ra Gaussian. Chỉ tính toán điểm duy nhất và
chạy tối ưu hóa được hỗ trợ cho đến nay. Để chạy tối ưu hóa, có thể
hiển thị tất cả các cấu trúc đã được tạo ra trong quá trình chạy.

--khối lập phương hồ sơ
--gXX_cube hồ sơ
--g98_cube hồ sơ
Tải cấu trúc từ tệp khối lập phương Gaussian. Tệp khối lập phương phải được tạo bằng
Cube = Tùy chọn thẻ. Chỉ hỗ trợ các tệp khối lập phương vô hướng, tức là, Cube = (Cards, Density)
hoặc Cube = (Cards, Orbitals) hoặc Cube = (Cards, Potential). Tham khảo hướng dẫn sử dụng GAUSSIAN để biết
ý nghĩa của từ khóa này.

--crystal_inp hồ sơ
Cấu trúc tải từ CRYSTAL (http://http: //www.crystal.unito.it/) tệp đầu vào.

--crystal_f9 hồ sơ
Cấu trúc tải từ CRYSTAL (http://http: //www.crystal.unito.it/) fortran đơn vị 9.

--wien_struct đầu tệp|hồ sơ|thư mục
Tải cấu trúc từ WIEN2k (http://www.wien2k.at/) struct-file, trong đó:

đầu tệp = tên của tệp cấu trúc mà không có .struct sự mở rộng,
hồ sơ = tên tệp,
thư mục = tên của thư mục trường hợp.

--wien_kpath thư mục|tệp cấu trúc
Đọc cấu trúc tập tin và hiển thị vùng Brillouin đầu tiên với các điểm k đặc biệt. K-path có thể là
được chọn một cách tương tác bằng cách nhấp chuột vào các điểm k đặc biệt. Người dùng phải chỉ định EMIN
và EMAX năng lượng và tổng số điểm k trên đường đi. Con số này chỉ đơn thuần là
ước tính tổng số điểm k, vì XCrySDen cố gắng tạo ra
lấy mẫu k-điểm dọc theo đường dẫn (không chỉ định WIEN2k số k- cho phép tối đa
điểm, vì XCrySDen maight tạo ra nhiều điểm hơn).

--wien_render mật độ thư mục
Đọc cấu trúc, đầu ravà rho tệp và kết xuất cấu trúc tinh thể và được tính toán trước
mật độ điện tích.

--wien_mật độ chỉ thị
Vùng 2D hoặc 3D để tính toán mật độ điện tích được lựa chọn một cách tương tác bởi
nhấp chuột. XCrySDen tạo in5 (các) tệp, tính toán và hiển thị mật độ phí
hoặc dưới dạng cách ly / mặt phẳng màu (2D) hoặc mặt phẳng (3D).

--wien_fermibề mặt thư mục
Bật lên một cửa sổ tác vụ để tạo bề mặt Fermi. Sau một số bước, Fermi
bề mặt (hy vọng) được vẽ dưới dạng 3D isosurface.

--fhi_inpini hồ sơ
Cấu trúc tải từ FHI98MD inp.ini tập tin định dạng.

--fhi_coord hồ sơ
Cấu trúc tải từ FHI98MD tọa độ.out tập tin định dạng.

--pwi
--pw_inp hồ sơ
Cơ cấu tải trọng từ pw.x đầu vào tập tin. pw.x là một chương trình sóng máy bay tiềm năng giả của
phân phối Lượng tử-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

--p hai
--pw_out hồ sơ
Cơ cấu tải trọng từ pw.x đầu ra tập tin. pw.x là một chương trình sóng máy bay tiềm năng giả của
phân phối Lượng tử-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

-s kịch bản
--kịch bản kịch bản
Tải tập lệnh từ tệp chứa tập lệnh Tcl.

Sử dụng xcrysden trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net