Đây là ứng dụng Linux có tên Alphafold có bản phát hành mới nhất có thể tải xuống dưới dạng Alphafoldv2.3.2.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên Alphafold với OnWorks này miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
bảng chữ cái
MÔ TẢ
Gói này cung cấp triển khai đường ống suy luận của AlphaFold v2.0. Đây là một mô hình hoàn toàn mới đã được nhập vào CASP14 và được công bố trên tạp chí Nature. Để đơn giản, chúng tôi gọi mô hình này là AlphaFold trong suốt phần còn lại của tài liệu này. Bất kỳ ấn phẩm nào tiết lộ những phát hiện phát sinh từ việc sử dụng mã nguồn này hoặc các thông số của mô hình đều phải trích dẫn bài báo của AlphaFold. Vui lòng tham khảo Thông tin bổ sung để có mô tả chi tiết về phương pháp. Bạn có thể sử dụng phiên bản AlphaFold đơn giản hơn một chút với sổ ghi chép Colab này hoặc các phiên bản được cộng đồng hỗ trợ. Tổng dung lượng tải xuống cho toàn bộ cơ sở dữ liệu là khoảng 415 GB và tổng dung lượng khi giải nén là 2.2 TB. Hãy đảm bảo rằng bạn có đủ dung lượng ổ cứng, băng thông và thời gian để tải xuống. Chúng tôi khuyên bạn nên sử dụng SSD để có hiệu suất tìm kiếm di truyền tốt hơn.
Tính năng
- AlphaFold cần nhiều cơ sở dữ liệu di truyền (trình tự) để chạy
- Mặc dù mã AlphaFold được cấp phép theo Giấy phép Apache 2.0, các tham số AlphaFold được cung cấp cho mục đích phi thương mại
- 5 mô hình đã được sử dụng trong CASP14 và đã được xác nhận rộng rãi về chất lượng dự đoán cấu trúc
- 5 kiểu pTM, được tinh chỉnh để tạo ra pTM
- Cách đơn giản nhất để chạy AlphaFold là sử dụng tập lệnh Docker được cung cấp
- Theo mặc định, Alphafold sẽ cố gắng sử dụng tất cả các thiết bị GPU có thể nhìn thấy
Ngôn ngữ lập trình
Python
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/alphafold.mirror/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
