Đây là ứng dụng Linux có tên BarraCUDA Fast Short Read Aligner có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng barracuda_0.7.107h.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên BarraCUDA Fast Short Read Aligner với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
Bộ căn chỉnh đọc ngắn nhanh BarraCUDA
MÔ TẢ
Barracuda là một trình tự giải mã trình tự tốc độ cao dựa trên BWA của Sanger và sử dụng kiến trúc CUDA Nvidia mới nhất để tăng tốc độ căn chỉnh của các lần đọc trình tự được tạo bởi các trình tự trình tự thế hệ tiếp theo.
Tính năng
- Đã khắc phục sự cố với việc biên dịch phần mềm trong Ubuntu 16.04
- Tinh chỉnh: Giới hạn 8 lõi của SAMPE hiện đã được nâng lên
- Phần mềm ánh xạ đọc trình tự chỉ số FM sử dụng tăng tốc NVIDIA CUDA
- Kết quả đầu ra ở định dạng SAM cho các phân tích xuôi dòng
- Yêu cầu cạc đồ họa NVIDIA với khả năng tính toán 3.5 trở lên và ít nhất 1GB VRAM
- Yêu cầu bộ công cụ NVIDIA CUDA SDK 6.x trở lên và trình điều khiển NVIDIA 340 trở lên
- BarraCUDA được xuất bản trên BMC Research Notes 2012, 5:27, doi: 10.1186 / 1756-0500-5-27
- URL giấy: http://www.biomedcentral.com/1756-0500/5/27
- Dự án này được hỗ trợ bởi trung tâm xuất sắc CUDA tại Đại học Cambridge
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Giao diện người dùng
Dòng lệnh
Ngôn ngữ lập trình
C ++, C
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/seqbarracuda/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
