Đây là ứng dụng Linux có tên BIRAP có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng Sample_Files.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên BIRAP này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
CHIM
MÔ TẢ
BIRAP (Đường ống phân tích khu vực vi khuẩn) là một đường ống dẫn Perl mã nguồn mở, dễ sử dụng có thể được sử dụng để chú thích lại bộ gen của vi khuẩn bằng cách sử dụng dữ liệu thực nghiệm. Công cụ tích hợp cấu hình biểu hiện có nguồn gốc từ RNA-seq và / hoặc proteogenomics, so sánh nó với hiện có trong chú thích silico và giúp xác thực chú thích, xác định các vùng mã hóa protein mới, giả định ARN không mã hóa cũng như giúp sửa lỗi sai trong chú thích hiện có . Đường ống yêu cầu đầu ra “chất đống” từ SAMtools cho dữ liệu RNA-seq và tệp locus peptide / ePST (GFF) từ công cụ Proteogenomic Mapping cho dữ liệu prote-ogenomics cùng với bộ gen và tồn tại trong chú thích silico. Khi thông tin liên quan đến vị trí của các promot-ers và terminators trong bộ gen (ở định dạng .coords) được cung cấp, hệ thống cũng sẽ giúp xác định RNA không mã hóa.
Tính năng
- phân tích vùng liên gen của bộ gen vi khuẩn
- chú thích lại bộ gen vi khuẩn
- phát hiện RNA nhỏ (sRNA)
- trình tự RNA
- sinh học nguyên sinh
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Giao diện người dùng
Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối, Dòng lệnh
Ngôn ngữ lập trình
Perl
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/birap/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
