Đây là ứng dụng Linux có tên CPAT có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng prebuilt_models.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên CPAT này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
CPA
Ad
MÔ TẢ
Sử dụng RNA-seq, hàng chục nghìn phiên mã mới và các dạng đồng dạng đã được xác định (Djebali, et al Nature, 2012, Carbili et al, Gene & Development, 2011) Việc phát hiện ra các transcriptome ẩn này làm tăng nhu cầu phân biệt RNA mã hóa và không mã hóa. . Tuy nhiên, hầu hết các phương pháp dự đoán tiềm năng mã hóa trước đây chủ yếu dựa vào sự liên kết, hoặc căn chỉnh theo từng cặp để tìm kiếm bằng chứng protein hoặc nhiều liên kết để tính điểm bảo tồn phát sinh loài (chẳng hạn như CPC, PhyloCSF và RNACode). Điều này là do hầu hết các bản sao đã được xác định trước đây bao gồm RNA mã hóa protein và RNA điều hòa / quản lý ngắn, chẳng hạn như snRNA, snoRNA và tRNA được bảo tồn rất cao. Mặc dù vẫn rất hữu ích nhưng những cách tiếp cận này có một số hạn chế:
Hầu hết các lncRNA ít được bảo tồn hơn và có xu hướng đặc trưng cho dòng dõi, điều này làm hạn chế đáng kể khả năng phân biệt của các phương pháp dựa trên sự liên kết. Ví dụ, trong số 550 lncRNA được phát hiện từ cá ngựa vằn, chỉ 29 trong số chúng có trình tự có thể phát hiện được
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Giao diện người dùng
Dựa trên web, dòng lệnh
Ngôn ngữ lập trình
Python
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/rna-cpat/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
