Đây là ứng dụng Linux có tên FastQC có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng v0.12.1sourcecode.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks dành cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên FastQC này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
FastQC
MÔ TẢ
FastQC là một công cụ phân tích kiểm soát chất lượng được thiết kế để phát hiện các vấn đề tiềm ẩn trong bộ dữ liệu giải trình tự thông lượng cao. Mục tiêu của nó là cung cấp một cách đơn giản để kiểm tra chất lượng của dữ liệu trình tự thô đến từ các đường ống giải trình tự thông lượng cao. Nó thực hiện điều này bằng cách chạy một tập hợp mô-đun phân tích trên một hoặc nhiều tệp chuỗi thô ở định dạng fastq hoặc bam. Sau đó, nó tạo ra một báo cáo tóm tắt kết quả và làm nổi bật bất kỳ khu vực nào mà thư viện có thể xuất hiện bất thường. Sau đó, điều này sẽ hướng bạn đến nơi dữ liệu của bạn có thể có vấn đề và cho phép bạn thực hiện các bước cần thiết để sửa nó trước khi thực hiện bất kỳ phân tích nào thêm.
FastQC không bị ràng buộc với bất kỳ loại kỹ thuật giải trình tự cụ thể nào, vì vậy nó có thể được sử dụng để xem thư viện của các loại thử nghiệm khác nhau (Giải trình tự bộ gen, ChIP-Seq, RNA-Seq, BS-Seq, v.v.).
Tính năng
- Nhập dữ liệu từ các tệp BAM, SAM hoặc FastQ
- Cung cấp một cái nhìn tổng quan nhanh chóng làm nổi bật các khu vực có thể có vấn đề
- Biểu đồ và bảng tóm tắt để đánh giá nhanh dữ liệu
- Xuất kết quả sang HTML
- Có thể được sử dụng ngoại tuyến
Ngôn ngữ lập trình
Java
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/fastqc.mirror/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
