Đây là ứng dụng Linux có tên HSRA có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng HSRA-v1.1.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên HSRA này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
HSRA
Ad
MÔ TẢ
HSRA là một công cụ song song dựa trên MapReduce để lập bản đồ các lần đọc từ các thí nghiệm giải trình tự RNA (RNA-seq). Các phân tích RNA-seq thường bắt đầu bằng cách ánh xạ các lần đọc tới một bộ gen tham chiếu để xác định vị trí bắt nguồn của các lần đọc, đây là một bước rất tốn thời gian. Công cụ này cho phép các nhà nghiên cứu tin học sinh học phân phối hiệu quả các nhiệm vụ ánh xạ của họ qua các nút của một cụm bằng cách kết hợp bộ ký hiệu ghép nối đa luồng nhanh (HISAT2) với Apache Hadoop, là một khung tính toán phân tán để xử lý Dữ liệu lớn có thể mở rộng.
HSRA hiện hỗ trợ căn chỉnh đọc một đầu và đầu cuối ghép nối từ bộ dữ liệu FASTQ / FASTA. Hơn nữa, công cụ của chúng tôi sử dụng thư viện Hadoop Sequence Parser (HSP) (liên kết ở trên) để đọc hiệu quả các tập dữ liệu đầu vào được lưu trữ trên Hệ thống Tệp Phân tán Hadoop (HDFS), có thể xử lý các tập dữ liệu được nén bằng codec Gzip và BZip2.
Khán giả
Công nghệ thông tin, Ngành chăm sóc sức khỏe, Khoa học / Nghiên cứu
Giao diện người dùng
Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối, Dòng lệnh
Ngôn ngữ lập trình
Java
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/hsra/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
