Đây là ứng dụng Linux có tên kSNP, bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng kSNP4.1-source-code.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks dành cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên kSNP này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
kSNP
Ad
MÔ TẢ
kSNP4 xác định các SNP của bộ gen trong một tập hợp các trình tự bộ gen và ước tính cây phát sinh gen dựa trên các SNP đó. Việc phát hiện SNP dựa trên phân tích k-mer và không yêu cầu căn chỉnh nhiều chuỗi hoặc lựa chọn bộ gen tham chiếu, vì vậy kSNP4 có thể lấy 100 bộ gen vi sinh vật làm đầu vào. Một locus SNP được xác định bởi một đoạn oligo có độ dài k bao quanh một alen SNP trung tâm. kSNP4 có thể phân tích cả bộ gen hoàn chỉnh (đã hoàn thành) và bộ gen chưa hoàn chỉnh ở dạng các nhánh đã được lắp ráp hoặc các bản đọc thô, chưa được lắp ráp. Các bộ gen đã hoàn thiện và chưa hoàn thiện có thể được phân tích cùng nhau và kSNP có thể tự động tải xuống các tệp Genbank của các bộ gen đã hoàn thiện và kết hợp thông tin trong các tệp đó vào chú thích SNP.
Không cần kỹ năng lập trình để sử dụng kSNP4
Gardner, SN và Hall, BG 2013. . XIN MỘT, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Gardner, SN, T. Slezak và BG Hall. 2015 Tin sinh học 31: 2877-2878 doi: 10.1093/tin sinh học/btv271
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
