Đây là ứng dụng Linux có tên MethylExtract để chạy trong Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới tên MethylExtract.tgz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên MethylExtract này để chạy trong Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MethylExtract để chạy trong Linux trực tuyến
Ad
MÔ TẢ
MethylExtract là một công cụ thân thiện với người dùng để tạo ra i) bản đồ methyl hóa toàn bộ bộ gen chất lượng cao và ii) để phát hiện sự biến đổi trình tự trong cùng một quá trình chuẩn bị mẫu. Chương trình được triển khai thành một tập lệnh duy nhất và có tính đến tất cả các nguồn lỗi chính: lỗi trình tự, lỗi bisulfit, lần đọc vô tính và các biến thể nucleotide đơn. MethylExtract phát hiện sự biến đổi (SNVs - Single Nucleotide Variation) theo cách tương tự như VarScan, một phương pháp rất nhạy được sử dụng rộng rãi trong SNP và gọi kiểu gen dựa trên các lần đọc được xử lý không dùng bisulfit.Tính năng
- Methyl hóa và gọi SNV từ các thí nghiệm NGS BS-Seq
- Phát hiện và loại bỏ các bản sao PCR tiềm ẩn
- Phát hiện lỗi bisulfit giả định
- Kiểm soát lỗi trình tự
- Đánh giá thất bại bisulfit theo thống kê
- Xử lý tệp Bisulfite SAM / BAM
- Kiểm soát đa luồng và bộ nhớ
Ngôn ngữ lập trình
Perl
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/methylextract/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
