Đây là ứng dụng Linux có tên nichenetr có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng v2.0.4.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks dành cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên nichenetr với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH:
thị trường ngách
SỰ MIÊU TẢ:
nichenetr: triển khai R của phương pháp NicheNet. Mục tiêu của NicheNet là nghiên cứu giao tiếp giữa các tế bào từ góc độ tính toán. NicheNet sử dụng dữ liệu biểu hiện gen người hoặc chuột của các tế bào tương tác làm đầu vào và kết hợp dữ liệu này với mô hình trước đó để tích hợp kiến thức hiện có về đường dẫn tín hiệu từ phối tử đến mục tiêu. Điều này cho phép dự đoán các tương tác phối tử-thụ thể có thể thúc đẩy sự thay đổi biểu hiện gen trong các tế bào quan tâm. Sau đó, mô hình thông tin trước đây về các liên kết mục tiêu phối tử tiềm năng này có thể được sử dụng để suy ra các liên kết mục tiêu phối tử hoạt động giữa các ô tương tác. NicheNet ưu tiên các phối tử theo hoạt động của chúng (tức là mức độ chúng dự đoán những thay đổi quan sát được trong biểu hiện gen trong tế bào nhận tốt như thế nào) và tìm kiếm các mục tiêu bị ảnh hưởng có tiềm năng cao được điều chỉnh bởi các phối tử ưu tiên này.
Tính năng
- NicheNet khác biệt rõ rệt với hầu hết các phương pháp tính toán hiện tại để nghiên cứu giao tiếp giữa các tế bào
- Đánh giá mức độ các phối tử được biểu hiện bởi tế bào người gửi có thể dự đoán những thay đổi trong biểu hiện gen trong các phối tử ưu tiên của tế bào nhận dựa trên tác động của chúng lên biểu hiện gen
- Suy ra các liên kết phối tử-mục tiêu giả định đang hoạt động trong hệ thống đang nghiên cứu
- Xác thực mô hình mục tiêu phối tử trước đó
- Xây dựng các mô hình mục tiêu phối tử trước đó do người dùng xác định
- Chúng tôi cung cấp hướng dẫn về cách tạo hình ảnh trực quan về các dự đoán chính
Ngôn ngữ lập trình
R
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tải xuống từ https://sourceforge.net/projects/nichenetr.mirror/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong các Hệ điều hành miễn phí của chúng tôi.